В начале 1990-х годов финансовый пузырь лопнул, цены на землю и курсы акций резко снизились и началась существенная рецессия, связанная со снижением темпов производства и капиталовложений. Сбой в экономическом развитии страны сопровождался психологическими потрясениями для общества и разрушением связи между инвестициями и инновациями.
Кроме того, к этому времени Южная Корея и Тайвань отчасти догнали Японию по производству тех самых товаров, которые обеспечивали успех японскому экспорту в 1970 — середине 1980-х годов — телевизоров, персональных компьютеров, автомобилей и т. п. Для того чтобы сохранить лидерство, японская промышленность сделала акцент на более технически сложных изделиях — биотехнологии, суперкомпьютерах, чипах с большим объемом памяти и космических транспортных средствах.
1990-е годы стали временем новых перегруппировок в политическом лагере, размежевания и консолидации партий, постоянных скандалов, затрагивающих те или иные фракции в верхушке ЛДП. В результате в 1993 г. ЛДП временно утратила власть, но ввиду разобщенности оппозиции (коалиция насчитывала семь партий) летом 1994 г. сумела вернуться к власти в составе правительственной коалиции с социалистами, чей лидер Мураяма Томиити стал премьером и произнес извинительную речь, посвященную 50-летию окончания Второй мировой войны, в которой признал, что Япония своим колониальным господством и агрессией причинила огромный ущерб и страдания народам других стран.
В 1995 г. землетрясение в Хансине повредило город Кобэ, а члены секты «АУМ Синрике» использовали отравляющий газ зарин в токийском метро. В 1996 г. ЛДП, получив большинство депутатских мест, окончательно вернулась во власть.
В 1997 г. Япония официально заявила об отказе от требования немедленного возвращения ей «северных территорий». В мае 2000 г. новый премьер Мори Ёсиро (правящая коалиция включала ЛДП и Комэйто) выступил с программой экономических, административных и структурных реформ.
Став первым гражданским президентом, Ким Ён Сам проделал большую работу по выдавливанию военных из политики, несмотря на то что ради этого пришлось принимать законы, имевшие обратную силу. 11 марта 1996 г. Чон Ду Хвана и Ро Дэ У обвинили в коррупции, преступлениях против конституционного строя и государственной измене.
В феврале 1993 г. Ким Ён Сам провозгласил лозунг «Изобретение новой Кореи», целью которого было создание новой административной системы. «Новизна» сводилась к созданию в стране политического режима, основанного на идеалах либеральной демократии и глобализированной рыночной экономики. Однако новый курс потребовал от президента серии уступок правым радикалам. Закон о национальной безопасности, в котором КНДР была определена как «антигосударственная организация», остался без изменения, а поведение Ким Ён Сама после смерти Ким Ир Сена в 1994 г. (он не только не выразил соболезнование, но и выступил со специальной речью, в которой обвинил покойного во всех бедах корейского народа) надолго заморозило межкорейские отношения.
Последний год президентства Ким Ён Сама прошел на фоне финансового кризиса 1997 г. Его причинами стал резкий взлет краткосрочных внешних долгов, «ухудшение здоровья» финансовых компаний, финансовый кризис в Юго-Восточной Азии и ошибки в государственной политике. В результате РК была вынуждена обратиться за помощью к МВФ, но заем в размере 20 млрд долл., который фактически спас страну от банкротства, больно ударил не только по экономическому благополучию большинства корейцев, но и по национальному престижу, ибо победное шествие страны вверх внезапно и резко оборвалось. Займы МВФ и других организаций были предоставлены на очень болезненных для страны условиях.
На президентских выборах 1997 г. к власти пришел бывший диссидент Ким Дэ Чжун, которого можно назвать представителем «несистемной оппозиции». Последовательный сторонник глобализации и европейских ценностей, он сумел, однако, возглавить кампанию по мобилизации нации, в результате чего «эра МВФ» была преодолена в рекордные сроки. В 1999 г. темпы экономического роста были зафиксированы на уровне 10,7%, ВНП на душу населения составил 8581 долл. США, а объем валютных резервов превысил 70 млрд долл. В 2000 г. страна вышла в целом на уровень предкризисного 1996 г.
В межкорейских отношениях Ким Дэ Чжун придерживался так называемой «солнечной политики», направленной на то, чтобы растопить лед недоверия и добиться уступок при помощи мягкой силы: во главу угла был поставлен конструктивный диалог. Вершиной действий в этом направлении был пхеньянский саммит 2000 г. Ким Чен Ира и Ким Дэ Чжуна и подписание ими Совместной декларации Севера и Юга. Ким Дэ Чжун стал первым гражданином РК, получившим Нобелевскую премию мира за подготовку и проведение саммита.