Градозащитники по-прежнему враждебно относились к проекту, но из-за состояния фундамента простого решения не существовало. Грунт под театром на глубину 20-25 метров состоит из глины и песка [Harris 2005]. В этой части Москвы, как и во многих других местах, непредсказуемое течение подземных вод. Временами возникают неожиданные провалы почвы, иногда вследствие прорыва труб с горячей водой. В 1998 году из-за внезапно образовавшейся воронки понесли непоправимый урон два здания XIX века в нескольких кварталах от театра, на Большой Дмитровке. Из-за провала почвы в яму площадью 500 м2 провалились фасад одного из зданий и автомобиль [Korchagina 1998]. Кроме того, рядом с Большим театром под землей пролегают три линии метро; ежедневно с шести утра до часа ночи рядом проходят около 2500 поездов, вызывая значительные вибрации грунта [Атлас 2013].
Первым делом предстояло укрепить фундамент, чтобы он надежно поддерживал стены Большого театра. Тысяча строителей в ходе круглосуточных работ установили 2000 бетонно-стальных свай, уходящих на 26 метров вниз, в материковую породу [Opening 2008]. Масштабная выемка грунта под зданием и лежащей перед ним площадью сделали возможным удвоение репетиционных, технических и складских площадей [Alpert 2011]. К счастью, паркинг под театром не планировался.
Невзирая на отсутствие подземной парковки, градозащитники резко осуждали масштаб изменений. Клименко, в это время входивший в президиум Экспертно-консультативного общественного совета по формированию городской среды при главном архитекторе города Москвы, посетовал, что «Большой театр, действительно, символ нашей страны, ждет судьба Царицыно. Будет очередной китч, будет очередной балаган». К. П. Михайлов из Архнадзора подчеркнул, что проект явно незаконен, так как Большой театр – памятник федерального значения, который можно тщательно отреставрировать, но не реконструировать. «Если у вас есть, предположим <…> какой-нибудь раритетный автомобиль начала 20-го века, вы не будете заставлять его гонять со скоростью болида “Формулы-1”. Вы будете заботиться о том, что у вас есть единственный раритет. И его поддерживать» [Реконструкция Большого 2009].
Вероятно, никто не был шокирован скандалом, разразившимся в 2009 году, когда закончилось продление срока завершения строительства, а Большой театр так и остался по большому счету пустой оболочкой. В августе Федеральная счетная палата установила, что затраты на реконструкцию превысили первоначальную смету в 16 раз. Следственный комитет Российской Федерации заявил, что Дирекция по строительству, реконструкции и реставрации трижды заплатила одному из своих подрядчиков за одни и те же проектные работы [Mikulova 2009]. В результате для реализации проекта под надзором Лужкова была привлечена новая компания [Luzhkov 2012]. В конечном счете скандал утих, поскольку никаких обвинений не выдвинули [Alpert 2011]. Собственно говоря, затраты были ниже мирового уровня, а многократные корректировки проекта объяснялись тем неоспоримым фактом, что в России нет институтов, способных предоставить детальную документацию, необходимую для столь сложного проекта. Однако в 2013 году, через два года после открытия Большого театра, Главное управление МВД Российской Федерации по городу Москве начало расследование предполагаемого хищения более 3 000 000 долларов при реконструкции Большого и Малого театров [МВД 2013].
Двери Большого распахнулись 1 октября 2011 года, в день первого за шесть лет представления, за которым 28 октября последовало торжественное открытие театра. В то время затраты на реконструкцию оценивались в 688 000 000 долларов [Alpert 2011]. Однако в 2012 году Счетная палата обнародовала новые данные: примерно 1 200 000 000 долларов [Израсходовано 2012]. По оценке MAPS, окончательная стоимость составила 1 500 000 000 долларов [Харрис, Броновицкая 2009: 158]. Как выразился представитель застройщика, «на реконструкцию этого театра не пожалели ни средств, ни усилий». Торжество было официально открыто тогдашним президентом Д. А. Медведевым, и на нем побывала большая часть политико-экономической элиты, за одним любопытным исключением – отсутствовал премьер-министр Путин [Милова 2011]. Все билеты на торжественное открытие распространялись Кремлем [Alpert 2011]. Лужкова, смещенного годом ранее, не пригласили; впрочем, заслугу налаживания процесса реконструкции после заминки он приписывал себе [Luzhkov 2012].