Было принято решение арестовать только лидеров националистов, находящихся в Стамбуле. Английские спецслужбы составили список из двадцати трех депутатов, «причастных к уничтожению христиан», и рекомендовали арестовать семь из них. Кемаль не фигурировал во втором списке, но занимал шестнадцатую позицию в первом, хотя и предусмотрительно не находился в то время в Стамбуле. Англичане обвинили «депутата из Эрзурума» Кемаля-пашу в «заговоре», в убийстве доктора Сиска в Згале, в участии в «антихристианской пропаганде в Йозгате». Никакой информации, подтверждающей эти обвинения, никогда не было обнародовано. Деревня Згала расположена между Токатом и Амасьей. Кемаль, возможно, проезжал через эту деревню, но никаких следов доктора Сиска в этой деревне найти не удалось. Скорее всего, обвинения были чисто пропагандистскими и должны были скомпрометировать Кемаля.
18–20 февраля в Анатолии высадились хорошо вооруженные греческие войска. 23 февраля к Стамбулу подошла британская средиземноморская эскадра. Оккупационные власти готовились ввести в турецкой столице военное положение. 10 марта английские войска начали аресты в Стамбуле депутатов-националистов. Из Анкары срочно были эвакуированы английский и французский гарнизоны, чтобы кемалисты не могли захватить их в качестве заложников. После их эвакуации железнодорожное сообщение между Стамбулом и Анкарой было прервано. 16 марта 1920 года стамбульский телеграфист Хамди передал в Анкару на имя Мустафы Кемаля-паши срочную телеграмму: ночью началась оккупация Стамбула. В ночь с 15 на 16 марта 1920 года в Стамбуле высадилась британская морская пехота, захватившая правительственные здания, почту, телеграф, казармы и военные склады. В Стамбуле и его окрестностях было введено военное положение. 18 марта работа палаты депутатов была приостановлена. Ряд депутатов и политиков-националистов арстовали и сослали на Мальту.
Оккупация Стамбула, первоначально запланированная на 13 марта, была перенесена на 16 марта по просьбе французов и итальянцев, которые не успевали сосредоточить войска. Из вежливости Лондон соглашается на отсрочку, но его приказы британскому контингенту требовали: действуйте по собственному усмотрению, даже если «ваши коллеги не в состоянии действовать вместе с вами». Оккупация планировалась как в первую очередь английская. 16 марта в 10 утра 3 тысячи британских солдат занимают префектуру полиции, главный почтамт и военное министерство. За двадцать минут до этого об оккупации были официально предупреждены великий визирь и султан. Население Стамбула быстро поняло, что произошло, даже до появления афиш с заявлением англичан о том, что Стамбул останется турецким, но оккупанты не допустят беспорядков, а каждому турку, пойманному с оружием в руках, грозит немедленная смерть. Оккупация не встретила серьезного сопротивления. Были убиты пять турецких военных и один британский.
Рауф, герой Балканских войн, отказался бежать в Анатолию, что ему неоднократно предлагал Кемаль, заявив: «У меня есть моральный долг перед султаном». Рауф выступил в парламенте, заявив: «Я не хочу, чтобы парламент самораспустился; пусть его распустят!» Вместе с несколькими депутатами он отправился к султану. Но Мехмед VI не стал их слушать. Рауф потрясал Национальным пактом, а один из депутатов утверждал, что Анатолию враги захватить не могут, ибо она тверда как сталь. Султан парировал: «Они готовы на всё. Осторожней выражайтесь в парламенте… Завтра, если захотят, они будут в Анкаре». А обращаясь к Рауфу, он заявил: «Рауф-бей, нация – это стадо… А стадо нуждается в пастухе… Я – пастух». Разочаровавшись в пастухе, Рауф вернулся в парламент за несколько минут до прибытия туда англичан. Он потребовал, чтобы парламентская охрана оказала сопротивление, но она бездействовала, «чтобы избежать кровопролития». Хусейн Рауф и Кара Васыф вынуждены были сдаться англичанам. Депортированный на Мальту, Рауф вернулся в Турцию лишь в конце 1921 года, к последним решающим сражениям с греками. Кемаль критически оценил поведение Рауфа в мартовские дни 1920 года, посчитав, что Хусейн Рауф и Кара Васыф проявили недопустимую мягкотелость, позволив депортировать себя на Мальту.
Кемаль реагировал на оккупацию Стамбула немедленно, прежде чем со столицей было прервано телеграфное сообщение. Он выразил гневный протест военным комендантам и парламентам Англии, Франции и Италии. От националистов Кемаль потребовал уважать христиан, но приказал арестовать 20 французских и английских военнослужащих, оставшихся в Анатолии. Обращаясь ко всем, он объявил о начале войны за освобождение Стамбула и за национальную независимость, заявив в заключение: «Аллах на нашей стороне в этой священной войне за независимость страны».