Тем временем Исмет, командовавший Западным фронтом, успешно удержал свои позиции с помощью 1-й, 11-й, 24-й и 61-й пехотной и 3-й кавалерийской дивизий. Но на Южном фронте Рефет вынужден был оставить Афьон-Карахисар, и положение турецких войск здесь быстро ухудшалось. Кемаль вынужден был усилить Южный фронт пехотой, кавалерией и артиллерией, освободившихся на Восточном фронте. В результате под началом Рефета теперь оказались XII армейский корпус в составе 23-й и 57-й пехотных дивизий, а также 4-й, 8-й и 41-й пехотных и 1-й и 2-й кавалерийских дивизий. Вскоре после второй битвы у Инёню турецкие войска отбили у греков Афьон-Карахисар. Рефет продолжил контрнаступление и 8 апреля его войска захватили Ашлиханлар. В ночь с 11 на 12 апреля Рефет попытался обойти греческие 2-ю и 13-ю пехотные дивизии своими двумя кавалерийскими дивизиями, но неожиданно турецкая кавалерия была остановлена греческой контратакой. 13–15 августа на Южном фронте произошла битва у Думлупинара, в которой ни одна из сторон не достигла решительного успеха. После этого Кемаль снял Рефета с командования Южным фронтом. 4 мая Исмет, которому Кемаль в тот момент доверял больше, чем остальным генералам, объединил под своим командованием Западный и Южный фронты, действовавшие против греков. Кемаль реорганизовал войска, находившиеся под командой Исмета, в полевую армию (фронт) во главе со штабом Западного фронта. Она состояла из корпусных групп. К 15 июня под началом штаба Западного фронта состояли следующие корпусные группы: I (1-я, 11-я, 23-я, 61-я пехотные и 3-я кавалерийская дивизии), III (4-я, 24-я, 41-я пехотные и 1-я кавалерийская дивизии), IV (5-я Кавказская, 7-я и 8-я пехотные и 2-я кавалерийская дивизии) и XII 57-я пехотная и 4-я кавалерийская дивизии, а также временная пехотная дивизия без номера). Кроме того, штабу фронта непосредственно подчинялись 6-я и 15-я пехотные, 3-я Кавказская и 14-я кавалерийская дивизии. Всего у турок было 15 пехотных и 4 кавалерийские дивизии.
В мае и июне греки также реорганизовали свои силы в Анатолии. При этом греческие войска, наступающие в двух расходящихся направлениях, оказались распылены. Реорганизация была предпринята после визита в Измир в конце апреля греческих премьер-министра и министра обороны. Командование греческой армии считало боевой дух своих войск высоким. Греческие войска насчитывали 100 тыс. человек с 238 орудиями. Штаб греческой Полевой армии Малой Азии оценивал силы Кемаля в 70 тыс. человек при 200 орудиях, значительно недооценив их.
Греческий Генеральный штаб решил окружить и уничтожить турецкую армию. Для наступления были задействованы практически все греческие войска, находившиеся в Малой Азии. Оно началось 4 июня. Северная группировка, состоявшая из армейского корпуса C, должна была захватить Эскишехир и охватить правый фланг турок. Основная же ударная группировка греков, состоявшая из армейских корпусов A и B и нескольких отдельных пехотных дивизий, атаковали с юга на север и должны были захватить Кютахью, а затем наступать навстречу северной группировке, чтобы замкнуть кольцо. 100 тысяч греков атаковали турецкую группировку, насчитывавшую лишь 33 тыс. пехотинцев и 3400 кавалеристов. Сначала грекам сопутствовал успех. Греческие войска заняли города Афьон-Карахисар, Кютахью и Эскишехир. Однако турецкие войска избежали окружения и без больших потерь в полном порядке отошли за реку Сакарья к Анкаре. При этом основные силы турок в боях еще не участвовали. Они усилились за счет призыва местного населения и потока добровольцев. По численности турецкие войска теперь были практически равны греческим. Кемаль имел 122 тыс. солдат, 160 орудий и 700 пулеметов. У его противника греческого генерала Анастосиоса Папулоса было 126 тыс. солдат, 410 орудий и 4000 пулеметов.
10 июля 1921 года греки начали наступление на Анкару. Кемаль приказал Исмету отступить на восточный берег реки Сакарья, чтобы спасти армию. Исмет предложил контратаковать, чтобы отбить Эскишехир, но контратака не удалась, и туркам все же пришлось уйти за Сакарью.
18 июля Мустафа Кемаль объявляет о своем решении командованию Западного фронта: «Мы должны отступить на восток от Сакарьи, чтобы наша армия смогла восстановить силы, переформироваться и пополниться». Ночью был эвакуирован госпиталь с ранеными. На следующее утро на вокзале Эскишехира можно было наблюдать типичную картину массового бегства: толпы обезумевших от страха женщин с детьми и тюками. На ступеньках своего вагона Кемаль отдает последние распоряжения офицерам. «Он был совершенно спокоен, – вспоминала Халиде Эдип, находящаяся рядом, – а женщины… смотрят на военных чрезвычайно печально».