Конец сибирской экспедиции окутан плотной пеленой легенд. Поздние летописцы утверждали, будто Кучум, внезапно напав на спящий лагерь, истребил казаков всех до единого. Но верить им не следует. Казаки, участвовавшие в экспедиции, вспоминали, как, разбуженные среди ночи, они «ужаснулись» и пустились бежать, а некоторые («иные») остались лежать, побитые «на станах». О том же говорили татарские предания, в которых запечатлелись воспоминания воинов Кучума. «Храбрый ваш воин Ермак, — говорили татары, — видя дружину свою, от нас побиваемую, побежал к стругу» и не мог добраться до своих, «понеже бо в дали расстоянии». Ермак оказался на берегу, когда отступавшие казаки уже отплыли и их струги исчезли в непроглядной тьме.
Татарское предание не удовлетворило летописца XVII века, и он заменил прямую речь косвенной. Фраза об избиении дружины «от нас» (татар) уступила место повествованию об избиении «от поганых». Летописец «исправил» предание и в другом, более важном пункте. Он утверждал, будто добежать до струга Ермаку помешала тяжелая кольчуга — «понеже одеян железом». В «Истории» Ремезова кольчуга превратилась в панцирь: Ермак «бежа в струг и не може скочити, бо одеян двемя царскими панцыри». Рассказ о том, что Ермака увлекли на дно реки пожалованные царем панцири, еще один миф, связанный с его именем. В действительности Иван IV пожаловал Ермаку за службу золотой и сукно и приказал выехать в Россию, как только в Сибирь прибудет его воевода. Ни панциря, ни шубы с царского плеча прославленный атаман не получал.
Сколь бы неправдоподобными ни казались рассказы очевидцев, верить приходится только им. Быстрое отступление казаков вполне объяснимо. Татары понимали, что горстка смельчаков окажется в их руках, если им удастся захватить струги. Для казаков же единственная возможность избежать гибели состояла в том, чтобы отбить струги и как можно скорее отчалить от берега. Ермак бился с врагами до последней минуты, прикрывая отступление отряда.
В поздних летописях можно прочесть, будто прославленному предводителю казаков удалось пробиться к своим, но он неудачно прыгнул на край струга, который тут же перевернулся. Ермак упал в воду и утонул. Но этот рассказ не заслуживает доверия. Его автор не имел ни малейшего представления о казачьих судах, вмещавших до 20 воинов с оружием и всеми припасами. На своих стругах казаки отважно бороздили бурные моря и быстрые реки. Под тяжестью воина могла перевернуться разве что утлая ладья, но никак не струг.
Сибирские летописи сохранили еще одно предание о Ермаке, до сих пор не известное. Схватка на Вагае, согласно этому преданию, завершилась поединком. Ермаку будто бы удалось добраться до своего струга, но сзади наседал, размахивая копьем, мурза Кучугай. Ермак яростно отбивался саблей и начал было одолевать мурзу, но вдруг у него развязался ремень шлема, и Кучугай, воспользовавшись заминкой, поразил атамана копьем…
Три года длилась первая сибирская экспедиция. Голод и лишения, суровые морозы, сражения и опасности — ничто не могло остановить вольных казаков, сломить их волю к победе. Три года малочисленная дружина не знала поражений перед лицом многочисленных неприятелей. В последней ночной стычке поредевший отряд отступил, понеся небольшие потери, но он лишился испытанного вождя. Без него экспедиция продолжаться не могла.
Добравшись до Искера, казаки собрали войсковой круг и решили немедленно возвращаться на родину. Ермак привел в Сибирь 540 бойцов. С атаманом Александровым в Москву отправилось 25 человек. Из всего отряда уцелело только 90 казаков. С атаманом Матвеем Мещеряком они на стругах спустились на Обь и оттуда прошли печорским путем на Русь.
Маршрутом, проложенным экспедицией Ермака, воспользовались после него отряды И. Мансурова, Б. Сукина и Д. Чулкова. Мансуров привел в Сибирь 700 человек. Его люди были снабжены всем необходимым и прибыли в район Искера почти сразу же после гибели Ермака. Но знатный воевода сделан был совсем из другого теста, нежели атаман вольных казаков. При виде многочисленной конной и пешей рати татар, запрудившей берег Иртыша у Чувашева мыса, он дрогнул и отменил приказ о высадке со стругов. Мансуров пытался догнать Ермаковых казаков, но на Оби был задержан наступившими холодами. Экспедиция основала Обский городок на реке Оби, близ устья Иртыша, и зазимовала там.
Экспедиция Сукина отправилась в Сибирь по следам Ермака год спустя. Ее маршрут был коротким. Воевода остановился на Туре, где основал городок Тюмень. Еще через год отряд Чулкова вышел в окрестности Искера и «срубил» там крепость Тобольск. Последний властитель Сибирского «царства» Сеид-хан и предоставивший ему трон Карача были захвачены на пиру в доме тобольского воеводы и пленниками отправлены в Москву.
Прошло еще несколько лет, прежде чем Москва снарядила экспедицию на Пелым. И тогда были освоены маршруты с Вишеры на Лозьву, более удобные и легкие, нежели тагильский. Уральский хребет окончательно был покорен. За перевалы двинулись отряды казаков, ратных людей, русские крестьяне-переселенцы.