Спиноза познакомился с рядом левых республиканцев, и это лишь усилило его неприязнь к консервативному иудаизму, сочетавшемуся у руководителей еврейской амстердамской общины с преклонением перед Домом Оранских, в котором они видели основу «порядка». Спиноза отказался от купеческой деятельности и стал все больше отдаляться от своей общины. Со своей стороны, руководители общины предупредили его, а потом попытались подкупить, чтобы Спиноза посещал синагогу и не выражал открыто своего пренебрежения к вере и обычаям предков. Когда и эта попытка была отвергнута, к Спинозе подослали убийцу, но тот, к счастью, оказался далеко не профессионалом.
Исчерпав все средства воздействия, руководители общины пошли на крайнюю меру, и 27 июля 1656 года в переполненной синагоге раввины провозгласили «великое отлучение» (херем) еретика. Проще говоря, Спинозу изгнали из еврейской общины, а в условиях той эпохи это было крайне тяжелым наказанием, так как человек, лишенный религиозных связей (в особенности иудей), становился полным изгоем. Но у Спинозы имелось уже немало связей и вне еврейской общины. Тем не менее после отлучения Спиноза был вынужден уехать из Амстердама. Он поселился в Рейнсбурге, возле Лейдена, где оставался до 1663 года. Там начал свои научные, философские и этические работы, и вместе с тем вокруг него образовался круг почитателей, которым он читал лекции по основам своего учения.
В апреле 1663 года Спиноза переселился в Ворбург, что около Гааги. Он хотел освободиться от многочисленных посетителей, которые мешали ему работать в Рейнсбурге. А чтобы не зависеть материально от своих друзей и почитателей, он научился шлифовать стекла и благодаря своим познаниям в физике сделался очень искусным в этом ремесле. Оптики охотно покупали его стекла и хорошо платили за них.
Продумывая складывавшееся у него философское мировоззрение, мыслитель изложил его в сочинении, озаглавленном «Краткий трактат о боге, человеке и его счастье». Оно было написано на латыни, как почти все его произведения, за исключением некоторых писем, написанных по-голландски.
Указанная работа не публиковалась при жизни мыслителя и была обнаружена только в середине XIX века, но, конечно же, она была известна кругу его друзей и почитателей, сложившемуся в Амстердаме. Первым литературным произведением Спинозы и единственным, вышедшим при его жизни (в 1663 году) и под его именем, были «Основы философии Декарта», составленные на основе лекций, прочитанных философом некоему молодому человеку.
Образованные голландцы льнули к еврейскому философу, который своей мягкостью, чистотой характера, тонкой образованностью и радостным довольством своей судьбой производил на них чарующее впечатление. Его беседа обладала особой прелестью, и вся его личность была так привлекательна, что нельзя было не поддаваться ее обаянию. Вызывала удивление также и редкая ученость этого тихого, скромного, антично-благородного человека. Он был многосторонне образован и соединял в себе все гуманистическое и точное знание своего времени. Он был не только глубоким и самостоятельным философом, но, кроме того, обладал такими знаниями в теологии и истории религии, как редко кто другой в его время. К группировавшимся вокруг Спинозы образованным людям, имевшим возможность лично общаться с ним, присоединились еще многие другие, находившиеся с ним в переписке и с энтузиазмом принимавшие его учение.