Сущность ее заключалась в перестройке партийного руководства в стране по производственному принципу вместо территориально-производственного, который всегда существовал в партии. По решению ЦК КПСС областные комитеты партии разделялись теперь на обкомы по промышленности и на обкомы по сельскому хозяйству. Эта поспешная перестройка сразу же вызвала множество неувязок. Обком по сельскому хозяйству объединял не только коммунистов, работающих в колхозах, совхозах и колхозно-совхозных управлениях, но и работающих в городах на предприятиях, обслуживающих сельское хозяйство или перерабатывающих сельскохозяйственное сырье. Однако многие учреждения и предприятия, прямо или косвенно связанные с сельским хозяйством, оставались все же в ведении «промышленного» обкома, с которым надо было согласовывать даже такой вопрос, как проведение в областном центре совещания передовиков сельского хозяйства или партийную конференцию сельских коммунистов. С другой стороны, промышленный обком не мог самостоятельно решать проблемы снабжения горожан овощами и фруктами. Различные трудности возникали при выделении транспорта и иной помощи для уборки урожая. К тому же, кроме обкомов, в каждой области создавались и два облисполкома. В ней также имелись теперь два областных здравотдела, два отдела народного образования, два управления милиции, два финансовых отдела, два отдела культуры и др. Чиновников стало больше, а решать различные проблемы стало труднее. Усложнилось и управление на уровне республики, где создавались два Бюро ЦК – по промышленности и по сельскому хозяйству, а также на районном уровне, где, кроме райкомов партии по сельскому хозяйству, создавались «зональные» промышленные райкомы, расположенные чаще всего в ином населенном пункте.
На ноябрьском пленуме ЦК КПСС в 1962 году было решено провести укрупнение совнархозов, недостатки в работе которых становились все более очевидными. На Украине, например, вместо 14 совнархозов осталось лишь 7, подчиненных Общеукраинскому совнархозу. В РСФСР вместо 67 совнархозов осталось 23, подчиненных Совнархозу РСФСР. Одновременно для координации работы республиканских совнархозов создавался Совнархоз СССР, которому подчинялась вся промышленность. Чтобы согласовать работу промышленности и связи, транспорта, строительства, обслуживания, энергетики и др., был создан Высший Совет народного хозяйства СССР. Значительно увеличилось число государственных комитетов по различным вопросам промышленности, торговли, науки и техники, снабжения и др. В целом структура партийного и государственного управления в стране стала настолько сложной, что в ней невозможно было разобраться без специальных схем, которые вывешивались в приемных различных учреждений.
Одновременно ЦК КПСС решил изменить систему партийного и государственного контроля, объединив ее в единую систему партийно-государственного контроля. В решении ЦК говорилось о восстановлении ленинских принципов партийно-государственного контроля, упраздненных Сталиным. В действительности новые органы контроля были далеко не такими, какими их хотел видеть Ленин. Они существовали при партийных комитетах, а не параллельно с ними. Районные комитеты партийно-государственного контроля возглавлял по совместительству второй секретарь райкома. Областные контрольные органы возглавлял один из секретарей обкома. Общесоюзный Комитет партийно-государственного контроля было поручено возглавить секретарю ЦК КПСС А. Н. Шелепину. Секретарем ЦК КПСС и руководителем Бюро ЦК КПСС по промышленности был избран А. П. Рудаков. Секретарем ЦК КПСС и руководителем Бюро ЦК КПСС по сельскому хозяйству стал В. И. Поляков, а секретарем ЦК КПСС по организационно-партийным вопросам – В. Н. Титов.
Все эти бесчисленные перестройки отнюдь не способствовали, однако, развитию сельского хозяйства, годовой прирост продукции которого составил всего 1,2 %. Если в 1954–1958 годах валовая продукция сельского хозяйства увеличилась на 51 %, то в 1958–1962 годах прирост составил всего 6,6 %, хотя население страны увеличилось в целом на 8 %, а городское население – на 16 %. В результате продовольственное снабжение городов ухудшилось. В 1962 году на большей части посевов в нечерноземной зоне и в восточных районах страны погибла кукуруза. Все более грозные размеры стала принимать эрозия почвы в районах целинных земель, где 6–7 лет подряд сеяли пшеницу по пшенице, не соблюдая севооборотов и не удобряя почвы. Производство картофеля в 1962 году упало ниже уровня 1953 года. Хрущев в пятый раз произвел перемену в руководстве сельским хозяйством, назначив новым министром сельского хозяйства СССР И. П. Половченко, который возглавлял до этого один из крупных совхозов Липецкой области. Почти во всех союзных республиках министров сельского хозяйства снимали с постов, а на их место назначали директоров лучших совхозов республики. Некоторые из директоров совхозов или председателей колхозов выдвигались на посты первых секретарей обкомов по сельскому хозяйству.
Кубинский кризис 1962 года. Мир на грани войны