Благодаря обаянию Протопопова и его принадлежности к крупной, умеренно либеральной партии октябристов его неоднократно избирали товарищем председателя Думы. Родзянко признавал талант своего заместителя. В июне 1916 года он заявил царю, что Протопопова можно назначить на пост министра."На пост министра торговли он рекомендовал своего товарища Протопопова", - писал царь супруге, добавляя при этом: "Помнится, наш Друг упоминал о нем по какому-то поводу". Но в то время в правительстве не произошло никаких перемен, и Протопопов остался вторым после Родзянко человеком в Думе. В этом качестве он и возглавил делегацию депутатов Государственной Думы, летом 1916 года, совершившей вояж с миссией доброй воли по Англии, Франции и другим странам. Возвращаясь в Россию, в Стокгольме он встретился с чиновником германского посольства. Протопопов получил аудиенцию у царя и доложил о результатах своей поездки и беседы с немцем. "Вчера я видел человека, который мне очень понравился, - писал царь супруге. - Протопопов товарищ председателя Государственной Думы. Он ездил за границу с другими членами Думы и рассказал мне много интересного".
Теперь для назначения Протопопова на министерский пост было готово все: он очаровал царя своей обходительностью, получил от Родзянко рекомендацию как хороший работник и, самое главное, был угоден Распутину, следовательно, и императрице. Знакомство Протопопова со "старцем" продолжалось уже несколько лет. Здоровье у кандидата в министры внутренних дел было незавидным. Он страдал болезнью, которую, в зависимости от личного отношения, одни называли прогрессивным параличом спинного мозга, другие - поздней стадией сифилиса. Когда выяснилось, что доктора не в силах помочь, Протопопов обратился к Бадмаеву, врачевавшему травами бурятскому лекарю, который был в это время очень популярен в Петрограде. Бадмаев же дружил с Распутиным. Таким образом Протопопов, увлекавшийся мистикой и окульными науками, попал в число знакомцев "старца". Узнав, что императору понравился его любезный протеже, "отец Григорий" взял инициативу в свои руки и начал внушать царице, что Протопопова следует назначить министром внутренних дел.
"Григорий настойчиво просит тебя назначить Протопопова, - писала царица мужу в сентябре 1916 года. - Он знает нашего Друга по меньшей мере 4 года, а это говорит о многом". Два дня спустя императрица повторила: "Пожалуйста, назначь Протопопова министром внутренних дел; так как он член Думы, то это произведет на них большое впечатление и закроет им рты". Царь укорил жену за то, что она готова исполнить любой каприз "старца": "Мне кажется, что этот Протопопов - хороший человек. Родзянко уже давно предлагал его на должность министра торговли... Я должен обдумать этот вопрос, так как он застигает меня совершенно врасплох. Мнения нашего Друга о людях бывают иногда очень странными, как ты сама это знаешь, - поэтому нужно быть осторожным". Однако, спустя несколько дней, царь уступил. В телеграмме он указал: "Это должно быть сделано". А в письме присовокупил: "Дай Бог, чтобы Протопопов оказался тем человеком, в котором мы сейчас нуждаемся". Вне себя от радости, царица ответила: "Да благословит Господь твое назначение Протопопова. Наш Друг говорит, что ты очень мудро поступил, выбрав его".
Назначение шокировало Думу. Депутаты сочли принятие Протопоповым министерского поста в кабинете Штюрмера подлым предательством по отношении к ней... Когда один старый знакомый заявил Протопопову, что ему тотчас следует уйти в отставку, тот брякнул: "Как же я могу уйти в отставку? Я всю жизнь мечтал стать вице-губернатором, а тут я министр!"
Больше всех был зол на Протопопова Родзянко. Дрожа от гнева, он набросился на своего бывшего товарища и назвал его ренегатом. "Я надеюсь, - отвечал Протопопов, - что мне удастся что-нибудь изменить в положении вещей. Я уверяю вас, что государь готов на все хорошее, но ему мешают, вспоминал Родзянко. - Хорошо, пусть так, но при Штюрмере и Распутине разве вы в силах что-нибудь изменить? Вы только скомпрометируете себя и Думу. У вас не хватит сил бороться, и вы не отважитесь прямо говорить государю".
Вскоре после этого разговора Протопопов намекнул Родзянко, что с его помощью председатель Думы может быть назначен на пост премьера и министра иностранных дел вместо Штюрмера. Понимая, что ни царю, ни императрице никогда не придет в голову такая мысль, Родзянко выдвинул свои условия: "Я один должен обладать правом назначать министров... Императрица должна оставаться... в Ливадии до конца войны". Протопопов тотчас предложил Родзянко самому сообщить об этих условиях государыне.