Летом Кузнецов еще раз вылетал в Сталинград и Саратов для обсуждения с Ю. А. Пантелеевым дальнейших мер обеспечения судоходства по Волге. Хотя тральщики продолжали гибнуть, в течение лета 1943 года на минах больше не подорвался ни один танкер и ни одна баржа с топливом. При этом если в июне 1943 года план перевозок был выполнен на 70 %, то в июле он был выполнен уже на все 100 %. К осени все волжские фарватеры были очищены от немецких мин.
В сентябре Кузнецов доложил об этом А. И. Микояну. За лето удалось провести по Волге без потерь 8 тысяч судов, доставивших более 7 миллионов тонн нефтепродуктов. В дальнейшем речники Волги успешно осуществляли грузовые и пассажирские перевозки по всему протяжению судоходной реки. А едва в 1943 году закончилась битва за Сталинград, Сталин распорядился возобновить строительство Волго-Балтийского и продолжить подготовку к строительству Волго-Донского каналов.
С улучшением ситуации на Волге в августе 1943 года Кузнецов начал постепенно сокращать Волжскую флотилию, направляя ее кадры для вновь создаваемой Днепровской флотилии, которая была сформирована в сентябре 1943 года. Передавали и часть кораблей: катера, погрузив на платформы, перевозили по железной дороге. Часть бронекатеров вместе с командами перебрасывалась на юг для Азовской флотилии.
Несмотря на то что Кузнецов весьма эффективно справлялся с согласованием действий флотов и фронтов на местах, в Москве координация Генерального штаба и Главного Морского штаба на протяжении всей войны оставляла желать лучшего. Маршалы и генералы не слишком считались с моряками, полагая, что ВМФ играет в ходе сугубо континентальной войны весьма второстепенную роль. Тот факт, что нарком ВМФ практически сразу был исключен Сталиным из членов Ставки, являлся для многих маршалов и генералом реальным подтверждением незначительной роли флота. Ну а если Верховный так относится к ВМФ, значит, мы вообще будем его игнорировать…
К сожалению, отсутствие тесного взаимодействия наносило серьезный вред общему делу. Судя по мемуарам, Кузнецов на протяжении всей войны чувствовал себя очень обиженным как на недооценку значения ВМФ, так и на игнорирование лично его. Понять наркома в данном случае можно.
В апреле 1943 года начальник оперативного управления Главного Морского штаба контр-адмирал В. Л. Богденко в служебной записке отмечал: «За время войны Главный морской штаб ВМФ ни разу не был ориентирован Генеральным штабом по вопросам дальнейшего хода боевых действий и возникающим задачам флотов и флотилий. Без этого штаб был в затруднительном положении при постановке задач флотам, расчетах потребного количества кораблей и вооружения, расчетах развития базового и аэродромного строительства»[58].
Неоднократные попытки наладить взаимный обмен информацией между Главным Морским штабом и Генеральным штабом были в большинстве безуспешными. Загруженные своими делами, генштабисты от моряков просто отмахивались. В связи с этим в декабре 1943 года Кузнецов пожаловался Сталину, что командующие фронтами и армиями, ставя задачи оперативно подчиненным им флотам и флотилиям, не то что не согласовывают с Главным Морским штабом, но и не ставят его в известность о планируемых операциях. Сталин поинтересовался, как именно видит Кузнецов организацию взаимодействия между двумя штабами.
Кузнецов предложил, чтобы директивы флотам в связи с масштабными операциями на приморских направлениях исходили только из Ставки, а командующие фронтами ставили задачи подчиненным им флотам только на текущие операции. Эти меры позволили бы объединить усилия Генерального и Главного Морского штабов при подготовке оперативных директив флотам и флотилиям. При этом задачи флотам, которые те решают самостоятельно на морском направлении (борьба на морских коммуникациях, набеговые действия на береговые объекты и др.), должен ставить только нарком ВМФ, согласуя их с Генеральным штабом. Для лучшей организации взаимодействия сухопутных, воздушных и военно-морских сил во фронтовых и армейских операциях Кузнецов предложил сформировать в штабах фронтов и армий морские отделы, подчиненные начальнику штаба фронта или армии. Сталин попросил наркома ВМФ оставить ему эти предложения и обещал подумать. Однако решение тогда принято не было.