Сомнения Сталина в отношении Левченко были понятны: тот провалил оборону Крыма в 1941 году, был снят с должности и разжалован. Забегая вперед, отметим, что с новым поручением Левченко справился блестяще, доказав, что как моряк он на своем месте.
До конца 1943 года английские корабли прийти на Северный флот не успели, однако задел на будущее был создан.
Следует отметить, что Сталин с подачи Кузнецова настоял перед Ф. Рузвельтом о передаче СССР по ленд-лизу и небольших боевых кораблей, которые с 1943 года начали поступать в первую очередь на Северный флот. До конца 1943 года его пополнили пять тральщиков и шесть больших охотников за подводными лодками, что сразу улучшило оперативную обстановку в северных и арктических водах.
В декабре 1943 года Кузнецов отправился на Северный флот, чтобы на месте разобраться с обеспечением внешних и внутренних морских коммуникаций и оказать помощь командующему. Поскольку Кировскую железную дорогу и Беломорско-Балтийский канал противник перерезал, морские коммуникации оставались единственной возможностью сообщения на Севере. Морем перевозились грузы из Мурманска в Архангельск. Связь с районами восточнее Архангельска осуществлялась также Северным морским путем, которым шли транспорты и с Дальнего Востока. На всех направлениях мешали льды, туманы и штормы. В Арктике навигация продолжалась всего четыре месяца в году, а проникновение туда немецких подводных лодок вынудило перейти на систему небольших конвоев. Головко предстояло вывести из Арктики в Белое море ледокол «Иосиф Сталин» и ледорез «Литке», которые были нужны для проводки союзных конвоев в зимнее время.
Вернувшись в Москву, Кузнецов доложил Сталину об улучшении ситуации с охраной морских коммуникаций, об успехах подводников Северного флота, которые только за четыре месяца 1943 года потопили и повредили более сорока немецких судов. ВВС флота также потопили до сорока кораблей и транспортов противника.
В том же 1943 году Ставка начала подготовку к снятию блокады Ленинграда. На Балтийский флот были возложены две основные задачи: обеспечить перевозку войск на Ораниенбаумский плацдарм и подготовить огневой удар всеми силами береговой и корабельной артиллерии по укреплениям противника в полосе нашего наступления.
Наступление началось 14 января, в результате были освобождены Красное Село и Ропша, а Петергофско-Стрельнинская группировка противника оказались в кольце. К 30 января Ленинград был деблокирован. Огромную роль в этом сыграла морская береговая и корабельная артиллерия и авиация Балтийского флота.
Теперь следовало выдавить противника из восточной части Финского залива. Поэтому 13 августа Кузнецов обязал своей директивой Балтийский флот развернуть борьбу за Нарвско-Гогландскую укрепленную позицию, являвшуюся первой блокадной линией противника, а также захватить десантом ключевые острова этой позиции — Гогланд и Тютерс. После прорыва блокады основной задачей Балтийского флота, в том числе подводного, являлся выход из Финского залива в Балтийское море.
Подводники, которые тремя эшелонами прорывались из Финского залива в Балтийское море, в 1943 году понесли большие потери. Если годом ранее такие прорывы, несмотря на определенные потери, считались в целом успешными, то в 1943 году ситуация изменилась. Зимой 1942/43 года немецкое командование приняло решение окончательно «закупорить» советские субмарины в Финском заливе. Для этого с весны 1943 года началась постановка сплошных сетевых заграждений и еще большее уплотнение минных полей. Так, в апреле 1943 года между островами Нарген и Порккала были поставлены двойные противолодочные сети глубиной около 60 метров и протяженностью по фронту около 30 миль. Чтобы сети успешно противостояли непогоде, их не углубили до самого дна, а промежуток между нижним обрезом сети и дном прикрыли двумя сотнями донных мин.
В 1943 году при попытках прорыва в Балтийское море на минах погибли еще 5 подводных лодок, без реальных успехов. Несмотря на это, командование флота продолжало настаивать на прорывах лодок. Это вызвало непонимание и ропот среди подводников, которых фактически гнали на верную смерть. Вмешался наркомат ВМФ и, несмотря на сопротивление командования Балтфлота, прекратил бессмысленные попытки прорыва через минные поля.
Существует стойкая легенда, что посылать лодки через заграждения и минные поля запретил лично Сталин, которому доложили о творящихся на Балтике безобразиях. Версия продолжает жить, хотя установлено, что вопрос был решен на уровне наркомата.