В навигационную кампанию 1943 года Кузнецов продолжал заниматься и судоходством по Волге, имевшим тогда стратегическое значение для страны. Несмотря на то что после Сталинградской битвы немцы были далеко отброшены, сражение за реку не прекратилось. Теперь немцы производили усиленное минирование с самолетов главной речной транспортной артерии СССР, не редки были и атаки судов самолетами. Потери росли. Подрывались и тонули танкеры; разливаясь по реке, километрами горела нефть. Возникало обоснованное опасение, что движение танкеров и нефтяных барж по реке может вовсе прерваться.
Перед наркомом речного флота З. А. Шашковым стояла задача любой ценой сохранить для будущих перевозок суда, сосредоточенные в Астрахани, которые могли в любой момент стать жертвой авиации противника. Кузнецову же предстояло обеспечить безопасность плавания по Волге.
В начале марта 1943 года нарком ВМФ приказал сформировать на Каспийской флотилии оборону Астраханского рейда в составе дивизиона четырех плавучих батарей, отряда кораблей охранения, отряда тральных средств и других сил и средств.
В конце апреля в Астрахань вылетели сразу три наркома — Н. Г. Кузнецов (ВМФ), П. П. Ширшов (морской флот) и З. А. Шашков (речной флот). Им было приказано совместными усилиями обеспечить бесперебойное движение караванов и их охрану от мин и воздушных налетов на Волге.
По воспоминаниям Кузнецова, ему позвонил секретарь Сталина Поскребышев и передал:
— Немедленно приезжайте! Разбирается вопрос о плавании по Волге. В кабинете Сталина в Кремле собрались члены Государственного Комитета Обороны и работники Генерального штаба…
Задав несколько вопросов Кузнецову по состоянию дел на Волжской флотилии, Сталин сказал:
— Вам надлежит выехать на место, разобраться во всем и принять самые решительные меры для обеспечения движения судов.
Кузнецов попросил разрешения задержаться на сутки, чтобы переговорить с А. И. Микояном (который был назначен ответственным за перевозки нефти по Волге) и наркомом речного флота З. А. Шашковым.
Перед отъездом он также позаботился о замене командования Волжской флотилии. Ее возглавил опытный контр-адмирал Ю. А. Пантелеев, бывший сослуживец и друг Кузнецова по крейсеру «Червона Украина». Членом Военного совета флотилии стал опытный политработник с Тихого океана капитан 1-го ранга Н. П. Зарембо.