С ноября 1945 по февраль 1946-го Лихачев возглавлял специальную следственную бригаду контрразведки СМЕРШ в Нюрнберге, находившуюся в подчинении 1-го заместителя наркома государственной безопасности Б. З. Кобулова и предназначенную для выполнения особо секретных заданий, требовавших особой секретности. Он организовывал доставку Паулюса в Нюрнберг; при этом надо отметить, что генерал-фельдмаршал Эрих фон Манштейн сдался британским войскам и именно они, а не советские органы обеспечивали его доставку в Нюрнберг. За проведенную в Нюрнберге операцию наград Лихачев не получил.
20 мая 1946 года Лихачев был назначен заместителем начальника Следственной части по особо важным делам МГБ СССР. Принимал непосредственное участие в фабрикации дела министра иностранных дел Венгрии Ласло Райка (1949) и дела Еврейского антифашистского комитета (1948–1952). По решению Комиссии Политбюро ЦК ВКП(б), проверявшей деятельность министра госбезопасности генерал-полковника В. С. Абакумова, 13 июля 1951 года Лихачев вместе со своим начальником был снят с поста, исключен из партии и арестован. Как «человек Абакумова» и, таким образом, противник Берии, Лихачев после смерти И. В. Сталина освобожден не был. Затем он был выведен на один процесс с Абакумовым и вместе с ним расстрелян по приговору Военной коллегии Верховного суда СССР. Как человек, непосредственно причастный к преступлениям против правосудия, он до сих пор не реабилитирован.