Наибольшую полемику, как и ожидалось, вызвал болгарский вопрос. В ходе его обсуждения русско-английские отношения настолько обострились, что Дизраэли заявил о намерении покинуть конгресс и вернуться в Лондон (был даже заказан экстренный поезд), чтобы убедить королеву объявить войну России. Этот прямой шантаж не имел, впрочем, серьезных последствий. Болгария была разделена по Балканскому хребту. Северная Болгария объявлялась вассальным государством, платящим дань Порте, с правом выбирать себе князя, утверждаемого султаном с согласия великих держав, а также содержать войска и выработать Органический статут (конституцию). Южная Болгария – она получила название Восточной Румелии, – обретя административную автономию, возвращалась Османской империи. Права болгарского народа оказались существенно урезанными, но тот факт, что обе части Болгарии получили автономию, был значительным достижением и способствовал их объединению в будущем. Территории Северной и Южной Болгарий значительно сокращались, вне их пределов остались сотни тысяч болгар. И все же общая территория Болгарского княжества с Восточной Румелией являлась более реальной с точки зрения национальной и исторической общности болгарского населения, нежели границы Великой Болгарии. Очертания и площадь территории нынешней Республики Болгарии практически совпадают с границами, установившимися в результате слияния обеих частей Болгарии в 1885–1886 гг.
Конгресс признал независимость Сербии, Черногории и Румынии, но внес изменения в их границы. Территория Черногории по сравнению со Сан-Стефанским договором была заметно урезана, хотя княжество сохранило плодородные герцеговинские земли с Никшичем и участок Адриатического побережья с портом Дульциньо и гаванью Бар. Сербия, наоборот, получила более значительные приращения за счет районов в Старой Сербии с Нишем, Пиротом, Вране. Это произошло благодаря настояниям Андраши: в Вене, добившись согласия от Петербурга и Лондона признания «прав» в северо-западном регионе Балканского полуострова, могли теперь отказаться от антисербского курса периода кампаний 1876 и 1877–1878 гг. и взять на себя роль покровителя интересов Сербии. Расширение страны было куплено в обмен на заключение с Австро-Венгрией во время конгресса конвенции по торговому и таможенному вопросам и обязательство княжеского правительства построить нужную для австрийцев железную дорогу Белград – Ниш. Румыния несколько увеличивала приобретения в Добрудже, но передавала России Южную Бесарабию.
Герцеговинцы и боснийцы, первыми поднявшиеся на вооруженную борьбу, вместо обретения свободы попали под новое иго. Получив санкцию конгресса, австрийские войска летом – осенью 1878 г. заняли Боснию, Герцеговину и часть Новипазарского санджака. Хотя султан продолжал оставаться сюзереном этих областей, Вена, введя там свое управление, рассматривала оккупацию как постоянную, рассчитывая в подходящий момент превратить ее в аннексию.
Конгрессом был рассмотрен вопрос о расширении границ Греции. Эту возможность предусматривали еще рейхштадтское и будапештское соглашения России с Австро-Венгрией. Англия и Франция рассматривали эллинское королевство как барьер против продвижения славянских народов, в первую очередь, болгар к Эгейскому и Адриатическому морям. Европейские депутаты призвали Грецию и Турцию приступить к переговорам об исправлении границ и наметили демаркационные линии между ними. Под давлением держав на Порту, Греция, хотя и явилась единственным государством Юго-Восточной Европы не воевавшим в годы восточного кризиса с Турцией, получила самое большое территориальное расширение – почти всю Фессалию и провинцию Арта в Эпире.
Во время восточного кризиса 1875–1878 гг. державы фактически отказались от доктрины сохранения целостности Османской империи. Подписанный в Берлине трактат установил новую геополитическую систему в Юго-Восточной Европе, основные компоненты которой просуществовали до Балканских войн 1912–1913 гг. Хотя конгресс существенно урезал постановления Сан-Стефанского прелиминария, западные державы не смогли изменить главных итогов войны – предоставление независимости балканским государствам и политической автономии Болгарии. Берлинский трактат явился значительным шагом в освобождении Балкан и создавал условия его народам для дальнейшего развития. Но в тоже время этот договор, оставив под властью Османской империи значительную территорию юго-восточной части Балкан и передав Боснию и Герцеговину под управление Австро-Венгрии, не только затруднил процесс консолидации балканских наций, но и создал очаги конфликтов: в октябре – ноябре 1878 г. в Македонии бушевало Кресненско-Разложское восстание; официально оформленная в июне 1878 г. Призренская лига до ее разгрома турками в апреле 1881 г. возглавляла албанское национальное движение; на протяжении всего 1882 г. шло восстание в Боснии и Герцеговине против австрийского оккупационного режима.