Лидером швейцарской реформации стал известный богослов и проповедник Ульрих Цвингли. Большую известность он приобрел после приглашения в 1519 г. в Цюрих на должность священника городского собора. Евангелические идеи Цвингли быстро распространились во многих городах Швейцарии и Южной Германии. Цвингли резко выступал против как католицизма, так и других реформаторских течений. В противоборстве с цвинглианством в Цюрихе зародилось движение анабаптизма – радикальной христианской секты, выступавшей против института священничества и любой церковной организации. Последователи этого движения подвергались гонениям со стороны городских властей. Цвингли считал, что ложный характер носит и лютеранская реформация, а его отношения с Мартином Лютером приобрели остроту личного конфликта. Попытки сторонников Цвингли силой навязать идеи протестантизма в «католических» кантонах Швейцарии завершись гражданской войной. В одном из сражений в 1531 г. был убит и сам Цвингли.
Впоследствии в Швейцарии широко распространилась лютеранская трактовка протестантизма. Но именно здесь зародилось и движение кальвинизма. Эмигрировавший из Франции Жан Кальвин издал в 1536 г. в Базеле свой главный богословский труд «Наставления в христианской вере». С 1536 г. Кальвин обосновался в Женеве. Под его влиянием женевская городская община превратилась в настоящую теократию. В городе утвердился репрессивный режим, подвергавший жестким преследованиям любые проявления инакомыслия и «порочности нравов». Одновременно Женева стала одним из крупнейших европейских центров протестантской мысли. В городе действовали более 60 типографий, производивших кальвинистскую литературу. В 1559 г. в Женеве открылась Академия, в которой обучались кальвинистские богословы.
Во второй половине XVI в. в Швейцарии возросло влияние католической церкви. Особым решением папы здесь была введена должность постоянного нунция и созданы несколько иезуитских школ. В 1568 г. был сформирован так называемый «Золотой союз» семи «католических» кантонов, участники которого выступали с единых позиций на заседаниях тагзатцунга и координировали свою внешнюю политику. Религиозный сепаратизм поставил швейцарскую конфедерацию на грань раскола. Однако прочные экономические связи кантонов, а также гибкая политическая система способствовали преодолению этого кризиса. В дальнейшем швейцарское общество сохранило многоконфессиональный характер.
Эпоха Тридцатилетней войны существенно сказалась на экономическом и политическом развитии Швейцарии. Заключение союза с Францией в 1602 г. способствовало упрочению курса на веротерпимость (благодаря политике Генриха IV) и обеспечило Швейцарии достаточные гарантии от внешней угрозы. Спрос на продовольствие и наемников в странах-участницах Тридцатилетней войны вызвал приток в Швейцарию капиталов и активизацию торговли. Международный авторитет Швейцарии оказался так высок, что бургомистру Базеля удалось добиться при подписании мирных договоров в 1648 г. официального освобождения своей страны от всех обязательств перед Священной Римской империей. Тем самым, Швейцария окончательно стала суверенным государством.
Однако в самой стране нарастал социально-экономический кризис. Усилилось налогообложение, значительно выросли внутренние цены. Сельское население проявляло массовое недовольство, вылившееся в 1656 г. в масштабную крестьянскую войну. Ее подавление значительно укрепило роль городских магистратов в политической системе страны и ускорило развитие экономики по капиталистическому пути. В дальнейшем патриархальные порядки сохранялись лишь в горных кантонах, население которых занималось пастбищный скотоводством. В большинстве кантонов с успехом ширилось мануфактурное производство. В XVIII в. Швейцария укрепила свое положение одного из ведущих центров текстильного, часового, ювелирного, бумажного производства. Общеевропейское значение сохраняли ярмарки в Женеве и Базеле. Появились и первые швейцарские банки, специализировавшиеся на кредитных расчетах.
Республиканский характер швейцарской государственности избавил страну от противоречий, связанный с формированием и эволюцией абсолютистского строя. Однако на протяжении XVIII в. росло напряжение во взаимоотношениях городского патрициата и зарождавшегося «третьего сословия». Периодически вспыхивали городские восстания. Крупнейшие из них произошли в 1713 г. в Цюрихе, в 1749 г. в Берне, в 1781 г. в Женеве и Фрейбурге. Достаточно радикальные формы приняло в Швейцарии и просветительское движение. В 1761 г. здесь было создано «Гельветическое общество», среди участников которого были популярны идеи Руссо. После начала революции во Франции Швейцария оказалась охвачена массовым демократическим движением. В 1792 г. в Базеле образовалась Рауракская республика, которая в мае 1793 г. присоединилась к Франции.