В царский период Варлаамо-Хутынский монастырь стабильно развивался. С 1764 г. он был необщежительным мужским монастырем первого класса. Этот монастырь с 1787 г. был летней резиденцией управлявших им викариев-новгородцев. В нем были возведены красивые каменные храмы: пятиглавый Преображенский собор (1515), храм во имя преподобного Варлаама Хутынского (1552, 1646 – приделы), больничный храм во имя Всех Святых (1781), домовый храм во имя святителя Иоанна Богослова (начало ХIХ в.). В 1816 г. в Преображенском соборе в его приделе во имя архангела Гавриила (1646) был погребен знаменитый поэт Г.Р. Державин (1743–1816), здесь же была похоронена (1862) и его жена Д.А. Державина (в девичестве Дьякова), позже захоронение знаменитого поэта перенесли в Новгородский кремль. Монастырь славился своими звонницами с древними колоколами. Первую колокольню построили в 1445 г., ее перестроили в 1535 г.; новую колокольню соорудили в 1768–1774 гг. над южными воротами (на ней было 17 колоколов). Особо славились 3 старинных монастырских колокола, отлитых в 1532, 1596, 1599 гг. Монастырская ризница хранила большие богатства, библиотека имела старинные книги и рукописи; в архиве монастыря хранились около 50 грамот, данных ему в ХVI – ХVIII вв. Внутри обители были фруктовый сад, огороды. Монастырь имел большие земельные владения, занимался рыбной ловлей, покосами. При нем действовала (с 1890) церковноприходская школа на 30 детей.
Варлаамо-Хутынский монастырь закрыли в 1919 г., его богатства национализировали. В 1930-е гг. с колокольни сбросили все колокола, они в основном раскололись, осколки колоколов отвезли в Новгород и переплавили; погибли и 3 старинных колокола (ХVI в.). На территории монастыря в довоенный период размещались тракторная станция, а потом психиатрическая больница. В период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг. монастырь сильно пострадал, почти был разрушен. В 1976 г. в нем начались реставрационные работы, при этом в нем в 1970–1980 гг. была организована зона отдыха. Варлаамо-Хутынский монастырь вернули Церкви в 1991 г., с 1992 г. в нем возродилась деятельная монашеская жизнь. Теперь это женский монастырь. В монастыре действует мастерская по пошиву церковных облачений и вышивке, развивается иконописание, укрепляется подсобное хозяйство (есть скотный двор, огороды), у обители есть пахотные земли. Пока в монастыре живут не многим более 40 насельниц (36 – в 2000 г.). Уже отремонтированы, благоустроены, украшены огромный 5-купольный Преображенский собор и 2-этажная трапезная церковь Варлаама.