Чуть ранее описанных событий, а именно 5 мая 1813 года, в Квебек прибыл срочно отозванный из Лондона кэптен Джеймс Лукас Йео, который должен был заменить Хью Эрла на посту командующего Провинциальным Флотом. С собой он захватил 150 моряков
В Сэкетс Харбор американцы достраивали 28-пушечный корвет «Дженерал Пайк» (889 тонн, вооружение — 24-фунтовые длинные пушки старого образца, установленные ранее на хамфрисовском фрегате «Конститьюшн»), и Йео знал об этом. Знал он также и о нападении американской флотилии на Йорк, поэтому британский командир решил атаковать и разорить Сэкетс Харбор, пока корабли Чонси находятся в районе реки Ниагара.
Для экспедиции Йео забрал все войска из Кингстона, возглавил их губернатор Джон Прево, поскольку все остальные офицеры находились на Ниагаре. 27 мая, как раз в тот день, когда Чонси и Перри начали атаку на форт Джордж, отряд взял курс на юг. Состав флотилии был следующий: 24-пушечный шлюп «Вольф», 20-пушечный прам «Роял Джордж», 18-пушечные бригантины «Граф» и «Мойра», 16-пушечный прам-шхуна «Бересфорд» (перестроенный зимой в шхуну «Принс-Регент»), 12-пушечные шхуны «Симко» и «Сэнка» (
На тот момент гарнизон Сэкетс Харбора составляли 400 солдат и 150 драгун, а также до 750 милиционеров-рейнджеров. С запада и юга вокруг городка и верфей находились земляные валы с засеками, которые были построены еще в прошлом году после первого нападения англичан. С юго-запада вход в городок прикрывал форт Томкинс. На противоположной стороне гавани размещался аналогичный форт Пайк. Перед британцами располагался именно форт Томкинс. В гавани стояли две шхуны — «Фейр Америкэн» (водоизмещение 82 тонны, 52 члена экипажа на борту, вооружение — 12-фунтовая и 32-фунтовая пушки) и «Перт». Они стояли у устья Блеквотер Крик, речушки к северо-востоку от Сэкетс Харбор, под командованием лейтенанта Уолкота Чонси, младшего брата Айзека Чонси.
Утром, 29 мая, войска Йео и Прево атаковали город. Под огнем рейнджеров британские солдаты высадились на Хорс Айленд, и, развернув там батарею, обстреляли форт Томкинс, защищавший гавань города. Далее англичане опрокинули милиционеров и по дамбе вошли в город, решив захватить форт Томкинс сходу. Однако прибывший туда американский бригадный генерал Джейкоб Браун остановил бегство и организовал плотный огонь. В этот момент британская шхуна «Бересфорд» на веслах подошла ближе к берегу и стала обстреливать противника с моря. Это привело к панике среди гражданского населения. Люди мысленно уже сдались и начали спешно уничтожать верфи, склады и корабли, чтобы они не достались противнику. Зачадили продовольственные магазины, молодой американский офицер Джон Друри приказал сжечь строящийся военный шлюп «Дженерал Пайк». Прибывший к верфям Уолкот Чонси попытался прекратить беспорядок, «Дженерал Пайк» удалось потушить и спасти, а вот стоявший рядом «Дюк оф Глостер» сгорел напрочь.
План-схема атаки Сэкетс-Харбор