Оставалась только крепость Фамагуста, которая была осаждена следующей весной. Героически обороняясь, она продержалась три месяца. Венецианский гарнизон был воодушевлен красноречием губернатора, Марка Антонио Брагадино. Лала Мустафа, чтобы ободрить своих солдат, уверял их, что противники — такие же люди, как и в Никосии, невоенные и неопытные. Тем не менее он был впечатлен сопротивлением венецианцев и в депеше в Стамбул сообщил, что Фамагусту защищают не люди, а гиганты. Туркам пришлось изрядно потрудиться, чтобы соорудить форты и углубить траншеи, в которых можно было бы укрыть кавалерию, после чего они предприняли ряд атак через брешь в стене, проделанную взрывом мины, но встретили стойкое сопротивление. Противник наполнил ров перед равелином бревнами, вязанками хвороста и другими легковоспламеняющимися предметами, поджег их и поддерживал огонь на протяжении многих дней. Страдания турок усилились добавлением в огонь древесины особой породы деревьев, росших на острове, которая при горении выделяла ядовитое зловоние. Защитники уже питались мясом лошадей, ослов, собак и «подобной тошнотворной пищей». Когда после трехмесячной осады у них осталось всего семь бочек пороха, Брагадино не оставалось ничего иного, кроме как добиваться капитуляции на почетных условиях.
Мустафа был склонен предоставить следующие условия: в обмен на сдачу крепости всем сохранят жизнь, гарнизон с оружием будет доставлен турецкими судами на Крит, а жителям города предоставят право уехать кто куда пожелает. Когда Брагадино прибыл верхом в лагерь турок с тремя своими командирами и военным эскортом, чтобы вручить ключи от города, Мустафа вначале обошелся с ним учтиво, и они дружелюбно побеседовали. Но затем обстановка обострилась, вначале из-за обвинения Брагадино в массовом убийстве турецких пленных, а затем после требования Мустафы предоставить ему заложников в качестве гарантии возвращения его кораблей.
Брагадино отказался, поскольку это противоречило условиям перемирия, и Мустафа, печально известный вспышками безудержной ярости, впал в гнев и объявил все договоренности не имеющими силы. Брагадино был закован в цепи, затем его заставили вытянуть шею, и Мустафа, как утверждают, отрезал у него нос и правое ухо. После двухнедельного заключения он был прикован к позорному столбу на центральной площади Фамагусты, где после отказа принять ислам с него, живого, сняли кожу. Его тело было расчленено и выставлено на всеобщее обозрение. Затем по распоряжению Мустафы его кожа была высушена, набита соломой и получившееся чучело провезли по городу на спине коровы.
Двумя годами позже Венеция вынуждена была уступить остров султану, согласно мирному договору, предусматривавшему компенсацию, достаточную для покрытия расходов, связанных с его завоеванием. Его последующее управление было достаточно просвещенным и следовало стандартной османской практике, применявшейся в те времена на захваченных территориях. Прежние привилегии греческой ортодоксальной церкви были восстановлены за счет католиков-латинян, и ей была возвращена собственность. Латинская система крепостничества была упразднена. Земля, ранее принадлежавшая венецианской знати, перешла в собственность Османского государства. Местным жителям помогло экономическое развитие и вливание финансовых ресурсов. Значительное число переселенцев было доставлено из Центральной Анатолии вместе со скотом и сельскохозяйственными орудиями, чтобы заселить свободные земли.
Захват Кипра должен был спровоцировать широкомасштабное возмездие. Вторжение на остров привело к образованию, при активном участии папы Пия V, вечной Священной лиги, снова стремившейся объединить христианские страны в духе крестоносцев. Вследствие привычных взаимных подозрений и конфликтов интересов христианских государств потребовалось больше года, чтобы лига стала реальностью. Венеция опасалась, что лига может усилить за счет Италии мощь Испании. Но и Испания не хотела, чтобы в выигрыше оказалась Венеция, которая к тому же в любой момент могла переметнуться на сторону султана. Франция, в свою очередь, не желала усиления Испании, извечного соперника, и была склонна, как и раньше, обратиться к тайному союзнику, султану. Поэтому она не играла в Священной лиге никакой роли, а напротив, стремилась предотвратить ее возникновение.