Хотя новый договор, безусловно, был унизительным для Османской империи, его условия оказались менее суровыми, чем могли бы быть. Дело в том, что царица была теперь готова идти на мировую, поскольку победы русского оружия обходились очень дорого, а также из-за внутренних волнений, как дома, так и в Польше. Россия не стала сохранять контроль над Крымом, но и не вернула его туркам, признав политическую независимость населявших его татар, как и в Бессарабии, вплоть до границ Польши. Крыму предстояло управляться местным правителем, который должен был избираться и править без вмешательства со стороны русских и турок. В религиозных вопросах татары по-прежнему подчинялись османскому султану-халифу, что было первым международным признанием прав султана в отношении мусульман за пределами империи.
В то же время удержание Россией двух ключевых крепостей — Керчи и Еникале, а также городов Азов и Кинбурн создавало для них сильный плацдарм в Крыму и в прилегающих областях, а значит, и средство для захвата Крыма в любое время, когда они пожелают. Но самое главное заключалось в том, что это давало российскому флоту доступ в Черное море, иными словами, то, что Россия добивалась со времен Петра Великого, почти сто лет назад. Никогда больше Черное море уже не будет оставаться исключительно, «чисто и нерушимо», османским озером. Согласно договору Россия получила право навигации в его водах. На основе взаимности это право распространялось на прибрежные воды обеих держав и предполагало русское консульское присутствие в тех частях Османской империи, где затрагивались интересы России.
В Средиземном море русский флот должен был покинуть Греческий архипелаг. В Азии Порте были возвращены Грузия и Мингрелия. То же самое касалось румынских провинций Валахия и Молдавия. Но в этом случае делалась одна существенная оговорка. Здесь не только должно было гарантироваться справедливое правление и свобода вероисповедания для христианского населения, но и право русских на вмешательство от его имени через русских послов, аккредитованных в Порте. Это подразумевало право защиты, которое русские позже расширили на всех христианских подданных империи, открыв путь к зловещим конфликтам в будущем. Помимо этого, русские подданные должны были иметь свободный доступ, как паломники, к святым местам Палестины, без уплаты подушного налога и под защитой османских законов.
Кючук-Кайнарджийский договор еще не преследовал цель расчленения Османской империи извне, в территориальном смысле. Но он стал отправным пунктом для новой серьезной политики ее расчленения изнутри. На религиозной почве этот договор посеял семена внутреннего раскола, в чем русские в дальнейшем показали себя большими мастерами. Тем временем, в сущности облегчая эту политику, султан принял решение еще раз разрешить открытие резиденции постоянного русского посла в Порте и присвоить русскому суверену статус и титул падишаха.
Мустафа проявил себя правителем доброй воли и конструктивных намерений, имевшим в себе дух реформаторства. В этом плане он поощрял деятельность барона де Тотта, который по его предложению основал математическую школу и руководил ею. Это побудило офицеров армии и флота вновь погрузиться в забытые таинства тригонометрии.
Султан Мустафа III не дожил до времени, когда начали рушиться его смелые устремления, и не узнал, какими печальными были их последствия.
Все еще веря в свою звезду и в свою судьбу Джихангира — Покорителя мира (псевдоним, которым подписывал стихи), он решил в 1773 году лично отправиться на Дунайский фронт и принять командование у своих военачальников. Его удержали министры; улема воспротивилась его отъезду, главным образом из-за плохого состояния здоровья султана, и, как выяснилось, не без оснований. В конце года султан скончался от болезни, после нескольких недель страданий от боли. Ему, заслужившему уважение за решимость вдохнуть в Османскую империю новую жизнь и защитить ее от вторжений со стороны России, не хватило не только политического здравомыслия и стойкости характера, но также материальных и людских ресурсов, чтобы добиться возрождения державы. Он был не первым в ряду султанов последних поколений, кому не удалось превзойти своих более сильных и ярких предшественников.
Его брат — после сорока трех лет пребывания в «Клетке» — вышел оттуда, чтобы унаследовать султанат под именем Абдул Хамида I. Взойдя на трон, он обнаружил казну настолько истощенной, что не смог дать янычарам, как было принято в начале каждого правления, традиционное подношение. Он был добрым, но неэффективным монархом, имевшим благие намерения, но слабый характер. Тем не менее выход из «Клетки» пошел ему на пользу, и он произвел на свет двадцать два ребенка. Большинство из них умерло в раннем детстве. Один из тех, кто выжил и впоследствии стал заметным правителем, носил имя Махмуда II. Возможно, в его жилах текла французская кровь, поскольку он, предположительно, был ребенком Эме Дюбюк де Ривери, кузины будущей императрицы Жозефины и бесспорной фаворитки в гареме его отца.