Анатолий Фёдорович был избран почетным членом многих юридических, филологических, медицинских, психиатрических и иных обществ. В его архиве, переданном им Пушкинскому Дому в 1920 году, хранится 148 документов, удостоверяющих избрание его в различные общества.
А. Ф. Кони знали и ценили многие выдающиеся деятели литературы и искусства, ученые и политические деятели. О многих из них, в частности, о Л. Н. Толстом, А. П. Чехове, П. Д. Боборыкине, А. Ф. Писемском, он оставил интересные воспоминания. Но в круг его друзей входили не только знаменитости. Он общался и поддерживал дружеские связи со многими людьми, представителями всех слоев населения. К нему тянулись разные лица за советом, поддержкой, помощью. В его архиве насчитывается более тысячи визитных карточек лиц, приходивших к нему. Здесь и писатели, и артисты, и чиновники, и общественные деятели.
Тридцатого мая 1917 года Анатолий Фёдорович по указу Временного правительства был назначен первоприсутствующим (председателем) в общем собрании кассационных департаментов Правительствующего сената, где оставался до 25 декабря того же года (до упразднения этого органа).
Когда постановлением Временного правительства была образована Комиссия по восстановлению основных положений Судебной реформы 1864 года и согласованию их с произошедшей переменой в государственном устройстве, А. Ф. Кони также вошел в ее состав, в число 60 лучших юристов и общественных деятелей России. Он возглавил одну из трех подкомиссий — по уголовному судопроизводству. На первом же заседании Комиссии, произошедшем 13 апреля 1917 года под председательством министра юстиции А. Ф. Керенского, Анатолий Фёдорович выступил с сообщением, в котором воспроизвел «
В январе 1918 года Кони был избран профессором по кафедре уголовного судопроизводства в Первом Петроградском университете. Он преподавал также и в некоторых других высших учебных заведениях. Продолжал Анатолий Фёдорович и свою активную лекционную работу. За годы советской власти им была прочитана почти тысяча лекций.
В 1921 году в Петрограде Кони выпустил книгу «Некрасов и Достоевский. По личным воспоминаниям».
В 1924 году на общем собрании Академии наук было торжественно отмечено 80-летие А. Ф. Кони. В следующем году в Ленинграде вышел в свет юбилейный сборник «Анатолий Фёдорович Кони. 1844–1924».
А. Ф. Кони скончался 17 сентября 1927 года на 84-м году жизни и был похоронен на Тихвинском кладбище Александро-Невской лавры в Ленинграде. Позднее прах его перенесен на Литературные мостки Волкова кладбища.
В конце жизни Кони писал о том, что он был и состоит
«Неужели я не убил государя?»
Второго апреля 1879 года, в начале десятого утра, император Александр II совершал свою обычную прогулку. Он не спеша обошел здание гвардейского штаба и повернул на Дворцовую площадь. Жандармские и полицейские чины, охранявшие государя, следовали за ним на «почтительном расстоянии». Штаб-ротмистр Кох стоял на противоположной стороне площади, у подъезда Министерства финансов, и пристально следил за движением императора. На Певческом мосту расположились пристав Зиновьев и несколько полицейских. Издали за Александром II с интересом наблюдали обыватели. Ничто не вызывало подозрений у стражей порядка. Они не отреагировали даже тогда, когда от угла гвардейского штаба, через площадь, прямо навстречу императору быстрым, твердым и спокойным шагом пошел какой-то высокий господин в форменной чиновничьей фуражке. Примерно шагах в двенадцати от императора неизвестный резко вскинул руку и выстрелил. Пуля пролетела мимо. После первого выстрела Александр II зигзагами побежал к Певческому мосту. Мужчина бежал за ним, сделав на ходу еще четыре выстрела. Первым опомнился жандарм Кох. В несколько прыжков он настиг террориста и свалил его с ног сильным ударом шашки плашмя.
Ни один выстрел не причинил императору никакого вреда. Был лишь легко ранен в щеку оказавшийся неподалеку вахмистр Милашкевич.
Когда стрелявшего подняли с земли, он первым делом воскликнул: