14 марта в Москве начал работу 4-й чрезвычайный съезд Советов. На нем предстояло утвердить положения Брестского мира. С основным докладом о ратификации мирного договора выступил В.И. Ленин, затем развернулась дискуссия. Страсти на съезде разгорелись нешуточные. Часть делегатов выступила против ратификации. Среди выступивших против заключения мира были и Коллонтай с Дыбенко. Обиженные на Ленина, они решили показать, что тоже чего-то стоят, и откровенно перейдя в лагерь левых эсеров. Однако и на этот раз влюбленные просчитались. Большинством 724 голосов против 276 и при 118 воздержавшихся съезд 15 марта утвердил написанную Лениным и предложенную большевистской фракцией резолюцию, о ратификации Брестского договора. Газета «Новая жизнь» 16 марта 1918 года писала, что на съезде особо рьяно выступал против Брестского мира Дыбенко, призывая организовывать партизанские отряды для борьбы с немцами. Впрочем, Дыбенко уже никто не слушал. Нарва напрочь уничтожила его авторитет.
А в заключительный день съезда Ленин занялся и влюбленными оппозиционерами. Он не скрывал, что разочарован в Коллонтай.
— Я нахожу сложным доверять женщине, которая путает свою политическую деятельность с личными отношениями! — якобы, сказал вождь российской революции.
Первым делом было документально оформлено снятие Коллонтай со всех ранее ею занимаемых постов. Потом взялись и за Дыбенко. Делегаты рассмотрели вопрос о его преступлениях перед революцией. В ответ на это Дыбенко заявил о сдаче поста наркома, с которого он был уже и так снят. Вел он при этом себя весьма развязано. Такое поведение возмутило делегатов. Прозвучали предложения о революционном суде над зарвавшимся анархистом и даже о его расстреле. Лев Троцкий требовал проведения показательного процесса над Дыбенко за дезертирство и преступное легкомыслие, граничившие с предательством. Отметим, что едва было заведено дело на Дыбенко, то самым горячим обличителем «матросского наркома» стал Федор Раскольников, обвинивший своего недавнего приятеля в пьянстве, моральном разложении и «спаивании» матросов-балтийцев ради «обретения дешевой популярности». Что стояло за этим поступком Раскольникова, мы не знаем. Возможно, он на самом деле горел праведным гневом на отступника. Возможно, ревновал Дыбенко к его популярности у матросов. А может, он не мог простить бородатому матросу, что тот увел у него из под носа Коллонтай.
Но призывы Расколькникова к расправе над Дыбенко повисли в воздухе. Дело в том, что на улице Дыбенко ждали полсотни вооруженных до зубов и не слишком трезвых матросов, а неподалеку в полной готовности располагался и весь «летучий» отряд мичмана Павлова. Что касается матросского отряда самого Раскольникова, тодыбенковцы там уже провели определенную работу и раскольниковцы обещали хранить нейтралитет. Поэтому трогать Дыбенко было, по-прежнему, опасно. Чтобы как-то выйти из создавшейся непростой ситуации, разбирать «дело Дыбенко» было поручено Совнаркому. Но и комиссары не знали, что им делать с дезертиром-бунтарем, а потому пять раз рассматривали вопрос о Дыбенко на своих заседаниях, не придя единому мнению.
Не сидел без дела и сам Дыбенко. Уже 17 марта он выступил перед матросами своего отряда и матросами других находившихся в Москве отрядов, призвав их к выступлению против решения съезда и к протестам против назначения Троцкого наркомом военных и морских дел. После этого о поддержке Дыбенко заявили и матросы дотоле преданного правительству отряда Раскольникова. Матросская солидарность оказалась для братишек важнее солидарности партийной. О поддержке матросов заявили и московские анархистские отряды, лояльно отнеслись к демаршу матросов, а так же левые эсеры. Обстановка сразу накалилась, так как за Дыбенко, неожиданно для большевиков, оказалась реальная боевая сила, совладать с которой в тот момент в Москве было некому.
Впрочем, большевики все же кое-что делать пытались. В тот же день 17 марта глава только что созданной Всероссийской чрезвычайной комиссии (ВЧК) Ф.Э. Дзержинский приказывает арестовать Дыбенко за его прошлые «грехи» и подстрекательство к бунту матросов. Дзержинский обвинял Дыбенко и его матросов в многочисленных грабежах и даже… в попытке убить Свердлова. Дзержинский заявлял, что матросы угрожали покончить и с другими руководителями революции. Испытывая “отвращение к неумеренности матросов», Дзержинский угрожал «широко распространить информацию об аресте председателя Центробалта» и дошёл до утверждения, что «те, кто пытается освободить Дыбенко из заключения, должны считаться врагами и предателями народа». Разумеется, распоряжение «железного Феликса» так и осталось на бумаге. В реальности никто арестовывать Дыбенко не посмел.