Призывы Ленина к Коллонтай и Дыбенко вернуться и сдаться властям были последними проигнорированы. Когда же Крыленко связался по телеграфу с Дыбенко, тот открыто пригрозил: «… еще неизвестно, кто и кого будет арестовывать». Поэтесса Зинаида Гиппиус в своем дневнике так описала сложившуюся трагикомическую ситуацию: «Да тут же еще Крыленко пошел на Дыбенку, а Дыбенко на Крыленку, друг друга хотят арестовать, а жена Дыбенки — Коллонтай — тоже отставная и где-то тут путается».
В апреле 1918 года Дыбенко объявляется в Самаре. Почему именно там? Дело в том, что в Самаре были особенно сильны позиции левых эсеров, максималистов и анархистов. Туда эвакуировались анархисты-максималисты с захваченной немцами Украины. В городе действовало несколько анархистских группировок, как идейных, так и т. н. “черных анархистов"-беспредельщиков. Там же оказалась и часть матросов Черноморского флота после потери Севастополя и Одессы. Еще 24 марта 1918 года в Самару прибыли два железнодорожных эшелона балтийского отряда гидроавиации (400 матросов и 4 бронеавтомобиля). Затем еще эшелон со 120 моряками и четырьмя гидросамолетами. Помимо этого, Павел Ефимович еще раньше предусмотрительно стянул в Самару анархистски настроенные матросские отряды. С зимы 1918 года в Самаре пребывал 1-й матросский анархический отряд, часть знаменитого “Северный летучий морского отряда под командой матроса Смородинова, откровенно бандитский матросский отряд матроса Федора Попова, занимавшийся рэкетом и грабежами местного населения, 3-й “Матросский Северный отряд” и другие. Официально все они прибыли в Самару для борьбы с казаками атамана Дутова, но на самом деле, Дыбенко исподволь создавал собственную вооруженную группировку в центре России, которая бы гарантировала ему личную безопасность.
Силы самарской фронды объединялись вокруг неприятия мира с немцами и против власти большевиков. Самарский губернский исполком также возглавляли левые эсеры, разругавшиеся с большевиками из-за Брестского мира. По замыслу Дыбенко всю эту разношерстную оппозицию Ленину, можно было собрать под своим знаменем.
Прибыв с эшелоном матросов в Самару, Дыбенко первым делом решил легализоваться и собрал митинг с участием местных властей. На общем митинге «левых» партий, к которым присоединились и «левые» коммунисты, было вынесено решение о неподсудности Дыбенко. Было заявлено, что самарская власть не выдаст его карательным органам. Вопрос решили простым голосованием
Из воспоминаний генерал-лейтенанта С.А. Калинина. «Не помню сейчас точно, в конце марта или в начале апреля, в Самаре произошло событие, взволновавшее всю партийную организацию. В город неожиданно, без всякого предупреждения, прибыл эшелон балтийских моряков во главе с П.Е. Дыбенко. Вначале мы обрадовались новому пополнению. Но в тот же день в губком пришла телеграмма за подписью М.Д. Бонч-Бруевича. В телеграмме предлагалось немедленно задержать Дыбенко и препроводить в Москву за самовольное оставление вместе с отрядом боевой позиции под Нарвой». Телеграмма была положена под сукно.
На некоторое время Дыбенко становится неофициальным лидером «Самарской республики» и всей самарской оппозиции к власти большевиков. Ведет он себя весьма агрессивно по отношению к центральной власти. В самарской газете «Трудовая республика» он открыто призвал народ России «восстать против властей и понять, что их судьба находится в их же собственных руках».
Что касается Коллонтай, то прибыв в Петроград, она попыталась переагитировать на свою сторону местных большевиков и матросов. Но особых успехов не добилась, а поэтому также поспешила в Самару к Дыбенко.
Теперь уже два бывших члена советского правительства вместе открыто выступали против Ленина и мира с немцами. Вокруг Дыбенко и Коллонтай начала формироваться достаточно серьезная антибольшевистская группировка, обладающая, как собственной вооруженной силой, так и экономическими возможностями, для противостояния центральной власти. Дело принимало серьезный оборот. При этом Дыбенко и Коллонтай вовсе не собирались защищаться, они собирались атаковать! Что касается Павла Ефимовича, то он сразу же забыл все свои обещания Крыленко держать язык за зубами и начал открытый шантаж московской власти.
В ЦГАВМФ хранятся телеграммы, которые рассылал Дыбенко. В них он сообщал, что его арест был вызван боязнью правительства перед разоблачениями, которые должен был сделать отстраненный от дел нарком на 4-м Съезде Советов. Эти разоблачения касались истории «немецких денег» и злоупотреблений новой власти в расходовании средств, доставшихся ей от Временного правительства. Дыбенко стал первым обладателем «чемодана с компроматом» и первым разоблачителем коррупции новой власти.
Были ли на руках Дыбенко компрометирующие материалы или нет, нам неизвестно. Если да, то он становился весьма опасным разоблачителем для Ленина и его окружения, если же он блефовал, то и это должно было заставить нервничать обитателей Кремля.