Неожиданный отъезд Дыбенко, а, по существу, самое настоящее бегство из Самары, стало сигналом для разоружения анархистских матросских отрядов. Уже 7 мая 1918 года в Самаре был разоружен отряд матроса Попова. Особую роль в операции по разоружению поповцев сыграли перешедшие на сторону Ленина гидроавиаторы. До их появления, отряд Попова, окруженный четырьмя сотнями красноармейцев, и не думал сдаваться. Ситуация мгновенно изменилась с прибытием моряков: «Черные дьяволы пришли. Пора сдаваться». Затем матросы гидроотряда совместно с красноармейцами разоружили и арестовали местных анархистов. Оставшиеся же на свободе члены анархических ассоциаций через неделю все же подняли мятеж. Отряды восставших заняли почту, телеграф, телефонную станцию. Они выпустили из тюрьмы уголовников, а также выступавших против Советской власти представителей буржуазии и вооружили их. К восставшим присоединились воинские части, в том числе и часть “Северного летучего морского отряда” мичмана Павлова и матроса Смородинова. Представители последних позвонили в штаб гидроотряда с просьбой поддержать восстание. Но те заявили: «Кто посягнет на советскую власть и горсовет, будет иметь дело с нами». Мятеж в Самаре удалось подавить только после того, как в город вошли отозванные с дутовского фронта красноармейские части. Несколько недель после этих событий чекисты еще расстреливали оппозиционеров, которые выступали за власть свободных Советов и верили Дыбенко…
Суд над Павлом Дыбенко в мае 1918 года в Гатчине наглядно продемонстрировал существовавшие политические разногласия среди большевистского руководства. Крыленко и Троцкий, по-прежнему, требовали для Дыбенко смертной казни. При этом обвинителем выступал Крыленко. Защитник Штайнберг заявил: «Дыбенко становился всё опаснее, и единственной причиной дела было стремление удалить его с политической арены». Александра Коллонтай утверждала: «Я чувствовала, что Дыбенко предали. Нарва, — говорила она, — не была истинной причиной ареста».
Речь Дыбенко на “народном суде” отличалась революционным пафосом. Впоследствии Коллонтай призналась, что речь Дыбенко писала она. Вот лишь одна цитата из речи опального наркома: «Я не боюсь приговора надо мной, я боюсь приговора над Октябрьской революцией, над теми завоеваниями, которые добыты дорогой ценой пролетарской крови. Помните, робеспьеровский террор не спас революцию во Франции и не защитил самого Робеспьера, нельзя допустить сведения личных счетов и устранения должностного лица, не согласного с политикой большинства в правительстве. Нарком должен быть избавлен от сведения счетов с ним путем доносов и наветов. Во время революции нет установленных норм. Все мы что-то нарушали. Матросы шли умирать, когда в Смольном царила паника и растерянность. Я не боюсь вердикта суда в отношении себя самого, я боюсь вердикта в отношении Октябрьской революции, и её завоеваний, оплаченных ценой пролетарской крови. Мы, как народ, не может позволить личным конфликтам и интригам уничтожить того, кто не согласен с политикой большинства в правительстве. Неважно, каким будет решение этого суда, матросы знают правду, и я останусь в первых рядах революции, поскольку матросы поддерживали меня и всё ещё мне доверяют».
После четырех часов заседания, председатель Берман и другие члены трибунал, как и обещал Ленин, приняли решение о невиновности Дыбенко и оправдали его по всем пунктам. Есть свидетельства, что Дыбенко, явившись на суд, пообещал хранить молчание относительно получения большевиками «немецких денег», о чем он, якобы, ранее грозился всем рассказать, а так же дал слово не заниматься политикой и никогда более не стремиться в «вожди». Верные матросы вынесли Дыбенко из зала заседаний на руках.
В 1938 году, после своего ареста на допросе 13 мая П.Е. Дыбенко заявил: “Накануне суда в «Правде» было опубликовано извещение о назначении суда надо мною заочно, в связи с моим побегом.
Посоветовавшись с Коллонтай, мы решили, что мне нужно добровольно явиться в суд, т. к. иного выхода у меня не было. Коллонтай же сообщила мне, что она воздействует на прокурора Крыленко, для того, чтобы меня реабилитировать. Так оно и произошло. Я явился в суд и судом был оправдан, благодаря тому, что я на суде скрыл действительные обстоятельства сдачи немцам Нарвы и свою попытку поднять антисоветское восстание на Волге при помощи находившегося у меня в отряде мичмана Павлова.
Следователь: Расскажите подробнее, кто такой мичман Павлов?
Дыбенко: Мичман Павлов примыкал к левым эсерам и к тому времени был человеком настроенным резко антисоветски. В отряде у него имелась своя группа моряков-эсеров и несколько анархистов, на которых мы опирались, устраивая систематические пьянки, допуская грабежи и насилия над населением. Мы создали свой крепкий кулак в отряде из эсерствующих и анархиствующих элементов, и мичман Павлов был моей опорой в деле обеспечения на отряд в целом (так в тексте —
Следователь: Где сейчас Павлов?