В те дни положение не только для Крымской дивизии, но и для всей 14-й армии сложилось критическое. Белые уже взяли Одессу, Вознесенск, Черкасы и Переяслав. Под Жабокричем и Крыжополем хозяйничали петлюровцы. Далее к югу действовали румыны и бесчисленные атаманы. Целые полки Красной армии оказывались в окружении и истреблялись. Под станцией Верховцево, при попытке прорыва из окружения, погиб Анатолий Железняков. 30 августа под Коростенем попал под огонь вражеского пулеметчика и погиб легендарный комдив Николай Щорс. Советский фронт рушился. В воздухе пахло разгромом.
В это время дивизия Дыбенко, которая к тому времени получила 58-й порядковый номер, отступив из-под Херсона и Екатеринослава, окопалась в Николаеве. Воевать с противником Дыбенко особо не торопился. Зато, оказавшись в Николаеве, он решает, по своему обыкновению, установить в городе личную диктатуру. По сообщениям местного исполкома Советов, Дыбенко и его штаб «воевали» с советскими властями, с коммунистами, а его красноармейцы грабили город и горожан. Но на этот раз местные коммунисты изловчились. Они обманом заманили и арестовали знаменитого комдива. Четыре дня Дыбенко просидел под замком, вновь ожидая расстрела за свои злодеяния. Выпустили Павла Ефимовича только после прямого вмешательства наркомвоенмора Украины Н.И. Подвойского, уступившего стенаниям Коллонтай. Дело в том, что Дыбенко для местной уездной власти являлся «человеком Москвы» и «историко-революционной личностью», а потому покарать его даже за очевидные преступления без санкции свыше было непросто. Поэтому местные власти и освободили Павла Ефимовича по приказу Н.И. Подвойского, хотя тот же Подвойский, после этого немедленно отстранил Дыбенко от занимаемой должности, как не соответствующего ей. При этом Подвойский не исключал нового разбирательства с Дыбенко, которое грозило Павлу Ефимовичу за все сотворенные им безобразия девятью граммами свинца. Подумать только за какие-то несколько месяцев судьба сыграла с Дыбенко злую шутку. Вначале он стремительно превратился из командира дивизии в диктатора самостоятельной республики и командующего армией, затем столь же стремительно вновь стал обычным комдивом, а потом и вовсе оказался выброшенным на обочину жизни.
Впрочем в Киеве Павла Ефимовича уже ждала верная Коллонтай, имевшая на руках бумагу, о зачислении Дыбенко слушателем академии Генерального штаба. Направление на учебу имело для Павла Ефимовича, помимо спасения от грозившего ему расстрела, еще один выигрышный момент. Поотиравшись в академии хотя бы несколько месяцев, Дыбенко впоследствии имел бы весомые аргументы претендовать на должность командарма. Думается, что Ворошилов с легким сердцем избавился от Дыбенко, т. к., кроме неприятностей, толку от него все равно не было никакого.
Относительно истинной причины спешного изъятия Коллонтай мужа из действующей армии на Украине существует и другая версия. Дело в том, что вокруг смерти комдива Щорса, матроса Железняка (который одновременно с дыбенковской Крымской республикой, собирался учредить собственную — Донскую) и его друга комдива Киквидзе до сих пор идут споры. Ряд историков небезосновательно считают, что обоих просто устранили люди Троцкого, который, как раз в это время, начал тотальную зачистку наиболее одиозных “полевых командиров” в руководстве Красной армии на Украине. При этом мы знаем, что Троцкий всегда крайне негативно относился к Дыбенко. Вполне возможно, что, узнав из своих московских источников о готовящейся ликвидации, Коллонтай и поспешила спасти своего мужа от вполне реальной пули в затылок. Заметим, что в те же дни без суда был расстрелян популярный комбриг Приднепровской бригады “самостийник” А.Богунский. В августе при невыясненных до конца обстоятельствах погибли два других известных украинских комбрига — Т.Черняк и В.Боженко. Спустя некоторое время по той же схеме на Дальнем Востоке будут убраны популярный партизан-анархист Я.Тряпицын и эсерка-максималистка Н.Лебедева-Кияшко…
Переведенная в 1918 году из Петрограда в Москву академия Генерального штаба размещалась на Воздвиженке в особняке бывшего императорского общества охоты. Любопытно, что прибыв на учебу, Дыбенко обнаружил среди слушателей и своего заместителя Федько, который был изгнан из дивизии вслед за ним.