Второй штурм начался в ночь на 17 марта 1921 года. До начала боя атакующие сумели скрытно занять форт № 7 (он оказался пустым). Однако форт № 6 оказал ожесточённое сопротивление. Форт № 5 сдался после начала артиллерийского обстрела, однако соседний форт № 4 держался несколько часов и в ходе его штурма атакующие понесли тяжёлые потери. С тяжелыми боями войска овладели также фортами № 1, № 2, «Милютин» и «Павел», однако батарею «Риф» и батарею «Шанец» защитники покинули до начала штурма и по льду залива ушли в Финляндию. В середине дня 25 советских самолетов совершили налёт на линкор «Петропавловск». После захвата фортов, красноармейцы ворвались в крепость, начались ожесточённые уличные бои, однако к 5 часам утра 18 марта сопротивление кронштадтцев было сломлено.
18 марта 1921 года штаб мятежников (который находился в одной из орудийных башен «Петропавловска») принял решение уничтожить линкоры и прорываться в Финляндию. Руководители мятежа приказали заложить несколько пудов взрывчатки под орудийные башни, однако это распоряжение вызвало возмущение части команды. Началось обычное для матросской братвы выяснение отношений. Дело дошло до рукоприкладство. В конце концов, решили все же корабли не взрывать. Когда части РККА ворвались в город, часть матросов, понимая, что вскоре придется отвечать за участие в мятеже, выпустила всех арестованных ранее коммунистов и объявила, что снова любит Советскую власть и полностью ей подчиняется. Последними сдались стоявшие во льду линейные корабли-дредноуты “Севастополь” и “Петропавловск”.
Ну, а чем же занимался в это время наш герой? Из воспоминаний Е.Я. Драбкиной “На Кронштадском льду": “…За столом командующего сидел Павел Ефимович Дыбенко и разговаривал с людьми, в которых сразу, даже не видя якорь, вытатуированный на запястье, можно было узнать бывших матросов. В Ораниенбауме тогда вообще было много бывших матросов, особенно кронштадтцев, и даже сугубо штатские люди порой усваивали от них походку вразвалочку и привычку окликать словом «Эй!» подобно тому, как с корабля на корабль окликают: «Эй, на «Гангуте»!» Дыбенко и его товарищи разговаривали весело, громко смеялись. Тем временем с улицы доносились звуки пушечной пальбы. Это Кронштадт вел обычную в те дни артиллерийскую дуэль с Ораниенбаумом. Вдруг Дыбенко умолк, прислушался, вскочил, распахнул окно. Вместе с морозным воздухом в комнату ворвался, ставший гораздо более слышным, гром пушек. Дыбенко схватил за руку одного из своих собеседников.
— Эй, слушай! — вскричал Дыбенко. — Слушай внимательно! Ты слышишь, как бьют? Очередями? Кто может дать команду: «Очередями»? Матрос? Матрос не знает такой команды! Матрос знает команду «рассеянным огнем». А где вели стрельбу очередями? На офицерском полигоне, да на царских смотрах, да еще когда нашего брата расстреливали.
Тут вошел кто-то из штабных и доложил Дыбенко, что только что на льду возле берега захвачены два кронштадтца. Дыбенко приказал их привести. Он снова сел, его собеседники раздвинули стулья, расположившись полукругом. Ввели пленных. Поставили напротив Дыбенко. Один был худой, высокий, смуглый. Он стоял неподвижно, глядя мимо, в одну точку, и за все время не произнес ни слова. Только пальцы левой руки у него дергались. Другой был губастый, рыхлый, с чубчиком, в широченнейшем клеше. Идеальный подонок образца 1921 года. Красноармеец, который привел пленных, выложил на стол перед Дыбенко все, что при них было обнаружено: листовки, прокламации, нарисованный от руки план Ораниенбаума, несколько номеров «Известий Кронштадтского ревкома», кисеты с махоркой. Никогда ни до, ни после этого я не видела, чтоб несколько человек одновременно могли так прийти в ярость. Эта ярость проявила себя не столько зримо, сколько на слух. На какое-то время образовались как бы три звуковых плана — задний, за окном, где грохотала артиллерийская канонада; второй — в комнате, в которой настала словно звенящая тишина. И самый передний — тяжелое дыхание людей, сидевших полукругом у стола.
Но вот Дыбенко, а за ним и остальные в один голос, и слушая, и не слушая друг друга, загремели так, что заглушили и рев пушек, и гром разрывов.