Вышедшая на следующий день газета «Известия» осудила преступление, сообщив: «Помимо прочего, это плохо и с политической точки зрения, так как — сокрушительный удар, нацеленный на революцию, на Советскую власть». Большевистская “Правда” в “шапке” крупным черным шрифтом писала: “Везде и всюду великая рабочая и крестьянская революция побеждает! И ей не нужны дикие убийства!.."Что касается Дыбенко, то он, по указанию Коллонтай, номинально осудил акцию, написав при этом замечательный приказ: «Честь революционного флота не потерпит позорного обвинения революционных матросов в убийстве беспомощных врагов, да ещё содержавшихся под стражей. Я призываю тех, кто принял участие в убийстве, добровольно предстать перед Революционным трибуналом».
Зверское убийство министров стало последней каплей, которая переполнила терпение В. И. Ленина относительно матросских бесчинств. По его приказу была образована следственная комиссия в составе В.Д. Бонч-Бруевича, наркома по морским делам П.Е. Дыбенко и наркома юстиции, левого эсера И.З. Штейнберга. В течение нескольких дней комиссии удалось установить личности всех участников убийства и арестовать 8 человек (С.И. Басова, Куликова, Рудакова, Блюменфельда, Михайлова, Арметьева, Семенова, Розина). Через несколько дней даже в провинциальных газетах можно было уже прочитать о результатах следствия с довольно подробным описанием картины убийства, о том, что имена убийц известны ЧК. Получалось, что осталось только схватить их. Один матрос-анархист (Дальский) был отдан под трибунал. Однако затем публикации об этом деле в советских газетах резко пошли на убыль и вскоре вовсе прекратились, причём, как в советских, так и в антибольшевистских газетах. В.И. Ленин пошел на попятную. Причиной, видимо, было не только сопротивление матросских низов и в особенности недовольство 2-го Балтийского экипажа, и другие случаи обозначили противостояние матросов и большевиков. Именно матросы являлись в тот момент главным индикатором нараставшего недовольства со стороны значительной части народа тем, как большевики руководят страной. Не случайно тогда имели место слухи о возможном взятии власти матросами (даже при вариантах реставрации царской власти!). Позиция В.И. Ленина в этих условиях была неоднозначной.
И.Штейнбергу, настойчиво добивавшемуся наказания виновных, Ленин говорил: «Мы что, должны драться с ними?. Именно потому, что матросы демонстрируют свой гнев и угрожают нам, мы не имеем права уступать. Берегитесь, а то в один прекрасный день и мы окажемся жертвами матросов».
7 января 1918 года Совнарком, заслушав доклад наркомюста Штейнберга, поручил ему «в кратчайший срок проверить основательность содержания в тюрьмах политических заключенных, всех же, кому в течение 48 часов не может быть предъявлено обвинений, освободить». Не удовлетворившись этим, левые эсеры подняли вопрос о привлечении в комиссию по расследованию убийства «представителей от Центральных комитетов всех партий». Следы убийства, естественно, привели в отряд матросов-анархистов, расквартированный во 2-м флотском экипаже, которым командовал старший брат А.Г. Железнякова Г.Г. Железняков. Как было выяснено, идея расправы над министрами родилась у матросов-анархистов спонтанно, под влиянием алкоголя и желания “ускорить мировую революцию”.
Разгон Учредительного собрания и творимое в Петрограде беззаконие матросов фактически одобрил 3-й Всероссийский съезд Советов, собравшийся 10 января. Началу его работы предшествовало исполнение оркестром моряков «Интернационала». От имени моряков съезд приветствовал встреченный на “ура” А. Г. Железняков, который в красках рассказал о разгоне “Учредилки” и подкрепил рассказ следующим левацким заявлением: “Мы просто и коротко, чтобы вконец сломить сопротивление воронов трудового народа, готовы расстрелять не единицы, а сотни и тысячи; я уверен, что мы не покинули бы Учредительное собрание до тех пор, пока там не пролилась бы наша кровь; за это мы и шлем Учредительному собранию свое презрение”. После речи Железнякову была устроена бурная, длительная овация, сопровождаемая возгласами: “Да здравствует революционный флот!”. Эти аплодисменты съезда означали также в значительной степени сворачивание расследования по громкому делу, в котором были замешаны матросы 2-го Балтийского экипажа и которое потрясло тогда всю Россию: убийство матросами в ночь с 6 на 7 января в Мариинской больнице видных российских общественных деятелей — бывших министров Временного правительства А.И. Шингарева и Ф.Ф. Кокошкина.