Состоявшиеся назначения возмутили членов Центробалта, которые настаивали на выборности руководства флота, а не назначении сверху. Кроме этого центробалтовцам не нравились и те, кто был назначен в новые начальники. Поэтому Центробалт принимает решение арестовать Измайлова с Блохиным. Фактически это было равносильно началу войны с Советской властью. Неизвестно как бы все обернулось, если бы неожиданно не пришло тревожное известие о быстром продвижении германских войск в Прибалтике и о готовящейся высадке немцев в Финляндии. Теперь надо было думать, уже о том, как спасти корабли в Гельсингфорсе и других финских портах. Ситуация складывалась критическая, так как перевести корабли в Кронштадт было невозможно из-за льда в Финском заливе. Всем стало уже не до внутренних распрей. Надо было спасать флот. Назначая Дыбенко на высшую военно-морскую должность, Ильич был не так прост. Первым делом после назначения П.Е. Дыбенко на пост наркома по морским делам, он потребовал от него немедленной отправки наиболее преданных делу революции матросских отрядов в российскую глубинку, для установления там советской власти и противодействия контрреволюционерам. Этим председатель Совнаркома решал сразу две задачи: создавал предпосылки для скорейшего установления власти большевиков на местах и одновременно избавлялся от присутствия в Петрограде и Кронштадте наиболее революционизированных и преданных Центробалту матросов.
По указанию В.И. Ленина Военно-морской революционный комитет и Морская коллегия направили в хлебные районы десять отрядов матросов по 50 человек в каждом. Отряды должны были занять крупные железнодорожные станции, пристани и направлять весь хлеб в Петроград. Общее руководство этими первыми продотрядами было возложено на матроса Т. Ульянцева. Действовали матросы весьма энергично и жестко. Кроме этого отряды матросов занялись обысками петроградских хранилищ и подвалов, откуда было изъято 80 тысяч пудов муки, 50 тысяч пудов сахара и 30 тысяч пудов крупы.
К 1 января 1918 года с флота в различные отряды ушло более 40 тысяч матросов. На Южный Урал для разблокирования от войск Дутова железной дороги и обеспечения снабжения Петрограда продовольствием был отправлен весьма многочисленный сводный отряд балтийских матросов, т. н. «Северный летучий отряд» под началом мичмана С.Д. Павлова.
В конце декабря 1917 года отряд Павлова захватил Троицк, изгнав из него казаков А.И. Дутова, после чего был переброшен под Бузулук, где Павлова назначили командующим Оренбургским фронтом. Именно с отрядом мичмана Павлова связаны печально знаменитые приказы о национализации и обобществлении всех женщин городов, куда прибывали революционные моряки, от 16 до 50 лет. И хотя этот псевдореволюционный кураж продолжался недолго, свое дело в демонизации образа революционных матросов и их вождя Дыбенко он сделал.
С уходом большого количества старых матросов на кораблях Балтийского флота стала остро ощущаться нехватка специалистов. Ряд кораблей и судов, несмотря на военные действия, пришлось из-за некомплекта команд перевести в резерв. Так как большинство наиболее влиятельных матросов-большевиков сразу же после победы Октябрьской революции, перебрались в Петроград, в Гельсингфорсе эсеры и анархисты вскоре захватили власть в Центробалте. Сложилась парадоксальная ситуация. Если, в бытность Временного правительства, Центробалт был пробольшевистским, то после захвата власти большевиками, Центробалт почти мгновенно стал антибольшевистским. В новом (пятом по счету) составе Центробалта большевики были вынуждены перейти в оппозицию эсеровско-анархистскому большинству. Власть в Центробалте захватили анархисты и эсеры матросы П. Скурихин, В. Гнедин, Д. Жидик, Т. Курдюков.
Испугавшись, что может остаться вне игры. П.Е. Дыбенко, в сопровождении Ф.Ф. Раскольникова, прибыл в Гельсингфорс. Выступая на яхте “Полярная звезда”, где размещался Центробалт, Дыбенко заявил, что готовит декрет об организации нового
Советского военно-морского флота, который будет комплектоваться исключительно на добровольной основе. Кто не пожелает на нем служить, будут демобилизованы и отпущены домой. Выступал и Раскольников, членам Центробалта он пообещал серьезные привилегии и полномочия от новой власти. С большим трудом Дыбенко удалось успокоить эсеров и анархистов. При этом члены Центробалта свое решение о снятии Дыбенко с должности не отменили, но и на его немедленном исполнении не настаивали. В конце концов, между Дыбенко и Раскольниковым с одной стороны и анархистским большинством Центробалта с другой, было достигнуто шаткое перемирие. С этим Павел Ефимович и вернулся в Петроград. Но перемирие быстро закончилось. Уже 15 января 1918 года по инициативе анархистов, Дыбенко был лишен полномочий председателя Верховной морской коллегии. Поводом для голосования послужил отказ Дыбенко в выдаче револьверов и спирта членам Центробалта.