Обстановка в отношениях между матросами и большевиками была весьма напряженная. В.И. Ленин понимал, что матросский бандитизм следует, как можно скорее остановить, иначе это могло погубить саму новую власть. С другой стороны, у большевиков еще не было реальной силы, чтобы противостоять матросам. Приходилось идти на компромиссы и пытаться решать вопросы на личных переговорах. Поэтому, когда кто-то из осведомителей позвонил из экипажа в Смольный и сообщил, что анархиствующие матросы поймали трех случайных офицеров и хотят устроить над ними публичную казнь, В.И. Ленин понял, что далее терпеть беззаконие нельзя. Он велел В.Д. Бонч-Бруевичу с рабочими комиссарами и популярным тогда среди матросов поэтом Демьяном Бедным поехать в экипаж и не допустить кровавой расправы, которая бы запятнала новую власть. В.Д. Бонч-Бруевич пишет, что они договорились с А. Г. Железняковым и экипажным комитетом о доставке “подозрительных офицеров” на следующий день в Смольный «для следствия». На самом деле поездка Бонч-Бруевича лишь спровоцировала матросов. Они сами провели «следствие», согласно которому, двоих офицеров расстреляли, и бумаги об этом отправили в Смольный. Расстрел, по рассказу третьего офицера, был произведен после диких издевательств над арестованными. Третий офицер остался в живых исключительно благодаря деньгам своих родственников и знакомых, по адресам которых его возили матросы 2-го Балтийского экипажа. Этого офицера, как важного свидетеля, Смольному с помощью своих сторонников-матросов удалось тайно вывезти к себе, но после телефонных угроз «братвы» его пришлось спрятать под чужой фамилией в Петропавловке.
По воспоминаниям В.Д. Бонч-Бруевча, Г.Г. Железнякова ("Жоржа") он нашел в состоянии наркотического опьянения и добиться ничего не смог. При этом 2-й Балтийский экипаж наотрез отказался выдавать и убийц министров матросов О. Крейса и Я.И. Матвеева, а потому оба к суду привлечены так и не были под предлогом, что «не были разысканы».
Обстановка накалилась до предела. Матросы митинговали, обзывая большевиков последними словами, и вполне серьезно собирались захватывать Смольный. Одновременно, как пишет В.Д. Бонч-Бруевич, были мобилизованы силы Смольного: отряд латышей, “самых стойких комиссаров” из рабочих, с десятью пулемётами отправленных в близлежащие к экипажу дома. Сам Смольный приготовился к обороне. Не исключалось, что разъяренные матросы попытаются его захватить. Были приняты меры по обработке команды “Авроры” и других кораблей, стоявших на Неве, чтобы заручиться от них хотя бы нейтралитетом. Многое зависело и от позиции лидера анархиствующих матросов А.Г. Железнякова. Поставленный ходом событий перед альтернативой, что ему ближе — задачи мировой революции или власть в районе Благовещенской площади (ныне площади Труда), где располагался 2-й Балтийский экипаж, он, после определенных колебаний выбрал первое. Впоследствии именно этот поступок обеспечить А. Г. Железнякову почетное место в пантеоне павших за Советскую власть героев революции. Железняков-младший с частью матросов, под свист остальных, покинул экипаж и прибыл в Смольный. В обстановке внутреннего конфликта в самом 2-м Балтийском экипаже, уже не могло быть речи о его выступлении против большевиков в столице. Поэтому часть наиболее активных матросов во главе с “Жоржем” выехала на Украину, чтобы делать там уже собственную “матросскую революцию” и сражаться с занявшими Украину германскими войсками. При этом часть отъезжавших удалось разоружить на Николаевском вокзале отряду под руководством присланного В.Д. Бонч-Бруевичем матроса-большевика М.Д. Цыганкова.
Что касается позиции относительно столкновения Смольного со 2-м Балтийским экипажем, то основная часть матросов из Гельсингфорса и Кронштадта, а так же Морской наркомат во главе с П.Е. Дыбенко, то она была нейтральной. Да и сам Смольный искал точки соприкосновения с матросами на почве признания «идейного анархизма», который в это время выступал союзником в борьбе с бандитизмом и к которому тяготели матросы 2-го экипажа, разочаровавшиеся, как в Учредительном собрании, так и в большевиках.
При этом 2-го Балтийский экипаж все еще не чувствовал себя проигравшей стороной, а наоборот. Так, матросы, уезжавшие на юг с Железняковым-старшим, считали себя уезжающими на революционный фронт, а у матросов, оставшихся в столице с Железняковым-младшим, как отмечает сам В.Д. Бонч-Бруевич, разложение «скоро пошло дальше. Беспробудное пьянство, ограбление прохожих, кражи в городе вновь обратили на них наше внимание», и в один из вечеров смольнинский отряд разоружил этих матросов. К этому времени, сильно поредевший 2-й Балтийский экипаж уже не представлял большой опасности для власти. Что касается самого А. Г. Железнякова, то он также вскоре (к радости Ленина) покинул Петроград и выехал на юг, на Румынский фронт. Вместе с ним покинули Петроград и последние активные матросы 2го Балтийского экипажа. Оставшихся же расчетливо прибрал к своим рукам П.Е. Дыбенко, включив их в свою личную гвардию.