Что касается арестованных по делу убийства министров, то все пятнадцать арестованных сразу же сознались в соучастии в убийстве и дали подробные показания. В конце января 1918 года Ленин, заслушав доклад следственной комиссии по делу об убийстве Кокошкина и Шингарева, выразил ей благодарность за быстрое завершение следствия и объявил комиссию распущенной. Наркому юстиции Штейнбергу было поручено в кратчайшие сроки провести это дело через органы юстиции, а наркому по морским делам Дыбенко — разыскать матросов, которые к этому времени не были еще найдены. Когда же ажиотаж вокруг убийства министров спал, дело было спущено на тормозах. По инициативе Дыбенко и с молчаливого согласия Ленина, все фигуранты дела были отпущены на свободу.
8 ноября 1917 года Верховный Главнокомандующий российской армией генерал Н.Н. Духонин получил приказ Совета Народных Комиссаров, подписанный Лениным, о незамедлительном начале предварительных переговоров с немцами по поводу перемирия. Ставка верховного главнокомандования русской армией предпочла не отвечать на эту депешу. Спустя сутки В.И. Ленин потребовал генерала к прямому проводу. Разговор длился два с половиной часа. Когда Духонину в ультимативной форме было отдано распоряжение немедленно подчиниться новому правительству, он ответил категорическим отказом. Духонин заявил, что никто не уполномочивал Совет Народных Комиссаров на принятие таких судьбоносных решений. В ответ Ленин продиктовал приказ: «Мы увольняем Вас с занимаемой должности за неповиновение». В Могилев, где располагалась Ставка Верховного Главнокомандующего, отправился Крыленко. Понимая, что ехать к генералам одному небезопасно с ним отправилась и личная дыбенковская гвардия, т. н. “Северный летучий отряд” матросов под началом ближайшего друга Дыбенко мичмана С.Д. Павлова.
3 декабря 1917 года в Могилёв прибыл Н.В. Крыленко, который отдал приказ о своём вступлении в должность Главковерха и передал Духонину, что он будет отправлен в Петроград в распоряжение Совнаркома. Духонин был арестован и на автомобиле привезен на железнодорожный вокзал, где его отвели в вагон Крыленко. У поезда собралась толпа матросов, требующая выдать им Духонина. Крыленко прибыл к вагону и попытался остановить толпу, но уговоры не подействовали. В вагон ворвались матросы. Когда они вытащили Духонина из вагона и поставили его на площадку, генерал хотел что-то сказать, но в этот момент, матрос, стоявший позади, ударил его прикладом по голове с такой силой, что раскроил череп и раздробил верхнечелюстные кости. Этим ударом генерал Духонин был сразу убит, и дальнейшие издевательства чинились уже над трупом. Мертвому Духонину выкололи глаза, вспороли живот, тело искромсали штыками. Потом труп генерала был привязан к поручням штабного вагона, а в рот мертвецы была вставлена сигарета Зверская расправа над Верховным Главнокомандующем всей российской армии потрясла всю Россию. Дальнейшие события показали, что дата захвата ставки отрядами Крыленко была выбрана не случайно. Именно в этот день в Брест-Литовске, должны были начаться переговоры о перемирии с немцами. И как только единственное препятствие в лице генерала Духонина было устранено, Троцкий с воодушевлением взялся за дело. Россия заключала сепаратный мир с Германией, одновременно начиная собственную гражданскую войну. Иного выхода у большевиков, чтобы удержать власть в своих руках, уже не было.
29 января 1918 года состоялось обсуждение Совнаркомом вопроса о реорганизации ВМФ. На заседание приехала большая часть членов Центробалта. Вел заседание В. И. Ленин. Первым выступал Дыбенко с докладом “О переводе военно-морского флота на добровольческое начало” (текст доклада ему писала А.М. Коллонтай). Это был сильный ход, который сразу выбил почву из-под ног у оппонентов. Особых возражений относительно нового порядка укомплектования флота ни у кого не было. Проект декрета по флоту был одобрен и принят. Учреждение нового военно-морского флота упраздняло старое морское министерство, вместо него учреждался народный комиссариат по морским делам, а верховная коллегия была переименована в коллегию Народного комиссариата по морским делам. Членами коллегии были назначены И.И. Вахрамеев, Ф.Ф. Раскольников, и
С.Е. Сакс. Председателем и наркомом по морским делам был назначен П.Е. Дыбенко. В качестве определенного противовеса Дыбенко комиссаром Балтийского флота поставили его давнего недруга и конкурента Н.Ф. Измайлова, помощниками к Измайлову матросы-большевики Е.С. Блохин, А.С. Штарев, А.Н. Кабанов и В.Я. Долгов.