Помимо отвергших «Декларацию» открыто, существовал ряд архиереев и иных клириков, не порывавших общения с митрополитом Сергием, но критиковавших его и воздерживавшихся от возношения его имени за богослужением, а не подчинившиеся его требованиям о поминавшие властей, – так называемые непоминающие. Наиболее известной группой таких умеренных оппозиционеров были даниловцы (по имени московского Данилова монастыря), а также мечевцы – по имени настоятеля московского храма Николы в Кленниках на Маросейке Сергия Мечева. Немало было и тех, кто, негативно относясь к Декларации, тем не менее не прекращал поминовения митрополита Сергия.
Из подписавших «Декларацию» в 1936–1938 годы один (Филипп) умер в тюрьме, двое (Серафим и Павел) были расстреляны, один (Константин) забит до смерти на допросе, один (Анатолий) умер в лагере и лишь трое (митрополиты Сергий и Алексий и архиепископ Сергий (Гришин)) дожили до созыва Архиерейского Собора в сентябре 1943 года.
В 1967 году православный правозащитник и в дальнейшем политзаключенный Борис Талантов написал статью «Сергиевщина или приспособленчество к атеизму (Иродова закваска)», получившую распространение в самиздате, в которой говорил: «Коммунистическая партия увидела в этом обращении слабость Церкви, готовность нового Церковного Управления исполнять беспрекословно любые приказания гражданской власти, готовность выдать на произвол властей, под видом контрреволюционеров церковнослужителей, дерзнувших обличать произвол и насилия. <…> Объективно это обращение и последующая деятельность Митрополита Сергия была предательством Церкви. <…>
Что же Митрополит Сергий спас своим приспособленчеством и чудовищной ложью? К началу Второй мировой войны в каждой области осталось от многих сотен церквей 5-10, большинство священников и почти все епископы (за исключением немногих, сотрудничавших с властями подобно Митр. Сергию) были замучены в концлагерях. Таким образом, Митрополит Сергий своим приспособленчеством и ложью никого и ничего не спас, кроме своей собственной особы. В глазах верующих он потерял всякий авторитет, но зато приобрел благоволение „отца народов" И. Сталина».
Декларация была решительно отвергнута руководством и большинством членов Русской церкви за пределами СССР (РПЦЗ) и служила с тех пор препятствием к воссоединению с Церковью в России. В дальнейшем раскол между двумя частями Церкви углублялся.
Архиерейский Собор Русской Православной Церкви 2527 октября 1990 года в своем Воззвании заявил, что Церковь не считает себя связанной Декларацией митрополита Сергия 1927 года, но при этом подчеркнул: «Со всею определенностью мы обязаны подчеркнуть, что Декларация 1927 г. не содержит ничего такого, что было бы противно Слову Божию, содержало бы ересь, и таким образом, давало бы повод к отходу от принявшего ее органа церковного управления».
В интервью газете «Известия» 10 июня 1991 (опубликовано полностью в ЖМП, 1991, № 10, стр. 5–8) на вопрос о его отношении к Декларации митрополита Сергия патриарх Алексий II ответил: «…заявление митрополита Сергия, конечно, нельзя назвать добровольным, ибо ему, находившемуся под страшным давлением, пришлось заявить вещи, далекие от истины, ради спасения людей. Сегодня же мы можем сказать, что неправда замешана в его Декларации. Декларация ставила своей целью „поставить Церковь в правильные отношения к советскому правительству". Но эти отношения, а в Декларации они ясно обрисовываются как подчинение Церкви интересам государственной политики, как раз не являются правильными с точки зрения Церкви. <…> Надо признать, что Декларация не ставит Церковь в „правильное" отношение к государству, а, напротив, уничтожает ту дистанцию, которая даже в демократическом обществе должна быть между государством и Церковью, чтобы государство не дышало на Церковь и не заражало ее своим дыханием, духом принудительности и безмолвности. <…> Что же касается моей защиты этой Декларации, то надо помнить, что критика Декларации в основном была направлена против слов: „Мы хотим считать Советский Союз нашей гражданской Родиной, радости которой – наши радости и беды которой – наши беды".