В 1925 году свт. Илариона временно перевели в ярославскую тюрьму, где власти убеждали его в обмен на свободу примкнуть к одному из лояльных большевикам церковных направлений – григорианству – но безрезультатно (владыка безусловно считал приверженцев этого течения раскольниками). Более того, сообщил другим заключенным об этом предложении. За «разглашение» данной информации был приговорен к новому трехгодичному сроку заключения и отправлен обратно на Соловки.
Являлся одним из авторов так называемой «Памятной записки соловецких епископов» (27 мая / 9 июня 1926 года), выразившей волю группы заключенных архиереев. «Записка» имела целью разработать основы для сосуществования Церкви и государственной власти в тех условиях, когда их духовные принципы противоположны, несовместимы; она продолжала линию церковной политики, которую вел патриарх Тихон. Составители «Записки» заявили о систематических гонениях на Церковь в Советском Союзе и обличили неправду обновленчества. Они призвали к последовательному проведению в жизнь закона об отделении Церкви от государства; речь шла, в сущности, о желании Церкви действовать без опеки государственных чиновников.
Святитель был лоялен по отношению к митрополиту Сергию (Страгородскому), при этом не отказывался от последовательного отстаивания интересов церкви. Осенью 1929 года его вновь осудили – к трем годам ссылки в Среднюю Азию.
В дороге он заразился сыпным тифом, вспыхнувшим среди заключенных. Без вещей (в пути его обокрали), в одном рубище, кишащем насекомыми, в горячке, его привезли в Ленинград и поместили в тюрьму. Через день тяжелобольного владыку отправили в больницу (куда он вынужден был идти пешком), где скончался через несколько дней. В бреду говорил: «Вот теперь я совсем свободен!» Врач, присутствовавший при его кончине, стал свидетелем того, как владыка благодарил Бога, радуясь близкой встрече с Ним.
Ленинградский митрополит Серафим (Чичагов) добился у властей разрешения похоронить святителя в соответствии с его саном. Когда ближайшие родственники и друзья увидели его тело, святителя с трудом узнали: годы лагерей и тюрем превратили молодого, цветущего человека в седого старика. Похоронен священномученик в Ленинграде на кладбище Новодевичьего монастыря у Московской заставы, в 1990-е годы его могила стала местом почитания.
10 мая 1999 года в Сретенском монастыре патриарх Московский и всея Руси Алексий II совершил его прославление в лике местночтимых святых. Накануне честные останки архиепископа Илариона перевезли из Петербурга и поместили в соборный храм Сретенского монастыря.
Владыка Иларион причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских на Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 года для общецерковного почитания.
Прославление свт. Илариона продолжалось и за пределами России. 14 января 2006 года в Германии собиралась группа верующих, которые служили Литургию в честь свт. Илариона. Из этой группы образовался приход, который решением Священного синода Русской Православной Церкви Московского патриархата от 21 августа 2007 года был включен в Берлинско-Германскую епархию. Первый настоятель этого прихода – иеромонах Серафим (Стандхардт), а первая староста – София Хейнзе, дальняя родственница свт. Илариона.
Иосифлянство
Иосифляне в XX веке – устоявшееся обозначение правоконсервативного оппозиционного движения в Русской Православной Церкви, возникшего в конце 1927 года в лице духовенства и мирян, вслед за Ленинградским митрополитом Иосифом (Петровых) (см. Приложение, стр. 651) отвергавших «Декларацию» Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского).
Движение имело первоначальный очаг в Ленинграде, где непосредственной причиной недовольства был указ митрополита Сергия (Страгородского) и Временного при нем синода (осень 1927 года) о перемещении митрополита Иосифа (Петровых) с Ленинградской кафедры в Одессу, но получило поддержку и в других регионах СССР, в особенности среди ссыльного духовенства Соловецкого лагеря.
По мнению исследователя Михаила Шкаровского, причиной острого недовольства среди епископата служила не сама «Декларация» митрополита Сергия, но то, что «Заместитель Патриаршего Местоблюстителя допустил вмешательство гражданских властей в кадровую политику: проведение епископских хиротоний с согласия государственных органов, перемещение архиереев по политическим мотивам (за несколько месяцев было перемещено около сорока архиереев), замещение кафедр осужденных епископов и т. п.».
6 февраля 1928 года митрополит Иосиф подписал акт отхода от митрополита Сергия в составе Ярославской епархии; в тот же день появилась его резолюция о согласии возглавить отделившихся от митрополита Сергия в Ленинградской епархии.