Последовавшие за делом Тверитинова события еще больше расширяли пропасть между царем и Стефаном. В 1718 году состоялся процесс царевича Алексея. Царь указал Стефану приехать в Петербург и держал его здесь почти до самой смерти, лишая его этим даже той незначительной власти, которой он дотоле пользовался. Приблизительно в это время разыгрался инцидент с Феофаном Прокоповичем. Стефан не желал, чтобы Феофану досталось епископское место. Он видел в его учениях, в его лекциях сильные следы протестантского влияния. Царь выслушал оправдания Феофана и назначил его епископом; Стефан должен был принести извинение перед Феофаном. Он сделал это, чувствуя себя правым. Церковноадминистративная деятельность Стефана совершенно прекратилась; он не принимал никакого участия в подготовительных действиях к церковной реформе, без него писался Духовный регламент, церковное управление также шло мимо его рук.
Стефан пытался выяснить свое положение и в 1718 году спрашивал царя: 1) возвратиться ли ему в Москву или жить в Петербурге; 2) где жить в Петербурге; 3) как управлять ему издали своей епархией; 4) вызывать ли архиереев в Петербург; 5) как замещать архиерейские места. Царь предписал ему жить в Петербурге, построить подворье на свои деньги, Рязанской епархией управлять через крутицкого архиепископа и т. д. В конце царь писал: «А для лучшего впредь управления мнится быть должно надобной коллегии, дабы удобнее впредь такое великое дело управлять было возможно». В феврале 1720 года Устав Духовной коллегии был утвержден; через год был открыт Синод; президентом Синода царь назначил Стефана, меньше всех других сочувствовавшего этому учреждению. Стефан отказывался подписывать протоколы Синода, не бывал в его заседаниях. Никакого влияния на синодальные дела Стефан не имел; царь, очевидно, держал его только для того, чтобы, пользуясь его именем, придать известную санкцию новому учреждению. За все время пребывания в Синоде Стефан находился под следствием по политическим делам. То его оговаривал кабальный человек Любимов в том, что он сочувственно относился к его, Любимова, сочинениям (1721 г.); то монах Левин показывал, что Стефан будто бы говорил ему: «…государь меня определял в Синод, а я не хотел, и за то стоял пред ним на коленях под мечом», и еще: «и сам я желаю в Польшу отъехать» (1722 г.). При ближайшем исследовании оговоры оказывались не имеющими оснований, но Стефана постоянно допрашивали. В своей привязанности к основанному им в Нежине монастырю он тоже не находил утешения, потому что обнаружил большое хищение денег, присланных им на устройство монастыря. Все эти неприятности сокращали жизнь Стефану. Свою библиотеку он пожертвовал Нежинскому монастырю, присоединив к каталогу книг трогательную элегию на латинском языке.
Умер в Москве 24 ноября 1722 года. Тело его отправили в Рязань, где оно погребено в Успенском соборе.
К стр. 119.
Архиепископ Феофан (в миру Елеазар (или Елисей)) Прокопович (18 июня 1681, Киев – 19 сентября 1736, Санкт-Петербург). Родился в купеческой семье, происходившей из Смоленска. Об отце ничего не известно, носил фамилию матери. Оставшись в раннем возрасте сиротой, был взят на воспитание дядей – Феофаном Прокоповичем, ректором Киево-Братской коллегии и наместником Киево-Братского монастыря. Образование получил в Киево-Могилянской академии; совершенствовал свои знания во Львове и после перехода в униаты обошел пешком всю Европу. Посещал университеты в Лейпциге, Халле, Йене.
В 1701 году в Риме Елисей поступил в прославленную тогда иезуитскую коллегию св. Афанасия, учрежденную для греков и славян. Прослушав в этой коллегии полный курс, он приобрел громадную начитанность в исторических, богословских и философских сочинениях, а также в древнеклассической литературе и своими выдающимися дарованиями обратил на себя внимание папы Климента XI, но не пожелал остаться в Риме и в 1704 году вернулся в Киев. Обладал чрезвычайно глубокими познаниями в математике. Знал много европейских языков.
Вернувшись в Киев и снова обратившись в православие, Елисей преподавать в Киево-Могилянской академии сначала поэтику, потом риторику, философию и, наконец, богословие, и по всем этим предметам составил руководства, очень замечательные для своего времени ясностью изложения и отсутствием схоластических приемов.
Будучи преподавателем пиитики и следуя обычаю, требовавшему сочинения драматических представлений для школьной сцены, написал трагикомедию «Владимир», в которой, изображая победу христианства над язычеством и осмеивая жрецов, как поборников суеверия и невежества, выступил горячим защитником просвещения и сторонником начатой уже Петром Великим решительной борьбы со старыми народными предрассудками. По случаю Полтавской победы 1709 года сочинил панегирическую проповедь, которая была, по приказанию Петра, переведена на латинский язык самим автором.
В 1711 году был вызван в царский лагерь во время Прутского похода, а по возвращении оттуда назначен игуменом Братского монастыря и ректором Киево-Могилянской академии.