Церковно-административная деятельность Стефана сравнительно с патриаршьей была ограничена Петром, и взамен патриаршьего приказа был учрежден монастырский, под светским управлением. В духовных делах в большинстве случаев Стефан должен был совещаться с собором епископов. С течением времени определились ясно ограничительные по отношению к церковной власти тенденции царя. Стало очевидно, что Петр не думает назначать патриарха, а, наоборот, думает уничтожить само патриаршество. В 1711 году были введены в церковные суды фискалы от гражданского ведомства. В 1715 году Петр открыто выразил свое отношение к патриаршеству и иерархам в своих шутовских пародиях на церковные церемонии. В то же время завязываются и крепнут благосклонные отношения царя к протестантам и протестантизму. Стефан оказался в рядах приверженцев старины, стал помехой (правда, далеко не активной) Петру и терял мало-помалу свое влияние. Собственно, Стефан по складу жизни, по своему образованию вовсе не был приверженцем старины; но католические принципы, им усвоенные, мешали ему сочувствовать преобразователю. Стефан шел наперекор царю в вопросе о размерах церковной власти, так как он из католической системы заимствовал принцип главенства церкви. Отсюда все злоключения Стефана. Пользуясь запутанной формой схоластических проповедей, Стефан нередко делал неприязненные намеки на действия царя. Сознавая свою неспособность к открытой борьбе, он не раз просил об отставке, но тщетно: Петр держал его при себе до самой его смерти, проводя под его иногда вынужденным благословением все неприятные для Стефана реформы.
У Стефана не хватало силы открыто разорвать с царем, и в то же время он не мог примириться с происходящим. В 1712 году Стефан подверг резкой критике учреждение фискалов и современное положение России, назвав царевича Алексея «единой надеждой» страны. Сенаторы, слушавшие проповедь, поспешили передать ее текст царю. Петр оставил Стефана в покое, но сохранил в силе сенаторское запрещение ему проповедовать. При разборе дела об Алексее царь старался добраться до Стефана, желая изобличить его не в мимолетных только сношениях с царевичем. В 1713 году началось дело Тверитинова и других, увлекавшихся лютеранством. Стефан приложил все свои силы, чтобы изобличить их и тем косвенно обвинить и самого царя, потворствовавшего лютеранам. Это дело ясно обнаружило диаметральную противоположность тенденций Петра и Стефана и привело к окончательному разладу между ними. Стефан выказал явно пристрастное и нетерпимое отношение к обвиняемым. Пока шел суд над еретиками, он писал обширное сочинение против лютеран: «Камень веры, православным церкве святыя сыном – на утверждение и духовное созидание, претыкающимся же о камень претыкания и соблазна – на восстание и исправление». Книга имеет в виду специально православных, склоняющихся к протестантству, и обнимает все догматы, оспариваемые протестантами. Каждый догмат излагается, затем доказывается, и, наконец, опровергаются возражения на него. Доказательства Стефан берет из Св. Писания, соборных правил св. отцов. Оспаривая протестантские мнения, Стефан обильно черпает доводы из католической системы. Католический элемент вошел в статьи об оправдании, о благих делах, о заслугах сверх требуемых, о наказании еретиков. Мнения, изложенные в статье о наказании еретиков, Стефан проводил и в жизни, например, к раскольникам он относился по-инквизиторски. Стефан окончил «Камень веры» в 1718 году, но при жизни Петра книга не могла быть отпечатана и ее издали только в 1728 году, с разрешения Верховного тайного совета, по засвидетельствованию Феофилакта Лопатинского и под его наблюдением. Протестанты тотчас же по выходу книги начали полемику против нее (рецензия в Лейпцигских ученых актах 1729 г., книга Буддея 1729 г., диссертация Мосгейма 1731 г. и т. д.). Ее взяли под свою защиту католики: доминиканец Рибейра написал опровержение на книгу Буддея. В России вышел злостный памфлет на «Камень веры», «Молоток на камень веры», с выходками против Стефана. В настоящее время за «Камнем веры» остается теоретическое значение: в нем Стефан выставил догматическую систему православной веры. Другую систему дал Феофан Прокопович. «Первая из них, – говорит Ю. Самарин, – заимствована у католиков, вторая – у протестантов. Первая была односторонним противодействием влиянию реформации; вторая таким же односторонним противодействием иезуитской школе. Церковь терпит ту и другую, признавая в них эту отрицательную сторону. Но ни той, ни другой церковь не возвела на степень своей системы, и ни той, ни другой не осудила; след., лежащее в основании обеих понятие о церковной системе церковь исключила из своей сферы, признала себе чуждым. Мы вправе сказать, что православная церковь не имеет системы и не должна иметь ее». Этими словами Самарина определяется значение «Камня веры».