Отношения с Архиерейским синодом (карловчанами) под председательством митрополита Антония из-за притязаний Евлогия на полноту власти в Западной Европе неуклонно обострялись. В частности, поводом для эскалации конфликта стал статус германского викариатства его епархии (возглавлялось епископом Тихоном (Лященко)). Из-за спора вокруг германского викариатства (решением Архиерейского Собора оно было выделено в отдельную епархию), окончательно порвал с Архиерейским синодом 16/29 июня 1926 года, покинув заседание Архиерейского собора. После 7-месячной полемики между Евлогием и Синодом РПЦЗ, последний 13/26 января 1927 года постановил предать митрополита Евлогия суду Священного Собора, отстранить его от управления епархией, назначить другого епископа и запретить в священнослужении. Состоявшийся летом 1927 года епархиальный съезд выразил поддержку Евлогию; последовал окончательный раскол русской православной эмиграции в Европе на «евлогиан» и «карловчан» (во главе группы приходов в Париже, решивших остаться в ведении Зарубежного синода, стал архиепископ Серафим (Лукьянов)).
Евлогий, оставшись в юрисдикции Заместителя Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), согласился (наряду с епископом Вениамином (Федченковым)) на требование дать подписку о «лояльности» по отношению к советскому правительству (Указ № 93 от 1 (14) июля 1927 года Заместителя местоблюстителя Патриаршего престола митрополита Сергия), оговорив, что понимает под этим аполитичность эмигрантской церкви, а не подчинение советской власти. Тем не менее, позиция митрополита Евлогия вызвала негативную реакцию со стороны многих эмигрантов; ряд его приходов перешла к карловчанам: протоиерей Сергей Орлов (Женева), диакон Борис Молчанов (Медон), протоиерей Василий Тимофеев (Лондон), протоиерей Григорий Остроумов (Канны). Его положение стало еще более шатким после публикации в советской прессе двух интервью митрополита Сергия (Страгородского) 15 и 18 февраля 1930 года для печати, подписанных прочими членами его Синода, в которых утверждалось, что в СССР нет гонений на Церковь и верующих: «В эмиграции поднялось сильнейшее возмущение столь явной неправдой». О крайне негативных в отношении Патриархии настроениях среди эмигрантов в Париже в первые месяцы 1930 года в связи с интервью Сергия, а также совпавшей по времени волной возмущения после похищения генерала Александра Кутепова в конце января того же года, писал даже бескомпромиссный сторонник Патриархии Литовский митрополит Елевферий (Богоявленский). Примечательно, что советская печать упоминала имя Евлогия в контексте «крестового похода» против СССР; так, в конце февраля 1930 года корреспондент «Известий» в Лондоне писал: «Основной чертой кампании было полное отсутствие конкретных фактов. <…> Сам Евлогий, припертый, был вынужден опровергнуть достоверность „списка большевистских жестокостей"».
Профессор Иван Алексинский в официальном органе Архиерейского синода (в Сремских Карловцах) в начале 1930 года писал о роли Евлогия: «Восхваляя деятельность митр. Сергия, дошедшего в угодничестве перед советской властью до воздаяния ей благодарности за внимание к нуждам Церкви, т. е. за осквернение русских святынь, разрушение храмов, истребление и истязания священнослужителей, митрополит Евлогий становится его соучастником в гонениях на достойнейших иерархов и священников в России, не принявших к исполнению кощунственного распоряжения митрополита Сергия о возношении молитв за врагов Бога. Митрополит Евлогий, хорошо зная, что Архиерейский Собор, твердо хранящий верность канонам и заветам русской Православной Церкви, всегда оставался в духовном единении с Матерью Церковью, дерзает предлагать русским иерархам изменить их пастырскому долгу и примкнуть вместе с ним к советской церкви, возглавляемой церковным Г. П. У».
16 марта 1930 года принял участие в молениях о «страждущей Русской Церкви», проведенных по инициативе архиепископа Кентерберийского Космо Ланга в Лондоне; моления освещались прессой в СССР как эскалация пропагандистской войны против советского режима. В ответ, 10 июня 1930 года (указ также ставил в вину Евлогию ряд прежних «политических» демонстраций, в частности панихиды в 10-летнюю годовщину октябрьского переворота и по Николае фон Мекке, расстрелянном в рамках дела «контрреволюционной вредительской организации НКПС и на железных дорогах СССР»), митрополит Евлогий был уволен митрополитом Сергием от управления русскими церквами в Западной Европе; временное управление русскими церквами Московского патриархата в Западной Европе было поручено архиепископу Владимиру (Тихоницкому); но основная масса приходов осталась верна ему, а епископ Владимир отказался принять назначение. Указом от 24 декабря 1930 года митрополит Сергий подтверждал решение своего Синода от 10 июня об увольнении Евлогия и распорядился упразднить Епархиальный Совет в Париже; управление Западноевропейской епархией он поручал митрополиту Литовскому Елевферию (Богоявленскому).