Организация тщательно структурировалась. В каждом центре создавались три дружины. Первая — руководство. Вторая — собственно боевики. Она состояла из нескольких специализированных отрядов-«десяток»: стрелки, бомбисты, минеры, мальчишки-разведчики. Третья дружина — «массовка». Резерв, школа военного обучения. Существовало несколько уровней посвящения в тайну, строжайшая конспирация. Каждый знал лишь то, что касалось его. Заповедью боевиков было: «Говорить не то, что можно, а то, что нужно». Прием в дружины осуществлялся только по двум рекомендациям. Поручители отвечали за рекомендуемого, а в случае каких-то его прегрешений, трусости, отступничества они же исполняли приговор. Всегда смертный. Словом, это было подобие мафии. А Свердлов стал ее «некрещеным крестным отцом».
Что ж, «дело» пошло! Полетели бомбы в окна тех, кого объявили «черносотенцами». На полицейских началась подлинная охота — одного из них, Ерина, боевик Ермаков не просто убил, а отрезал голову. Развернулись «эксы» — ограбления казначейств, почтовых поездов, транспортов с деньгами. И рэкет богачей — отстегивай столько-то «на нужды революции», иначе смерть. Убивали и рабочих, осмелившихся поднять голос против таких «революционеров», не выполнить каких-либо требований. Причем Яков Михайлович настаивал, чтобы в акциях поучаствовал каждый боевик. Всех повязать кровью. Сам подавал пример. У полиции имелись сведения, что он лично убил, по крайней мере, одного человека — рабочего Пятницкого.
В июне 1906 г. правоохранительные органы Перми все-таки арестовали Свердлова, захватили 36 человек из пермской дружины. Улик было хоть отбавляй — денежный отчет, написанный рукой Якова Михайловича, склад с оружием, типография. Но… собрать обвинительные материалы, достаточные для осуждения Свердлова на полную катушку, так и не удалось. Его знали по всему Уралу, и тем не менее против него не нашлось ни одного свидетеля! Потому что главарь пребывал за решеткой, а его структуры сохранились и действовали. Свидетели жить хотели. Вероятно, и следователи жить хотели. И судьи. И присяжные. А адвокаты были оплачены хорошо и умело работали языками. Не получилось доказать ни причастности к убийству Пятницкого, ни террористической деятельности. За все про все Свердлов получил лишь 2 года тюрьмы. С учетом пребывания под следствием — 3 с половиной.
В местах заключения он не особо страдал. Даже матерые уркаганы безоговорочно признавали его «авторитетом». Еще бы! Вожак эдакой группировки! Мигнет — и пыль от тебя останется. Да и сам он вел себя в тюрьме, как хозяин. И его слушались, повиновались, заискивали перед ним. До нас дошла фотография заключенных пермской тюрьмы. Здоровенные бандиты робко жмутся с краешку, а низенький тщедушный очкарик Свердлов вольготно, по-хозяйски восседает в центре, на первом плане. Он здесь главный. Пахан.
Его неизменно избирали старостой. Представлять других заключенных перед администрацией тюрьмы, через него шли все деньги и передачи с воли. Свердлов бесцеремонно узурпировал их, установив «коммуну» — все в общак, которым заведовал он сам. А с начальством тюрьмы держался нагло, самоуверенно. И оно пасовало, уступало во всем. Ну его, лучше не связываться! Свердлов сразу наладил связь с сообщниками, оставшимися на воле, с другими отделениями тюрьмы. Например, назначил «уполномоченной» в женском корпусе свою жену К. Т. Новгородцеву.
Сохранился дневник сидевшего вместе с ним социал-демократа Н. А. Чердынцева, возмущавшегося, что Свердлов и Теодорович установили настоящую диктатуру. Он писал, как Яков Михайлович постоянно общался с уголовщиной, секретничал о каких-то делах. Во всех тюремных конфликтах и разборках поддерживал только «своих», независимо от того, какую подлость они сотворили. Чердынцев констатировал: «Вся эта манера изображать из себя что-то важное, имеющее силу и волю везде, могущее карать и миловать, я считаю за признак низости ума и сердца». Описал он и развлечения Свердлова, назначившего «дружину» для уничтожения крыс. Но их требовалось не убивать, а ловить живыми. После чего начиналось самое «интересное». Крысу либо торжественно вешали, либо топили в параше — кидали в жижу и отталкивали от краев, не давая выбраться. Пахан и его окружение при этом хохотали от души.