Но в данном случае авторы просчитались. Ошалелую интеллигенцию они гнали на бойни, как баранов. Стихийные мятежи крестьян и голодные бунты рабочих довольно легко подавляли. Но казаки-то были прирожденными и опытными воинами. Привычными к спайке, умеющими быстро сорганизоваться. Их терпения хватило всего на месяц, пока они не поняли, что их на самом деле намереваются извести под корень. Пожар занялся сразу в нескольких местах. В станице Еланской, когда 20 карателей захватили очередную партию жертв, поднялся Красноярский хутор. Казак Атланов собрал 15 человек с двумя винтовками — пошли шашками и плетками отбивать арестованных. В Казанской, когда на один из хуторов приехали 25 трибунальцев с пулеметом проводить «карфаген», тоже восстали. Пошла цепная реакция. Сотник Егоров поднял по казачьему сполоху 2 тыс. человек…
В качестве агитационных материалов повстанцы распространяли найденные у убитых комиссаров ту самую, свердловскую директиву о геноциде и телеграмму члена РВС Южного фронта Колегаева во исполнение директивы. Мятеж разливался стремительно, охватил станицы Казанскую, Еланскую, Вешенскую, Мигулинскую, Шумилинскую, Мешковскую, Усть-Хоперскую, Каргинскую, Боковскую. Казаки самостоятельно формировали сотни и полки, выбирали командиров. Выдвинули лозунг: «За советскую власть, но против коммуны, расстрелов и грабежей». У повстанцев не было оружия, боеприпасов — почти все сдали. Но доставали припрятанные дедовские шашки, ковали пики и кидались в атаки с холодным оружием. Отливали картечь и пули из оловянной посуды, из свинцовых решет веялок. Для нескольких захваченных пушек вытачивали стаканы снарядов из дуба на токарном станке. И гнали, громили палачей.
В это же время восстало Уральское казачество. Разумеется, не сговариваясь с Донским. Но действовали одни и те же закономерности, вели к одному и тому же результату. Восстали и оренбургские казаки. Поднялись терские, активно поддержали Деникина.
16 марта 1919 г., в день смерти Свердлова, ЦК большевиков сразу же отменил директиву о геноциде. Но он продолжался! Теперь под предлогом подавления мятежа. Якир приказывал: «…Полное уничтожение поднявших восстание, расстрел на месте всех, имеющих оружие, 50-процентное уничтожение мужского населения. Никаких переговоров с восставшими быть не должно». Впрочем, и Ленин не собирался давать казакам реальных послаблений. Вот его телеграммы. Сокольникову, 20 апреля 1919 г.: «Верх безобразия, что подавление восстания казаков затянулось». Ему же, 24 апреля: «Если Вы абсолютно уверены, что нет сил для свирепой и беспощадной расправы, то телеграфируйте немедленно. Нельзя ли обещать амнистию и этой ценой разоружить? Посылаем еще двое командных курсов». 25 апреля, Склянскому: «Надо сговориться с Дзержинским о том, чтобы он дал самых энергичных людей, и не послать ли еще военные силы? Еще надо, если там плохо, пойти на хитрость». 6 мая, в РВС Южфронта: «Происшествие с подавлением восстания прямо-таки возмутительно. Необходимо принять самые энергичные и решительные меры и вырвать с корнем медлительность. Не послать ли еще добавочные силы чекистов?» 15 мая, Луначарскому: «Двиньте энергичное массовое переселение на Дон из неземледельческих мест для занятия хуторов. Курсантов тоже пошлем».
Рано или поздно казачье восстание на Дону было обречено. Но руководство «Вешенской республики» направило гонцов к донскому атаману Богаевскому, сменившему на этом посту Краснова, — с просьбой о помощи. Повстанцы продолжали отчаянно отбиваться. Изрубили несколько большевистских частей. А Сердобский красный полк и часть Федосеевского перешли на сторону казаков. Против них собирались все более крупные силы, 40 тыс. штыков и сабель с огромным количеством артиллерии и пулеметов. 22 мая началось отступление повстанцев. Операцию взял под личный контроль Троцкий. В приказе № 100 от 25.05.19 г. он писал: «Солдаты, командиры и комиссары карательных войск!..Гнезда бесчестных изменников и предателей должны быть разорены. Каины должны быть истреблены. Никакой пощады к станицам, которые будут оказывать сопротивление… Против помощников Колчака и Деникина — свинец, сталь и огонь!..» Каратели оставляли за собой пустыню. Специальные отряды факельщиков жгли хутора и станицы, население истреблялось.