Но присутствующие были поражены ужасом, когда услышали на вопрос государя ответ матроса, который сказал, что он есть тот самый стрелец, который в младенчестве дерзнул занести нож на монарха-отрока в Свято-Троицкой Лавре. Продолжая далее отвечать на вопросы монарха, стрелец этот объяснил, что он тогда ещё был новичком в стрельцах, когда замешался в бунт, что потом он раскаялся в своём заблуждении и в злодеянии и только бегством спасся от поимки и казни; за тем долгое время странствовал в отдалённых областях и, наконец, выдавши себя за сибирскаго крестьянина, записался в матросы при архангельском адмиралтействе, где честно исполнял свою службу.
Пётр Первый, выслушав откровенное признание, даровал ему жизнь, простил матроса со строгим объявлением никогда впредь не показываться на глаза. Возблагодарив Бога и государя, матрос удалился из рядов. Он вскоре был послан в отдалённейшие области Сибири.
Двор был очищен от враждебных Милославским людей, и стрелецкие челобитья о казнях и ссылках прекратились.
«Теперь у них два царя – один от народа, другой от знати»
Но, завладев фактически властью, уничтожив одних и устранив от дел других своих врагов, Софья и её сторонники не заручились ещё никаким юридическим основанием своего господствующего положения. Таким юридическим основанием могло быть воцарение царя Ивана и передача опеки над ним какому-нибудь лицу его семьи. Этого Софья достигла помощью тех же стрельцов.
После кровопролития ещё несколько дней Пётр оставался царём один. Пока об Иване не было речи. На деле, однако же, с самого начала бунта вся власть находилась в руках царевны Софьи. Нарышкины были устранены совершенно. Родственники царицы Натальи или были убиты, или, переодетые в крестьянское платье, бежали из Москвы… Таким образом, мать Петра оставалась в одиночестве, в беспомощном положении. Многие вельможи, которые могли бы сделаться советниками царицы, пали жертвой мятежа. Торжество Софьи и её приверженцев было полное.
Стрельцы составляли всю силу в Москве; стрельцы были преданы Софье, предавали ей в руки верховное правление, но ни Софья, ни стрельцы не докончили своего дела: на престоле все-таки оставался Пётр, а за ним была русская земля, избравшая его царём. Надобно было придать делу благовидность.
Маия же месяца в день 23 собравшеся вси выборныя служивых люд(и)е, пришедше на Красное крыльцо велели боярину князю Ивану Хованскому доложить государыням царевнам, что во всех их стрелецких полкех хотят, и иных чинов многая люди, чтобы на Московском царстве были два царя, яко братия единокровнии: царевич Иоанн Алексеевич, яко брат больший, и царь да будет первый; царь же Пётр Алексеевич, брат меньший – и царь вторый. А естьли де того не восхощет кто учинить – паки хотят итить вси, вооружася, во град, и от того будет мятеж немалый! И по доношению о том боярина князя Ивана Хованского государыням царевнам указали государыни собрати всех бояр, окольничих, думных и ближних людей. А, собрав, выборных людей от всех стрельцов пришедших и извет (сообщение) объявили, и они тому согласны учинилися.