При краковском центре был создан так называемый повстанческий «штаб» для практического руководства подготовкой вооруженного восстания против Советской власти. Главной задачей краковского центра ОУН была подготовка в УССР вооруженного восстания, приурочивавшегося к моменту военного нападения фашистской Германии на Советский Союз.
С помощью германской фашистской разведки оуновцы создали специальную сеть школ и курсов по подготовке разведчиков, террористов и диверсантов для заброски их на Украину вместе с эмиссарами ОУН с целью создания там «штабов» по подготовке вооруженного восстания и организации шпионажа.
В пограничной полосе были созданы специальные «комитеты» ОУН, которые занимались переброской на территорию УССР эмиссаров, разведчиков, диверсантов и террористов. В переброске агентов-оуновцев на советскую сторону принимали непосредственное участие германская разведка и немецко-фашистская пограничная служба.
Главарям оуновского подполья было предложено готовить отряды к вооруженному выступлению против Советской власти. Для этого они должны были произвести перегруппировку своих кадров и, прежде всего, во избежание провала отсеять «неустойчивые» элементы; оставшихся проверенных членов ОУН взять на учет и привести в полную боевую I готовность; всех кадровых оуновцев, которым угрожала опасность ареста органами государственной безопасности, переправить на территорию, занятую Германией, для включения их в формировавшиеся оуновцами вооруженные легионы и оуновские походные группы.
В декабре 1939 года оуновцы попытались организовать в западных I областях Украины вооруженные выступления с тем, чтобы продемонстрировать перед немецко-фашистским командованием свои силы.
Вооруженные выступления оуновцев органами государственной безопасности и войсками были быстро ликвидированы, а их участники аpeстованы. В связи с этими вооруженными выступлениями органы государственной безопасности провели операции по аресту активных оуновцев, во время которых было захвачено до 900 членов ОУН.
После первого удара, нанесенного чекистскими органами оуновскому подполью в декабре 1939 года, краковский центр ОУН усилил заброску на Украину своих эмиссаров и организаторов подполья, стараясь заменить арестованных чекистскими органами главарей, и активизировал подрывную работу против Советской власти.
Органы государственной безопасности приняли меры для выявления нелегальных каналов связи бандеровского подполья на территории западных областей Украины с закордонным центром, а также для установления его главарей и активных участников. Однако в то время ликвидировать львовский краевой «провод» ОУН, непосредственно возглавлявший вражескую деятельность оуновцев в западных областях Украины, чекистским органам не удалось. Хотя многие эмиссары краковского центра и были задержаны, но некоторым из них все же удалось проникнуть на территорию западных областей Украины и создать там ряд подпольных оуновских организаций и центров, подчиненных львовскому краевому «проводу» ОУН.
Главарь ОУН Мельник, ставший во главе ОУН после Ксновальца, придерживался той точки зрения, что до нападения фашистской Германии на Советский Союз не следует начинать на Украине вооруженные, повстанческие, диверсионно-террористические и иные открытые враждебные выступления против Советской власти, считая, что в такой борьбе многие оуновские кадры будут уничтожены, а их следует сохранять. Бандера же являлся сторонником более активных вражеских действий на территории УССР и непрерывно засылал на Украину агентуру для организации подполья, вооруженных выступлений и совершения диверсионно-террористических актов. В отличие от Мельника, он был связан с большинством подпольных организаций, существовавших на Украине. Германские фашисты делали ставку на Бандеру, как на более активного главаря ОУН, располагавшего значительными связями в западных областях Украины. Действуя по указанию германской разведки, Бандера начал внутри организации борьбу против Мельника, ставя своей целью захват руководства ОУН в свои руки.
В январе 1940 года на совещании ОУН в Кракове началась «дискуссия» между сторонниками Бандеры и сторонниками Мельника. В результате этой «дискуссии», различных интриг и споров группа Бандеры заявила, что она не признает Мельника руководителем ОУН. На этом совещании, где Мельника представлял его ближайший подручный Сушко, произошел раскол оуновского центра на бандеровцев и мельниковцев.