В ночь на 1 июля 1916 года нефтяные миноносцы «Победитель», «Гром» и «Новик» (флаг начальника дивизии контр-адмирала А. В. Колчака) разгромили около маяка Ландсорт на шведском берегу караван пароходов с рудой, шедших из Швеции в Германию. Южнее, в заслоне, находились крейсера «Рюрик», «Олег», «Богатырь». Потоплено два вспомогательных крейсера, взяты пленные, подобранные с воды со вспомогательного крейсера «Герман». Поврежденные суда укрылись в нейтральных шведских водах.
16 июня крейсеры «Громобой» (флаг вице-адмирала П. Куроша) и «Диана» при участии миноносцев «Победителя», «Грома» и «Орфея» по приказу Канина были посланы на путь следования германского каравана с рудой. Но перед рассветом 17 июня, находясь между Швецией и островом Готланд, тихоходные русские крейсера были настигнуты флотилией неприятельских миноносцев и атакованы ею. Но эта атака отбита с уроном для противника, который, не выдержав губительного огня крейсеров, выпустил торпеды с дистанции 40 кабельтовых, закрылся дымовой завесой для исправления аварий и прекратил преследование.
Но Ставка Верховного главнокомандующего требовала от Балтийского флота более активных действий. Николай II все чаще говорил о том, что его командующий неоправданно боится противника, ограничиваясь пассивной обороной. Морской министр сделал определенные выводы, и 6 сентября 1916 года адмирал В. А. Канин «за недостаточную активность русских морских сил на Балтике» был отправлен в почетную отставку с назначением членом Государственного совета. По другим данным, он был отправлен в отставку по состоянию здоровья и личной просьбе.
Но вероятнее всего, основной причиной замены командующего являлась пассивность сил Балтийского флота в кампании этого года, которая не соответствовала общей военной обстановке. Флот перешел к позиционной обороне, хотя немцы после Ютландского боя не могли предпринимать крупных операций на Балтике.
«Назначение командующим Балтийским флотом вице-адмирала Василия Александровича Канина, – как впоследствии признал морской министр адмирал И. К. Григорович, – оказалось ошибкой. Это был офицер, который мог быть хорошим, когда над ним стояло начальство, а сам сделавшись им, распустился и чуть не распустил все то, что так крепко и хорошо было спаяно усопшим адмиралом Эссеном».
Ренгартен И. И., исполняющий должность 2-го флагманского минного офицера в штабе Командующего флотом Балтийского моря, на встрече с начальником оперативного отдела штаба Балтийского флота князем Черкасским заявил: «Канин хорош как техник минного дела, но стратег он никакой. Ставка имеет к Канину две большие претензии: бунт на «Гангуте» и затяжка десанта в Рижском заливе, задуманного лично государем».
По словам контр-адмирала С. Н. Тимирева, адмирал В. А. Канин «не отличался выдающимися способностями… но был бесспорно умным человеком и прекрасным хозяином с большим служебным и техническим опытом. Кроме того, он обладал в высшей степени качеством поддерживать самые лучшие отношения с самыми разнообразными людьми, был человеком выдержанным, покладистым и, несомненно, имевшим большой запас здравого смысла…»
Бесспорных положительных качеств Канина – его здравого смысла, служебного опыта, технических знаний и хозяйственных способностей – хватало с избытком для командования отрядом заградителей, но было совершенно недостаточно для командования флотом. В лучшем случае о нем отзывались как о приятном, любезном собеседнике, гостеприимном хозяине и тонком игроке в винт и бридж, но эти качества, очень ценные, может быть, в мирное время, не могли, конечно, создать репутацию хорошего руководителя целого флота в военное время.
Также говорили, что, как умный человек, Канин сам заблаговременно начал подготавливать себе почву для «почетного» ухода в отставку. Он постоянно жаловался на недомогание вследствие переутомления и склонности к апоплексии. При этом болезнь его не была чисто «дипломатической». Современники вспоминали, что он действительно часто хворал головокружениями и даже обмороками.
После Февральской революции в апреле – июне 1917 года адмирал в отставке В. А. Канин занимал пост второго помощника морского министра Временного правительства А. И. Гучкова, а в июне – декабре был членом Адмиралтейств-совета. Но 23 ноября 1917 года Декретом Советской власти Адмиралтейств-совет был упразднен, а 13 декабря того же года он был уволен от службы.
В то время он с женой и шестью детьми проживал в Петрограде на Васильевском острове, но вскоре после увольнения переехал в Севастополь. Приказом генерала А. И. Деникина от 26 ноября 1918 года он был назначен командующим Черноморским флотом. Занимал эту должность до ее упразднения в связи с преобразованием Морского управления Вооруженных сил Юга России и увольнения в отставку 25 марта 1919 года.