Обратный путь был также насыщен различными событиями. 10 октября 1896 года «Император Николай I» покинул Владивосток, возвращаясь в Средиземное море. 21 октября он был в Гонконге, 21 декабря пришел в Порос, а 8 декабря прибыл на Мальту. Заграничное плавание эскадренного броненосца «Император Николай I» завершилось 29 апреля 1897 года, когда корабль пришел в финский порт Биорке. По итогам этого плавания Канин был награжден серебряной медалью в память царствования императора Александра III.
В 1898 году ему было определено содержание капитан-лейтенанта по цензу в службе на Черноморском флоте. С начала 1900 года был назначен флагманским минным офицером берегового штаба старшего флагмана Черноморской флотской дивизии и одновременно исполнял обязанности флагманского минного офицера штаба командующего Практической эскадрой Черного моря. За успешное проведение маневров в 1901 году был пожалован румынским орденом Короны командорского креста.
С апреля 1902 года ходил старшим офицером морской канонерской лодки «Черноморец», а с сентября 1903 года – старшим офицером эскадренного броненосца «Георгий Победоносец». 1 января 1904 года был произведен в капитаны 2-го ранга и награжден Иерусалимским крестом Животворящего древа.
С октября 1904 по февраль 1907 года В. А. Канин продолжил службу на Черноморском флоте в должности заведующего складом мин Уайтхеда и пристрелочной станцией Севастопольского порта. Затем по май 1908 года командовал канонерской лодкой «Кубанец». В этой должности он был награжден греческим орденом Спасителя командорского креста и произведен в капитаны 1-го ранга.
Вскоре после этого Василий Александрович получает назначение командиром линкора «Синоп». Этот корабль принимает участие в больших маневрах кораблей Черноморского флота и успешно выполняет сложную учебную задачу. По завершении маневров Канин был награжден орденом Св. Владимира 4-й степени с бантом. В наградном листе было указано: «За 20 успешно проведенных в офицерских чинах ежегодных кампаний».
В январе 1911 года Василий Александрович был переведен по службе на Балтийский флот и назначен начальником 4-го дивизиона эсминцев 1-й Минной дивизии. Затем, с 20 сентября 1911 года по декабрь 1911 года он служил в должности начальника 4 дивизиона миноносцев Балтийского моря. За выполнение учебных задач по минированию подступов к Кронштадту был пожалован орденом Святого Владимира 3-й степени.
С 9 декабря 1911 года по март 1913 года В. А. Канин исполнял обязанности Председателя Комиссии для наблюдения за постройкой кораблей в Балтийском море. Затем, до ноября 1913 года был командующим под брейд-вымпелом отряда заградителей Балтийского моря. 6 декабря 1913 года он был произведен в контр-адмиралы «за отличие» и назначен начальником отряда заградителей Балтийского моря.
В этой должности Василий Александрович и вступил в войну.
По тяжелому опыту Русско-японской войны флотское командование ожидало, что первым ударом неприятеля будет попытка уничтожить слабые силы русского флота, чтобы обладать не только свободой действий в Балтийском море, но и безнаказанно иметь возможность проникнуть в любое время в Рижский и Финский заливы. Береговые батареи новой Ревельской крепости, обслуживающиеся морскими командами (крепость Имп. Петра Великого), находились в зачаточном состоянии. Предполагаемых 12-дюймовых батарей на островах Нарген, Вульф, Реншер, перекрывающих своим огнем Финский залив, не существовало. Новые дредноуты находились в стадии постройки, и только два из них могли вступить в строй поздней осенью. Легкие крейсера типа «Адмирал Невельской» строились в Германии и, очевидно, поступали на усиление флота противника, нефтяные миноносцы типа «Новик» должны были быть готовы только в 15-м и 16-м годах.
Таким образом, для ничтожных, по сравнению с германскими, сил Балтийского флота создалось угрожающее положение. Чтобы не допустить этого, командующему флотом после настойчивых просьб удалось добиться разрешения, до фактического объявления войны, поставить так называемое центральное минное заграждение поперек залива, на линии Нарген – Поркалауд. Приказ о начале этой операции был отдан 17 июля 1914 года. Тогда отряд минных заградителей под флагом контр-адмирала В. А. Канина в составе «Ладоги», «Наровы», «Енисея», «Амура» и «Волги» вышел в море под охраной наличных линейных кораблей «Император Павел I», «Цесаревич» и «Слава», а также крейсеров «Рюрик» (флаг командующего флотом), «Громобой», «Адмирал Макаров», «Паллада», «Баян» и миноносцев, то есть почти всего флота. Операция постановки прошла безукоризненно. В этот день отряд поставил больше 2200 мин.