После ареста Корнилова Верховное командование вооруженными силами России принял на себя А. Ф. Керенский, ничего не смысливший в военном деле. Поэтому он упросил генерала М. В. Алексеева стать начальником его штаба. Но совместная работа этих столь разных людей была невозможна. Уже в середине сентября Алексеев подал рапорт об отставке. По его рекомендации на освободившийся пост 25 сентября был назначен генерал-лейтенант Н. Н. Духонин. Через два дня он приехал в Могилев и приступил к исполнению своих служебных обязанностей.
Как сам Николай Николаевич отнесся к новому назначению – сказать трудно. В воспоминаниях Бонч-Бруевича, который в то время после смещения с должности командующего войсками Северного фронта и без дела находился в Ставке, имеется следующая запись:
«Войдя в кабинет Духонина, я увидел его таким же моложавым и подтянутым, как когда-то в Галиции. Пользуясь старой нашей близостью, я без обиняков спросил:
– Что вам за охота была, Николай Николаевич, принимать должность начальника штаба Ставки при таком Верховном, как Керенский?
– Ничего не поделаешь, на этом настаивал Михаил Васильевич, – признался Духонин.
– При чем тут Алексеев? – удивился я. – Вопрос слишком серьезен для того, чтобы решать его в зависимости от желания кого бы то ни было.
– Что вы, что вы! – запротестовал Духонин и тоненьким своим голоском начал доказывать, что воля Алексеева в данном случае должна являться законом. – Время ответственное, это верно. Но именно потому, что мы переживаем исторические дни, нельзя руководствоваться личными отношениями, – предупредил он. – Сам Михаил Васильевич готов принести себя в жертву интересам армии и поэтому согласился после провала выступления Корнилова на назначение начальником штаба Ставки. Это назначение спасло не только Ставку от развала, но и Лавра Георгиевича и остальных участников корниловского заговора. Теперь они, слава Богу, в Быхове вне опасности… Но Михаил Васильевич не мог оставаться в Могилеве, – продолжал Николай Николаевич. – Как-никак он был ближайшим помощником отрекшегося государя, и этого ему простить не могут. Поэтому он решил подать в отставку и уехать к себе в Смоленск. Мне же пришлось заменить его на столь ответственном посту…»
Бонч-Бруевич не стал возражать, хотя и имел свое мнение относительно причин назначения Духонина. Он считал, что Алексеев, выдвинув того на свое место, меньше всего думал о служебных достоинствах и военных талантах своего преемника. По мнению Михаила Дмитриевича, дело было в том, что властолюбивый генерал не хотел рекомендовать на должность начальника штаба Ставки решительного и одаренного человека, который бы все повернул по-своему. Другое дело было поставить на этот пост послушного Духонина, через которого можно было бы по своему усмотрению направлять действия Ставки, даже находясь за ее пределами.
Для большей полноты характеристик Духонина остается привести мнение о нем его непосредственного начальника А. Ф. Керенского. В своих мемуарах он писал: «Духонин был широкомыслящий, откровенный и честный человек, далекий от политических дрязг и махинаций. В отличие от некоторых пожилых офицеров он не занимался сетованием и брюзжанием в адрес «новой системы» и отнюдь не идеализировал старую армию. Он не испытывал ужаса перед солдатскими комитетами и правительственными комиссарами, понимая их необходимость. Более того, ежедневные сводки о положении на фронте, которые он составлял в Ставке, носили взвешенный характер и отражали реальное положение вещей. Он никогда не стремился живописать действующую армию в виде шайки безответственных подонков. В нем не было ничего от старого военного чинуши и солдафона. Он принадлежал к тем молодым офицерам, которые переняли искусство побеждать у Суворова и Петра Великого, а это наряду со многим другим означало, что в своих подчиненных они видели не роботов, а прежде всего людей.
Он внес большой вклад в быструю и планомерную реорганизацию армии в соответствии с новыми идеалами. После ряда совещаний в Петрограде и Могилеве, в которых приняли участие не только министр армии и флота, но также главы гражданских ведомств – министры иностранных дел, финансов, связи и продовольствия, – он составил подробный отчет о материальном и политическом положении вооруженных сил. Из отчета следовал один важный вывод: армию следует сократить, реорганизовать и очистить от нелояльных элементов среди офицерского и рядового состава. После этого армия будет в состоянии охранять границы России и, если не предпринимать крупных наступательных операций, защитить ее коренные интересы».
Но сам Николай Николаевич в отношении Керенского имел радикально противоположное мнение. Так, еще в середине октября 1917 года в разговоре с Бонч-Бруевичем он заявил: «Я считаю, что Керенский долго не продержится у власти. И когда это станет очевидным, необходимо как можно скорее включиться в то дело, ради которого Лавр Георгиевич до сих пор торчит в Быхове».