Испанские войска вторглись в приграничный французский регион Руссильон, который до середины XVII века входил в состав пиренейского королевства. Португалия сформировала экспедиционный корпус и отправила его на помощь союзнику. Войска высадились в Каталонии, совершили марш до французской границы и во взаимодействии с испанской армией приняли участие в нескольких победоносных сражениях с французами.
На следующий год военная фортуна переменилась. Теперь французские войска перешли в наступление, а испанцы и португальцы, понеся потери, были вынуждены отойти в Каталонию.
В 1795 году Испания заключила с Францией мир, не удосужившись предварительно не то что обсудить свое намерение с португальским союзником, но хотя бы его уведомить. На следующий год Мадрид подписал с Парижем договор и перешел во французский лагерь. Теперь Лиссабон, союзник Великобритании, превратился в противника не только для Франции, но и для Испании.
Португалия оказалась в опасном положении. Великобритания, недавно расставшаяся со своими североамериканскими колониями, переживала непростые времена. Португальские проблемы волновали ее в последнюю очередь. Лиссабон пытался найти новых сильных союзников. В 1798 году в связи с истечением срока действия был подписан новый Договор о дружбе, мореплавании и торговле с Российской Империей.
В 1799 году Португалия и Россия подписали Договор о союзе и обороне сроком на семь лет. Стороны обязались в случае нападения оказать друг другу помощь. Лиссабон должен был прислать шесть кораблей, Санкт-Петербург — шесть тысяч солдат.
Договор остался только на бумаге. Он был заключен при императоре Павле I, в марте 1801 года убитом в результате заговора, в котором участвовал британский посол. Политика изменилась, и Александр I отмечал, что договор неосуществим и «превратился в тягостную обязанность».
Между тем как раз в это время Португалии потребовалась помощь. В 1801 году Мадрид по согласованию с Парижем представил Лиссабону ультиматум. Португалии предлагалось или заключить мир с Францией, или готовиться к войне. Условия мира были тяжелыми и унизительными. От Португалии требовалось разорвать союзные отношения с Великобританией, закрыть для англичан порты и открыть их для испанцев и французов. В качестве гарантии выполнения условий Испании надо было передать по меньшей мере одну из провинций.
Португалия отвергла ультиматум, и испанские войска вторглись в Алентежу. Они быстро захватили Валенсу, Порталегре и другие приграничные города-крепости. В июле 1801 года, уже через две недели после начала боевых действий, в Бадахосе был подписан мирный договор. Португалия согласилась закрыть порты для английских кораблей, а Мадрид возвратил захваченные территории, за исключением Оливенсы.
С тех пор этот город, не раз переходивший из рук в руки, окончательно стал испанским. Все попытки вернуть Оливенсу не увенчались успехом. Хотя принц-регент Жоау объявил Бадахосский договор ничтожным как подписанный на принудительных условиях, а Венский конгресс, который состоялся в 1814–1815 годах после победы союза европейских государств над наполеоновской Францией, поддержал эту позицию, Испания Оливенсу не вернула.
С приходом к власти Наполеона, который в 1799 году совершил переворот и провозгласил себя сначала первым консулом, а затем — императором, Франция возобновила борьбу с Великобританией. В 1806 году Лондон объявил Наполеону морскую блокаду, а Париж, в свою очередь, ввел континентальную блокаду, запретив европейским странам иметь с Британскими островами торговые, почтовые и любые иные отношения. От Португалии, которая в блокаде не участвовала, требовалось закрыть порты для английских судов, находящихся на них англичан арестовать, а их имущество — конфисковать.
Лиссабон не торопился выполнять распоряжение французского императора. В октябре 1807 года Наполеон ответил на это, заключив в Фонтенбло тайный договор с Мадридом. В соответствии с этим документом, португальская территория, включая колонии, была разделена между Францией и Испанией. Стороны согласовали совместную военную кампанию и разработали план оккупации страны.
Для вторжения в Португалию Франция предоставила 25 тысяч пехотинцев и три тысячи кавалеристов. Почти столько же собрала Испания. 19 ноября войска под командованием французского генерала Жюно вошли в Португалию. 24 ноября они уже были в Абрантеше. До Лиссабона оставалось менее полутора сотен километров.
Только в этот момент до принца-регента Жоау дошли известия о вражеском вторжении. Он немедленно собрал Государственный совет, на котором было принято решение отправить королевскую семью и двор в Бразилию.
В Лиссабоне началась паника. 26 ноября принц-регент назначил губернаторов, уполномоченных управлять Португалией во время его отсутствия. На следующий день королевская семья и придворные лихорадочно грузились на корабли. С ними отправлялись архивы, драгоценности, произведения искусства… Два дня пришлось ждать попутного ветра.