Были в мавзолее и свои 12 апостолов – так называли сотрудников лаборатории, организовавших исследования при усыпальнице вождя и отвечавших за сохранность тела Ленина. С 1991 года государство перестало финансировать лабораторию, и оставшиеся сотрудники подолгу не получали зарплату. В 1993 году работники мавзолея организовали сбор пожертвований для поддержания работоспособности лаборатории и сохранности тела Ленина, а в июне того же года для этих целей даже был учрежден фонд «Мавзолей В. И. Ленина». Спустя восемь лет фонд сменил название, став региональной благотворительной общественной организацией.
Уже в 2000-х Илья Збарский, сын того самого Бориса Збарского, который до 1953 года был сотрудником лаборатории при мавзолее и проводил бальзамирование коммунистических лидеров дружественных Союзу стран, заявил, что с 90-х годов «ленинская лаборатория» зарабатывает деньги на бальзамировании криминальных авторитетов. Руководитель научного центра отверг обвинения Збарского-младшего, хотя полуподпольная лаборатория для бальзамирования крестных отцов русской мафии вполне соответствовала духу лихих 90-х. Сегодня поддержание прижизненного облика Владимира Ильича обходится российскому бюджету более чем в 13 миллионов рублей ежегодно (по данным на 2016 год).
С 1991 года началась долгая, продолжающаяся и по сей день, борьба за коммунистические мощи, одновременно была запущена активная кампания за вынос Ленина из мавзолея. Сторонники ликвидации останков Ильича ссылались на некое завещание, в котором вождь революции будто бы просил похоронить его рядом с матерью. Историки, впрочем, уверяют, что такого письма никогда не существовало. В 1995 году указом президента России усыпальница вождя была признана объектом исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения.
За захоронение тела Ленина выступали самые разные политические и общественные деятели. Анатолий Собчак мотивировал свою позицию «религиозными и национальными обычаями», ссылаясь на то самое мифическое завещание вождя мирового пролетариата. Юрий Лужков заявил тогда, что «значение Ленина обнулилось». Ныне покойный Борис Немцов, будучи в 1998 году вице-премьером, говорил: «У меня мистическое ощущение, что пока мы не похороним Ленина, над Россией будет висеть злой рок». В самом начале 90-х Иосиф Кобзон призывал сохранить музей Ленина «как память о реальном времени и реальном выдающемся человеке».
В то время как страну постоянно сотрясали политические и экономические штормы, идея выноса останков из мавзолея ни на секунду не покидала умы прогрессивной интеллигенции. Предложения по захоронению Ленина в первую очередь звучали из уст политиков, которые хотели заработать авторитет инициативами, не имеющими ничего общего с потребностями и желаниями народа и страны в целом.
Бытует мнение, что вопрос о захоронении Ленина и переносе мавзолея с Красной площади поднимался и поднимается в моменты, когда необходимо отвлечь внимание общественности от более важных вопросов. Например, в 1996 году, когда Кремль вновь недобрым словом вспомнил вождя революции, это было связано, вероятно, с ухудшением состояния здоровья президента Ельцина. В заявлении Госдумы от 17 марта 1997 года об этом говорилось прямым текстом: «Доводы о целесообразности перезахоронения В. И. Ленина лишены исторической, юридической, нравственной, эстетической обоснованности. Они преследуют политические цели – отвлечь внимание граждан России от экономических, социальных, духовных проблем, которыми больно наше российское общество…»
В апреле 2017 года бывший премьер-министр Сергей Степашин вспоминал: «Мне Борис Николаевич поручал снести мавзолей. Это был 1998 год. Прилетаю, иду к нему, и уже в кабинете Ельцин говорит: „Сергей Вадимович, я принял решение: сносим мавзолей Ленина“. – „Хорошо, – говорю, – задачу понял; я министр и должен выполнять приказы верховного главнокомандующего. Единственное, Борис Николаевич, не гарантирую, что после этого акта я останусь министром, а вы – президентом. По-христиански, конечно, труп Ленина нельзя показывать. Это грех. Но сейчас не время мавзолей убирать, не надо. Что, он вам мешает, что ли?»
И если на протяжении почти всех 90-х православная церковь находилась в тени, дистанцировавшись (во всяком случае, официально) от политических инициатив по выносу Ленина из мавзолея, то в 1999 году, с ростом и укреплением авторитета, РПЦ наконец решила открыто выступить против Ильича. Тогда патриарх Алексий II Ридигер высказался, что негоже устраивать рок-концерты и прочие увеселительные мероприятия на месте, где устроен погост, то есть на Красной площади, поэтому призвал уничтожить собственный Карфаген – вынести мумию вождя из мавзолея и захоронить останки.
Дискуссия о выносе тела Ленина из 90-х плавно перекочевала в 2000-е. Все это время останки вождя благополучно лежали в мавзолее, все так же собирая толпы любопытствующих туристов.