Помимо всего прочего, причиной такого положения была сама система руководства строительством, которая вводилась как временная, но просуществовала достаточно долго. П. М. Зернов писал Ванникову, что более глупого положения, чем у начальника объекта, трудно представить. Отвечая за правительственные сроки развертывания работ, он не имел ни малейших рычагов воздействия на строителей, ибо фактически строительная организация была и заказчиком, и подрядчиком. Зернов требовал изменить подобный порядок, но изменить его оказалось не так уж просто. Норму жилья проектировщики определили в шесть квадратных метров на человека, но даже она в течение десятилетий для многих семей была недостижима. Так что легенда, сотворенная некоторыми журналистами, о построении коммунизма на отдельно взятом объекте не отвечает истине. По существу, все годы существования закрытой зоны ощущалась нехватка жилья, и лишь к девяностым годам норму обеспечения жильем сотрудников сумели поднять до девяти квадратных метров на человека. Что же касается сороковых и пятидесятых годов, то жили и в землянках, или, как их называли, «засыпушках».
С вводом в строй производственных сооружений дело обстояло еще хуже. Характерной особенностью создания будущего ядерного центра было постоянное выявление недостаточности запланированного объема работ для решения поставленной задачи. По ходу дела ученые-экспериментаторы обнаруживали, что необходимы то еще одна железобетонная башня для проведения взрывных работ, то здание для размещения мощного пресса, или дополнительные казематы. Это и не удивительно, принимая во внимание чрезвычайную новизну самой задачи.
Для улучшения положения значительно усилили контроль Центра за ходом строительства ядерного объекта. Уполномоченным Совета министров СССР при Лаборатории № 2 и КБ-11 стал генерал-майор Николай Иванович Павлов. Это о нем позднее А. Д. Сахаров говорил как об «одной из самых значительных и активных фигур на втором этаже власти Первого управления». Андрей Дмитриевич подчеркивал как его незаурядные способности «организационные, бюрократические, так и понимание научной и инженерной стороны дела». В 1938 году, будучи аспирантом, он стал сотрудником Бериевского ведомства и сделал стремительную карьеру. От старожилов атомной промышленности до сегодняшних дней дошла легенда о том, как тридцатилетний полковник получил генеральские погоны. Во время работы Ялтинской конференции Павлов находился в свите И. В. Сталина. Стройный и красивый офицер обратил на себя внимание У. Черчилля, который якобы заметил Сталину, что этому молодому человеку очень пошла бы генеральская форма. Какой бы ни была легендарной эта история, но вскоре генералом он стал. Справедливости ради заметим, что не форма украсила Н. И. Павлова, а он форму.
Не случайно, даже после свержения Л. П. Берии, что угрожало карьере всех его соратников, генерал не «пропал», стал крупным организатором экспериментальной науки и производства. Интересная деталь: вспоминая Николая Ивановича, многие как бы не относили его к органам госбезопасности. Его жизнестойкость, гибкость, умение вести себя в критических ситуациях и находить оптимальный выход, неформальное отношение к человеку' в производственных и житейских ситуациях, вероятно, позволяли ему достойно справляться с теми специфическими функциями, которые выполнялись органами КГБ при реализации атомного проекта. А. Е. Негин отмечал в нем честолюбие и вспоминал, что сам Павлов порой сравнивал себя с Наполеоном, поскольку получил генеральское звание в том же возрасте. Куратором стройки он стал не случайно. Подбирать кадры тогда умели.
В августе 1947 года, накануне истечения намеченных планом сроков окончания первой очереди строительных работ по КБ-11, директор Лаборатории № 2 и руководитель отечественного атомного проекта И. В. Курчатов провел совещание с единственным вопросом в повестке: «Выполнили намеченное или нет?» Столь представительное совещание давно не созывалось и было, наверное, нацелено на то, чтобы выявить истинную картину состояния строительства. А она оказалась довольно пестрой: что-то сделали, к чему-то даже не приступали, а часть работ явно нуждалась в переносе сроков исполнения на значительно более поздние даты. По итогам совещания была подготовлена информационная справка, которую направили в Спецкомитет. Реакция была остро-недовольной. От Приволжской конторы Главгорстроя потребовали объяснений. Объяснились, представив цифры о выполнении объема работ на 106,7 процента за первые два квартала года. Формально на этом разбирательство и закончилось, но оно не прошло бесследно.