20 августа 1945 года ГКО примет постановление № 9887 о создании Специального комитета для руководства «всеми работами по использованию внутриатомной энергии урана» во главе с Л.П. Берией в качестве председателя. Маленков будет поименован вторым в утвержденном списке членов комитета. Кроме них, в его состав войдут Вознесенский, Б.Л. Ванников, А.П. Завенягин, И.В. Курчатов, П.Л. Капица, В.А. Махнев, М.Г. Первухин. До создания Спецкомитета работы по обеспечению атомного проекта велись в лаборатории № 2 АН СССР под управлением СНК СССР. Специальный комитет при ГКО СССР (затем при Совете министров СССР) – орган, созданный в СССР через 14 дней после атомной бомбардировки Хиросимы распоряжением ГКО для создания в сжатые сроки ядерного оружия с целью поддержания паритета между СССР и США. Спецкомитет был наделен чрезвычайными полномочиями по привлечению к работам по атомному проекту любых ресурсов, имевшихся в распоряжении правительства СССР. Большая часть работы Спецкомитета была регламентирована директивами Сталина, которыми предписывалось создать ядерное оружие в сжатые сроки. Для ускорения работ в Спецкомитет вошли представители партийных и государственных органов, вовлеченных в создание атомной отрасли. Помимо производства многообразных видов работ, было решено «поручить тов. Берия принять меры к организации закордонной разведывательной работы по получению более полной технической и экономической информации об урановой промышленности и атомных бомбах, возложив на него руководство всей разведывательной работой в этой области, проводимой органами разведки (НКГБ, Р.У.К.А. и др.)»12. Ликвидирован Спецкомитет будет решением Президиума ЦК КПСС от 26 июня 1953 года. Маленков сыграет не самую важную роль в деятельности комитета, тем не менее не упомянуть совсем это направление его деятельности было бы неверно. Вероятнее всего, Сталин направил его в комитет в качестве своего личного представителя. Но и кадровое обеспечение, в том числе и этого проекта, также в конечном итоге в значительной степени зависело от Маленкова. Не приходится сомневаться и в том, что Берия был заинтересован во включении своего «партнера» в состав этого органа. Поддержка со стороны близкого к Хозяину человека, влиятельного и лояльного по отношению к нему лично, обеспечивала комфортное управление сложным и ответственным проектом, несшим в себе немалые риски для всех задействованных в проекте исполнителей.
Возврат к разным формам «дисциплинирования» членов ближайшего окружения, о чем мы уже начали говорить применительно к завершающему периоду войны, Сталин станет все активнее осуществлять с осени 1945 года. Ближайший соратник и старейший член Политбюро – Молотов – примет удар одним из первых. Маленков окажется непосредственным участником событий.