В первое время после нашествия татар ведущую роль в центральных северо-восточных землях, ростовской и владимирской, играл епископ Ростовский Кирилл II. Формально его управление Владимирской епархией вступало в противоречие с церковными канонами, но фактически ситуация была безвыходной: митрополита долгое время не было, а после возвращения из Никеи около 1247 г. митрополит Кирилл несколько лет оставался в Киеве. Епископ Ростовский Кирилл управлял Владимирской епархией более 10 лет до того, как митрополит Кирилл с 6758 (1250) г. стал подолгу жить во Владимире и оттуда управлять епархией. Возможно, легкость, с которой Ростовский епископ расширил границы своей области, связана с тем, что в XII и начале XIII в. владимирские земли входили в Ростовскую епархию; при этом Владимир являлся местом постоянного пребывания Ростовских архиереев, так что Успенский собор приобрел статус кафедрального. Владимирская епископия была выделена из Ростовской епархии всего за четверть столетия до нашествия Орды, в 6722 (1214) г. [ПСРЛ, т. 1, с. 438][5]
. Во Владимире успело побывать только два епископа: Симон и убитый татарами Митрофан. Память о единстве Ростовской епископии, несомненно, сохранялась. Кирилл мог полагать, что он не вторгается в чужую епархию, как это выглядело с точки зрения церковного права, а окормляет земли, искони входившие в канонические пределы Ростовской епископии.Одно из первых действий, предпринятых епископом Ростовским Кириллом после сожжения татарами Успенского собора во Владимире, было «великое священие» Борисоглебской церкви в Кидекше. По нашему предположению, чин «великого священия» использовался для кафедральных соборов и церквей, в которых предполагалось архиерейское служение. Вероятно, Кирилл допускал, что Кидекша может стать епископской резиденцией, которая не будет столь привлекать татар, как находящиеся поблизости богатые Владимир и Суздаль [Корогодина, 2021б].
Однако воссоединения Владимирской епархии с Ростовской так и не произошло. Епископ Ростовский Кирилл действовал во Владимиро-Суздальской земле вплоть до приезда во Владимир митрополита Кирилла II в 1250 г.; с этой поры деятельность епископа Кирилла ограничилась пределами Ростовской епархии. Летописи сохранили немало известий о совместных действиях двух Кириллов: епископа Ростовского и митрополита после приезда последнего в северо-восточные земли. Положение изменилось с поставлением епископа Ростовского Игнатия, взошедшего на кафедру в 1262 г. Судя по отсутствию известий о совместных поездках и священнодействиях епископа Ростовского Игнатия и митрополита Кирилла, частых при епископе Кирилле, у нового Ростовского владыки не сложилось столь близких отношений с митрополитом, как у его предшественника. Возобновление Владимирской епископии в 1273 г. также говорит о том, что, по мнению митрополита, Ростовская епархия вовсе не вернулась к прежним границам начала XIII в.
Наконец, на сложности, возникавшие у митрополита Кирилла с епископом Ростовским Игнатием, возглавлявшим кафедру в одном из важнейших с политической точки зрения княжеств, указывает острый конфликт между ними в 1280 г., в результате которого митрополит Кирилл чуть не лишил сана епископа впервые за сорок лет архипастырства. Летописи подробно описывают конфликт, рассказывая о доносе митрополиту на Игнатия, будто бы осудившего ростовского князя Глеба Васильковича за некие прегрешения, из-за которых епископ велел перенести прах усопшего из княжеского некрополя в кафедральном Успенском соборе в Спасо-Песоцкий княгинин монастырь, где была похоронена мать Глеба Васильковича Мария Михайловна [ПСРЛ, т. 18, с. 77; т. 20, с. 169; т. 23, с. 91; т. 30, с. 96; и др.]. С. В. Городилин связывает произошедшее с династической борьбой за Ростовское княжение между наследниками князей Бориса и Глеба Васильковичей [Городилин, 2021], однако передел наследства не объясняет резкой реакции митрополита Кирилла.