Важной вехой в жизни Русской Православной Церкви стал 1990 год. з мая этого года скончался Святейший Патриарх Пимен, возглавлявший Церковь в течение 18 лет. В июне в Троице–Сергиевой лавре состоялся Поместный Собор Русской Православной Церкви, в котором участвовало 317 делегатов: 90 архиереев, 92 клирика и 88 мирян. После трех туров голосования на патриаршество был избран митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (Ридигер), один из наиболее опытных и авторитетных иерархов, долгие годы занимавший должность Управляющего делами Московской Патриархии.
В течение всех лет первосвятительского служения Патриарха Алексия наблюдается стремительный рост Церкви, начавшийся еще в конце 1980–х годов. Если в 1988 году количество приходов Русской Православной Церкви составляло около 7 тысяч, то к концу 1989–го их стало уже около 11 тысяч, к концу 1994–го — около 16 тысяч, к концу 1997–го — около 18 тысяч, к концу 2000–го — около 19,5 тысячи, а к концу 2006–го более 27 тысяч. По сравнению с 1988 годом к 2007 году число епархий Русской Православной Церкви выросло приблизительно в 2 раза, численность приходов и приходского духовенства — более чем в 4 раза, монастырей — в 35 раз. В докладе Патриарха Алексия на собрании духовенства Московской епархии в декабре 2006 года приведена следующая статистика: число епархий Русской Православной Церкви — 136, число архиереев — 171, из них 131 епархиальный, 40 викарных, не считая 13–ти находящихся на покое. Действует 713 монастырей, в том числе в России 208 мужских и 235 женских; на Украине 89 мужских и 84 женских; в странах СНГ и Прибалтике 38 мужских и 54 женских; в зарубежных странах 2 мужских и 3 женских. Общее число приходов Русской Православной Церкви в России, странах СНГ и Прибалтике — 27 393. Общее количество духовенства — 29 450.
Согласно статистическим данным, около 70% россиян считают себя принадлежащими к Русской Православной Церкви. Большинство верующих Украины, Белоруссии и Молдавии принадлежит к Московскому Патриархату. В странах Балтии (Эстония, Латвия, Литва) и государствах Средней Азии (Казахстан, Узбекистан, Киргизстан, Таджикистан, Туркменистан) членами Русской Православной Церкви является большинство православных верующих. Общее число членов Русской Церкви, проживающих в России и перечисленных странах, а также за их пределами, составляет, по некоторым данным, около 160 миллионов, т. е. превышает численность всех остальных Поместных Православных Церквей вместе взятых.
Беспрецедентный количественный рост Русской Православной Церкви в конце XX — начале XXI века сопровождался кардинальными переменами в ее социополитическом положении в России и других странах бывшего СССР. Впервые после более семидесяти лет Церковь вновь стала интегральной частью общества, признанной духовно–нравственной силой, обладающей высоким общественным авторитетом. Впервые после многих столетий Церковь обрела право самостоятельно, без вмешательства со стороны светских властей, определять свое место в обществе, выстраивать свои отношения с государством. Впервые у Церкви появились широкие возможности для просветительской, миссионерской, социальной, благотворительной, издательской деятельности.
Изменение ситуации потребовало от Церкви и ее служителей больших усилий по преодолению «менталитета гетто», который сложился за долгие годы ее вынужденной изоляции. Если раньше служитель Церкви общался почти исключительно со своими прихожанами, которые мыслили теми же категориями, что и он сам, то теперь священник столкнулся лицом к лицу с огромным числом невоцерковленных людей, чьи знания о религии были рудиментарными или нулевыми. Если раньше священник не выходил с проповедью за стены своего храма, то теперь для него открылась возможность выступать на телевидении, по радио, в печатных и электронных изданиях. Если раньше общество жило своей жизнью, а Церковь своей, то теперь Церковь оказалась вовлеченной в общественную дискуссию по основным вопросам современности.