Важнейшей задачей Патриарха и Священного Синода в описываемый период стало сохранение единства Церкви перед лицом расколов и нестроений. Еще в конце 1980–х годов серьезно осложнилась ситуация на Западной Украине, где началось возрождение униатской Церкви, запрещенной Сталиным в 1946 году. Само по себе это возрождение свидетельствовало о появлении той религиозной свободы, которая необходима для нормального существования всех христианских конфессий, и могло стать актом восстановления исторической справедливости. Но случилось так, что одну историческую несправедливость начали исправлять путем другой несправедливости, ибо возрождение униатских структур на Западной Украине сопровождалось грубым насилием со стороны греко–католиков, которые в одностороннем порядке вышли из переговорного процесса и начали массовый захват храмов. В результате действий греко–католиков были практически разгромлены три православные епархии: Львовская, Ивано–Франковская и Тернопольская.
Осенью 1989 года оформился первый раскол внутри Православной Церкви на Украине, где была сформирована УАПЦ («Украинская автокефальная православная церковь») во главе с «митрополитом», а затем и «патриархом» Мстиславом (Скрыпником): эту группу нередко называют «автокефалистами». В 1992 году Православную Церковь на Украине потряс еще один раскол, возникший в результате действий митрополита Киевского и Галицкого Филарета (Денисенко). До этого времени он возглавлял Киевскую митрополию Московского Патриархата, однако на Архиерейском Соборе, состоявшемся в Москве в апреле 1992 года, под давлением украинских архиереев он дал клятву уйти в отставку. Вернувшись на Украину, Филарет изменил клятве и приступил к созданию раскольничьей структуры, которую он назвал УПЦ–КП («Украинская православная церковь — киевский патриархат»). В «Киевском патриархате» Филарет сначала занимал должность «заместителя патриарха», а в 1995 году, после загадочной смерти «патриарха» Владимира (Романюка), Филарет присвоил себе титул «патриарха Киевского и всея Руси–Украины». Московским Патриархатом Филарет был сначала запрещен в служении, затем лишен сана и, наконец, анафематствован (отлучен от Церкви).
Расколы локального масштаба возникли и на территории России. С 1990 года Русская Зарубежная Церковь начала открывать приходы на постсоветском пространстве. На служение в эти приходы во многих случаях определялись бывшие клирики Московского Патриархата, запрещенные в служении за канонические преступления или нравственные пороки. Часть этих клириков затем откалывалась от Зарубежной Церкви и основывала свои церковные группировки. Так возникли РПАЦ («Российская православная автономная церковь») во главе с «митрополитом» Валентином (Русанцовым) и ряд других расколов, которые, однако, крайне маргинальны и не составляют реальной угрозы единству Церкви. Некоторые из возникших в начале 1990–х годов расколов уже прекратили существование.
В течение 1990–х годов в Москве состоялось несколько Архиерейских Соборов, на которых основное внимание уделялось различным аспектам возрождения церковной жизни на постсоветском пространстве и преодолению расколов и нестроений.
Значительной вехой на историческом пути Русской Православной Церкви стал Юбилейный Архиерейский Собор 2000 года, по масштабу своих деяний сопоставимый с Поместным Собором 1917—1918 годов. Главным деянием Собора было причисление к лику святых всех новомучеников и исповедников Российских, то есть всех, кто в XX столетии стал жертвами репрессий со стороны советской власти и отдал жизнь за веру. Из числа многих тысяч людей, причисленных к лику святых, более тысячи были названы по именам — это те люди, чья жизнь была изучена Комиссией по канонизации святых и чья мученическая кончина засвидетельствована документально. Причислив мучеников к лику святых, Церковь дала оценку наиболее трагическому периоду российской истории. В числе новомучеников особое место занимает последний российский император Николай II и его семья. Для Церкви канонизация царской семьи не имела политического характера. Царь и его семья были канонизированы за то, что они разделили судьбу своего народа и встретили смерть со смирением, как истинные христиане и праведники.
Еще одним важным деянием Юбилейного Архиерейского Собора 2000 года стало принятие «Основных принципов отношения Русской Православной Церкви к инославию». В этом документе осмыслен опыт межхристианского сотрудничества Православной Церкви в XX столетии, намечены пути его расширения. Документ формулирует принципы, цели и задачи Русской Православной Церкви в ее отношениях с инославным христианством, формулирует критерии членства в международных христианских организациях.