С конца 1980–х годов государство начало возвращать Церкви храмы, которые Церковь должна была восстанавливать за свой счет или за счет добровольных пожертвований верующих: никаких регулярных субсидий от государства Церковь не получала. Знаковым событием в жизни Церкви стало восстановление в 1995—2000 годах храма Христа Спасителя в Москве. Этот храм был построен в XIX веке в память о воинах, погибших в русско–французской войне 1812 года: строился он на народные пожертвования на протяжении 46 лет. После того как храм был взорван большевиками, на его месте предполагалось строительство гигантского Дворца советов со статуей Ленина наверху. Котлован для здания был вырыт, но здание так и не построили. В конце концов, котлован был залит водой, и на месте храма Христа Спасителя был построен плавательный бассейн «Москва». С конца 1980–х годов начались споры о восстановлении храма, на Архиерейском Соборе 1994 года решение о восстановлении было принято, и в январе 1995 года в основание храма был заложен камень. Спустя пять лет, в юбилейном 2000 году, храм был освящен.
В период между 1988 и 2004 годами возобновили действие более 6оо монастырей, в том числе все крупные исторические центры русского монашества — Печерская лавра в Киеве, Донской и Новодевичий монастыри в Москве, Александро–Невская лавра в Санкт–Петербурге, Оптина пустынь, Валаамский, Соловецкий, Кирилло–Белозерский, Дивеевский монастыри. Большинство монастырей восстановлено из руин, многие построены заново. Некоторые монастыри, в частности Троице–Сергиева лавра и московский Сретенский монастырь, ведут обширную просветительскую деятельность, при них действуют крупные издательства. Некоторые обители осуществляют благотворительную и миссионерскую деятельность. Большинство насельников и насельниц монастырей — среднего и молодого возраста, ощущается нехватка пожилых монахов, духовно опытных наставников. Традиция старчества никогда, даже в годы гонений, полностью не прерывалась в Русской Церкви, однако духовно опытные старцы исчисляются единицами.
В 1990–е годы во многих епархиях были открыты Духовные семинарии и училища. На декабрь 2006 года в Русской Православной Церкви имелось 5 Духовных академий (Московская, Санкт–Петербургская, Киевская, Минская и Молдавская), 2 православных университета и 2 богословских института, 37 Духовных семинарий, 38 Духовных училищ и в одной епархии — пастырские курсы. В Москве действуют Православный Свято–Тихоновский гуманитарный университет и Российский православный институт имени апостола Иоанна Богослова. Кроме того, в 21 высшем учебном заведении России открыты кафедры теологии, в соответствии с принятым в 2001 году государственным стандартом «теология».
Одной из проблем создающихся духовных школ является недостаток высокообразованных преподавателей, которые могли бы способствовать повышению научного уровня в богословских учебных заведениях. Нередко преподавателем духовной школы становится выпускник той же самой школы, что не способствует качественному повышению образовательного уровня: выпускник школы не может дать своим ученикам что–то принципиально новое по сравнению с тем, что он сам изучал в этой школе. Однако в последние годы увеличивается число студентов, получивших образование за рубежом — в духовных учебных заведениях, а также на богословских факультетах светских университетов. Обучение студентов за рубежом способствует преодолению разрыва между отечественной и зарубежной богословской наукой, который возник из–за вынужденной изоляции русского богословия на протяжении 70 лет коммунистического режима.
Расширение Русской Православной Церкви коснулось не только стран постсоветского пространства, но и дальнего зарубежья, где в период с 1988 по 2006 годы количество приходов выросло многократно. В связи с наплывом русскоязычных эмигрантов из стран бывшего Советского Союза потребовалось открытие новых приходов в Германии, Франции, Италии, Великобритании, странах Скандинавии, в Латинской и Южной Америке, Австралии, странах Юго–Восточной Азии. В 2004 году первый православный храм был освящен в Антарктиде. По состоянию на 1 сентября 2004 года в 42 странах действовали 277 церковных учреждений Московского Патриархата, включая 8 епархий, 1 Духовную миссию, Патриаршие приходы в США, Канаде и Финляндии, 16 монастырей, 1 скит, 10 часовен, 46 ставропигиальных приходов, в том числе 6 представительств и 9 подворий. Руководство внешнецерковной деятельностью с 1989 года осуществляет митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, на плечи которого ложится попечение о зарубежных приходах Московского Патриархата.