Несмотря на то что многие проблемы, стоявшие перед Церковью в России в конце XX — начале XXI века, были успешно решены, целый ряд проблем еще остается нерешенным. Православная Церковь ныне обладает правом беспрепятственно осуществлять благотворительную деятельность. Однако масштабы церковной благотворительности несопоставимы с масштабами социальных бедствий, требующих участия Церкви. В значительной степени эта ситуация объясняется тем, что у Церкви до сих пор нет стабильной финансовой базы, которая позволяла бы ей осуществлять широкую благотворительность. До 1917 года Церковь была крупнейшим землевладельцем и обладала колоссальной недвижимостью, однако вся эта собственность была после революции национализирована, и реституция до настоящего времени не произошла. Государство возвращает Церкви многие культовые здания, однако возвращает в пользование, а не в собственность. На практике это, как правило, означает, что от Церкви требуется восстановление за свой счет тех зданий, которые при советской власти превратились в руины, однако даже восстановленные здания остаются государственной собственностью.
В отличие от тех стран, где церковное имущество не было национализировано (как в Австрии) или где произошла реституция собственности (как в Литве), ни в России, ни в Украине, ни в большинстве других стран постсоветского пространства у Церкви нет недвижимости, которую она могла бы использовать в качестве источника дохода. Главным источником дохода для Церкви остаются добровольные пожертвования верующих. Однако на одних пожертвованиях невозможно развернуть широкую благотворительность: возможны лишь отдельные проекты, осуществляемые благодаря привлечению частных спонсоров.
Другой комплекс проблем связан с просветительской деятельностью, которой Православная Церковь в России занимается, однако, опять же не в том масштабе, в каком могла бы. Развернувшаяся в начале XXI века в России полемика вокруг преподавания «Основ православной культуры» в светских школах показала, что некоторая часть общества морально не подготовлена к тому, чтобы Церковь стала полноправным партнером государства в системе школьного образования. Высказывались опасения, что преподавание религиозных дисциплин в школе нарушит секулярный характер государственной системы образования и приведет к межрелигиозным столкновениям. Однако между представителями традиционных религий по данному вопросу было достигнуто полное взаимопонимание: лидеры основных нехристианских конфессий России высказались за преподавание основ Православия в тех регионах, где оно является религией большинства.
После долгой и напряженной полемики государство признало право средних школ на преподавание «Основ православной культуры» в качестве факультативного предмета. Параллельно был разработан стандарт «теология» для высших учебных заведений. Все это открыло новые возможности для просветительской деятельности Церкви. Однако сразу же возник другой вопрос: хватит ли у самой Церкви сил для того, чтобы использовать открывшиеся возможности? До настоящего времени этих сил явно не хватало, о чем в марте 2003 года достаточно резко говорил в своем обращении к московскому духовенству Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий: