После выборов Трумэн значительно усилил внимание к внутренним делам. Он был встревожен тем, что в 1947 г., вопреки его вето, Конгресс принял, по существу дела, антирабочий закон Тафта — Хартли, значительно ограничивавший права профсоюзов, в частности в проведении забастовок (вводился «охладительный период» перед ними, запрещались стачки солидарности, отменялась практика «закрытого цеха» и т. д.). Пользуясь тем, что в обеих палатах Конгресса теперь было большинство демократов, Трумэн выдвинул «справедливый курс» — программу реформ, которые должны были стать продолжением рузвельтовского «нового курса» и в то же время повторяли своим названием политику, которую в начале века проводил первый Рузвельт — Теодор, являвшийся представителем Республиканской партии. Курс Трумэна призван был носить межпартийный характер.
Конкретные действия по проведению либеральных реформ президент начал с вопроса о гражданских правах, подразумевая под этой общей формулой равные права черных и других расовых меньшинств. В апреле 1949 г. на рассмотрение законодателей был внесен пакет предложений, включавший отмену существовавшего в некоторых штатах налога на право голосования, запрет дискриминации при торговле между штатами, назначение черных на административные посты. Приняты они были лишь частично, но и это Трумэн считал победой. Несколько бóльших результатов удалось добиться путем исполнительных распоряжений. Трумэн образовал два органа — Совет по справедливой практике найма и Комитет по равному отношению к возможностям в вооруженных силах. Оба органа проводили расследования случаев дискриминации и способствовали частичному их преодолению. В целом «справедливый курс», дав небольшие результаты, явился стартовой площадкой для инициатив преемников президента.
С первых послевоенных месяцев в США развертывалась пропагандистская кампания по поводу «красной угрозы», которая преувеличивалась многократно. В течение первых лет на посту президента Трумэну удавалось в основном отбивать атаки наиболее воинственных элементов на демократические права американцев. Но после выборов 1948 г. делать это становилось все сложнее, а сам президент оказался вовлеченным в эту борьбу. Связано это было прежде всего с утратой США атомной монополии. 29 августа 1949 г. в СССР на полигоне в Семипалатинской области было проведено успешное испытание атомной бомбы. Информация держалась в секрете, но почти сразу стала известна американской разведке. Три недели эксперты США проверяли полученные данные, после чего Трумэну было доложено, что СССР бесспорно обладает атомным оружием. 23 сентября президент выступил с заявлением о необходимости введения эффективного международного контроля над атомным оружием. Вскоре Трумэну было доложено о возможности создания в США еще более мощного ядерного оружия, которое получило затем название водородной бомбы. Трумэн сообщил населению, что правительство включило «супербомбу» в план перевооружения США.
Последовали новые крайне неприятные крупные и мелкие события. В октябре 1949 г. к власти в Китае пришли коммунисты, была провозглашена Китайская Народная Республика, а в феврале 1950 г. между СССР и Китаем был подписан договор о дружбе, сотрудничестве и взаимопомощи.
В 1950 г. в США была разоблачена советская разведывательная сеть, которая смогла передать в СССР ряд важных сведений по атомному проекту. В то же время в Сенате начались нападки на администрацию и лично на президента со стороны депутата от штата Висконсин Джозефа МакКарти. Всю свою деятельность этот сенатор сосредоточил на разоблачении американского коммунизма и якобы существовавшего потворства ему со стороны властей США. Вскоре появился термин «маккартизм» для обозначения необоснованных обвинений в коммунистической деятельности и приписывании всех американских проблем коммунистическим козням.
Широко развернул свою деятельность комитет Палаты представителей по расследованию антиамериканской деятельности, который с одобрения Трумэна начал проверку лояльности как госслужащих, так и значительно более широкого круга лиц. Наибольший резонанс приобрели разоблачения коммунистической активности в Голливуде, которая на самом деле совершенно не чувствовалась, но раздувалась в результате внутренних склок и конкуренции в киноиндустрии. К суду были привлечены лидеры незначительной по численности Компартии США, в частности ее генеральный секретарь Юджин Деннис, которые получили небольшие тюремные сроки.